基于Hi-C数据的染色体三维重构与共调控域研究

发布时间：2020-12-07 03:15

　　染色体三维重构是近年表观遗传和基因组学的研究热点,其中一个最主要的方法是利用测序技术获得染色体空间结构信息,即根据染色体二维接触频率数据来预测其在细胞核中的三维形态。越来越多的研究表明,染色体的三维空间结构对于DNA转录、复制和修饰等细胞进程有着重要影响。利用三维重构信息揭示染色体空间交互作用网络和基因共调控区域,有助于我们从不同层次和维度了解基因组的复杂行为。随着基于3C等染色体构象捕获技术的出现,高通量的Hi-C测序技术具备了在全基因组高效、精准检测染色体空间接触作用的能力,使得系统构建全基因组三维结构成为了可能。本文主要完成了以下三部分工作。一、系统研究了两种最具代表性的染色体三维结构模型:即ShRec3D算法和最大似然算法。全面比较了二者的优缺点,扬长避短,为提出变步长自适应最大似然算法作理论铺垫。二、根据酵母染体Hi-C数据的统计特征,分别建立了16条染色体接触矩阵分布模型。在此基础上,引入了变步长自适应最大似然算法实现酵母染色体的三维重构,为分析与染色体的结构有关的共调控区域提供了可视化依据。三、基于三维重构模型,本文对酵母染色体特定共调控区域的染色体结构和基因属性进行了分... 

【文章来源】：云南民族大学云南省

【文章页数】：82 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

染色体三维结构预测经典算法（1）基于概率预测的染色体三维重构模型

第 2 章 染色体三维重构算法简介2 章 染色体三维重构算法重构流程构象（3C）及其衍生技术成为目 Hi-C 技术能获取全基因组相互作和计算方法可以重构染色体的三.1 所示。

多维尺度算法实施步骤


本文编号：2902513