条斑紫菜GST基因的克隆与生物信息学分析

发布时间：2023-10-06 18:07

　　谷胱甘肽s-转移酶(Glutathione S-transferases, GSTs)是一组广泛存在于动物、植物和微生物等各种生物体内的多功能同工酶，其主要功能是催化生物体内的谷胱甘肽与外源化合物如有毒异源物或氧化产物的结合，从而发挥其解毒及抗氧化作用，由此来保护生物体免受损害。条斑紫菜是我国大面积养殖的重要经济海藻之一，对其基因克隆、遗传变异、抗逆性的分子机制及进化分析等方面的研究具有代表性意义。 为了更深入的了解藻类对于有毒物质等的抗性原理，为进一步了解GST在藻类等低等植物中的功能及抗逆的分子机制，本实验首先在KDRI的DNA数据库中查找到条斑紫菜GST的63条EST序列，采用DNAMAN软件和NCBI中的BLAST拼接所获得的EST序列，最终得到三条拼接的EST序列。经BLAST比对后，将其中一条在NCBI数据库中找不到同源序列的EST片段确定为研究对象，命名为PyGST。通过设计引物并利用3’RACE-PCR技术扩增PyGST基因，最终得到含有完整ORF的PyGST序列。此序列长度为915bp。运用MEGA4.0程序、Protparam、ProtScal、TMpred Ser...

【文章页数】：51 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
引言
第一章 概述
    1.1 紫菜的生物学特性
        1.1.1 名称及分类地位
        1.1.2 形态结构及生活史
        1.1.3 应用价值和研究价值
    1.2 谷胱甘肽 S-转移酶基因的研究概述
        1.2.1 分类
        1.2.2 结构
        1.2.3 功能
    1.3 生物信息学
    1.4 系统进化树
    1.5 本实验研究目的、内容及意义
第二章 材料与方法
    2.1 实验材料
        2.1.1 实验材料的来源与处理
        2.1.2 实验主要仪器及试剂来源
        2.1.3 相关溶液及培养基的配制
    2.2 实验方法
        2.2.1 条斑紫菜 RNA 的提取与纯化
        2.2.2 PyGST 基因 cDNA 的 3’ RACE-PCR 扩增
        2.2.3 生物信息学分析方法
        2.2.4 系统进化树的构建
第三章 结果与讨论
    3.1 实验结果与分析
        3.1.1 条斑紫菜的 RNA 电泳检测
        3.1.2 PyGST 基因的 3′RACE-PCR 扩增电泳检测
        3.1.3 菌液 PCR 电泳检测
        3.1.4 序列分析
    3.2 生物信息学分析
        3.2.1 蛋白质序列的理化性质分析
        3.2.2 疏水性分析
        3.2.3 跨膜结构预测
        3.2.4 信号肽预测
        3.2.5 亚细胞定位
        3.2.6 蛋白质卷曲螺旋结构的预测
        3.2.7 磷酸化位点的预测
        3.2.8 蛋白质二级结构预测
        3.2.9 结构域分析
        3.2.10 蛋白质三级结构预测
    3.3 系统进化树的构建
    3.4 讨论
第四章 结论
参考文献
攻读硕士学位期间发表学术论文情况
致谢



本文编号：3852202