温度胁迫对幼体大海马基因转录表达的影响

发布时间：2024-03-28 00:44

　　为探究大海马幼体在高温和低温胁迫条件下基因表达水平的变化规律,采用Illumina平台的PE150测序功能对大海马幼体肝脏进行了转录组测序。对照组、高温胁迫组和低温胁迫组测序数据组装后获得22 513个单基因簇(Unigene),N50为2 223 bp,平均长度为1 122.71 bp。与对照组相比,高温胁迫组共获得14 009个差异表达基因,其中5 543个差异表达基因上调,8 466个差异表达基因下调;低温胁迫组共获得20 030个差异基因,14 016个差异表达基因上调,6 014个差异表达基因下调。差异表达基因经KEGG数据库富集发现,高/低温胁迫均导致大海马体内抗氧化途径相关基因表达(HSP70、HSP90、SOD等)发生显著改变;另外,高温胁迫还造成大海马免疫系统相关基因(PIK3R、Akt、IL-10、TLR等)以及细胞凋亡相关基因(CYCS、CASP9、CASP3等)表达显著改变;低温胁迫造成DNA损伤修复(MSH、DDB2、XRCC2、RAD52、Ogg1、PMS2等)、脂肪酸代谢(StARD7、ApoA4、CYP51、Fadsd6等)和细胞凋亡(P21、P53、B...

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【部分图文】：

图6低温胁迫组RT-qPCR及RNA-Seq的比较分析

图5高温胁迫组RT-qPCR及RNA-Seq的比较分析3讨论

图1GO统计柱状图

由图3可知,H-testvsCK获得14009个差异表达基因,其中显著上调5543个,显著下调8466个;L-testvsCK获得20030个差异表达基因(14016个差异基因显著上调,6014个差异表达基因显著下调)。高温胁迫组上调基因数量低于下调基因,而低....

图2KOG功能分类统计图

表4各个数据库的注释汇总表Table4Summaryofcommentsineachdatabase数据库Database单基因簇数量Numberofunigenes百分比Percentage/%非冗余蛋白数据库Nr2267153.64核酸序列....

图3大海马肝脏转录组中差异表达基因个数统计图

图2KOG功能分类统计图图4大海马肝脏转录组中差异基因韦恩图

本文编号：3940746