小黄鱼与大黄鱼比较基因组及生长相关性状研究

发布时间：2024-03-28 01:34

　　小黄鱼是中国东海重要的经济鱼类。随着二代测序技术的普及和价格的下降,本论文基于高通量测序技术对小黄鱼的基因组进行初略组装。对大小黄鱼进行比较基因组学研究,提取小黄鱼基因组中生长相关的正选择基因。提供了一个新的思路来解决目前大黄鱼养殖育种过程中遇到的各种问题。研究内容如下:1.小黄鱼的基因组初略组装结果本研究利用东海野生小黄鱼样本进行测序,一共得到了141 x覆盖度的DNA序列数据,小黄鱼基因组存在高杂合或高重复的情况。在初步组装时,使用了多种不同的基因组组装软件进行组装以选取最优的组装策略,最终选用Platanus组装得到了649 Mb的基因组。通过短片段序列的回贴到基因组上发现99.28%的测序序列能够重新比对到小黄鱼的基因组上。Contig和Scaffold的N50值分别为3,761 bp和40,284 bp。由于是初略组装所以从N50值上来看小黄鱼的基因组拼装的质量不够好,存在着序列碎片化的问题。结合从头预测和基于数据库的同源预测的分析策略对小黄鱼进行重复序列和基因注释。小黄鱼基因组的重复序列占比为19.03%,与大黄鱼基因组中的重复序列比例接近。使用同源蛋白比对预测和从头预测的...

【文章页数】：60 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图2.1.1技术路线图

图2.1.1技术路线图Figure2.1.1Technologyroadmap数据来源和质控组组装所需的材料和数据：本研究所用的小黄鱼样品（1龄/体重）由浙江省海洋水产研究所蒋日进老师从东海海域捕捞获得。为了DNA，将捕捞得到的新鲜样品直接完全浸泡在100％酒精中并且....

图2.1.2Illumina原始测序数据质量图

图2.1.2Illumina原始测序数据质量图Figure2.1.2ThequalityfigureofIlluminasequencingdata2.1.3基因组组装与注释基因组组装软件通过DeBruijnGraph(DBG)的方法组装出完整的单倍....

图2.2.1Kmer深度分布图

er深度分布图。Kmer指的是将一条read人为的按照切割碱基序列最后苷酸序列。小黄鱼基因组的Kmer分布呈双峰，第一个峰的Kmer深度10，这意味着小黄鱼基因组异质性杂合位点丰富。一个序列长为Lbp（L-K+1）个Kmer。基因组大小G估计为G=....

图2.2.6大黄鱼、小黄鱼、青鳉和剑尾鱼的基因家族分析

图2.2.6大黄鱼、小黄鱼、青鳉和剑尾鱼的基因家族分析Figure2.2.6ThegenefamilyanalysisofL.crocea,L.polyactis,O.latipesandX.maculatus2.2.7物种进化关系利用单拷贝直系同源基....

本文编号：3940803