甘蔗割手密种基因组数据库的构建
发布时间：2021-01-24 12:52
甘蔗（Saccharum spp.）是世界上最重要糖料、生物燃料作物,是研究C4光合作用途径和同源多倍体遗传的模式植物,具有巨大的经济和科研价值。在过去的数年中,甘蔗的测序及分析数据迅速积累,为本研究的顺利开展奠定了基础。使用Tripal工具构建甘蔗割手密基因组数据库（http://www.sugarcanetf.site/sgd/html/index.html）作为甘蔗研究的中心门户对这些数据进行存储、挖掘、分析、整合以及共享。研究主要结果如下:（1）甘蔗割手密基因组数据的开发使用BLAST2GO和EggNOG,对甘蔗中99,708个基因进行GO项目注释,65,277个基因进行KEGG生物通路注释。对甘蔗割手密预测基因中的1,278个特异性基因家族进行GO富集,发现这些基因的功能大多富集在对伤口、外部刺激的反应。使用MISA软件对甘蔗割手密进行全基因组SSR开发,共发现577,299个SSR位点,其中染色体特异性位点有98,271个,约占总数的17%。将其与其他四种禾本科植物中的基因组SSR进行比较,发现在禾本科植物中,SSR的丰度与其基因组大小成正比,而SSR...
【文章来源】：福建农林大学福建省
【文章页数】：79 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
甘蔗属及其近缘属在禾本科中的分类位置
图 1-2 玉米和高粱中 NADP-ME 类型的 C4光合代谢[29]Fig. 1-2 The NADP-ME type of C4pathway in maize and sorghum[29]1.2.2 糖转运糖是绿色植物光合作用的主要产物，其在植物体内有多种存储形式，如：蔗糖、单糖、糖醇等。糖在植物的生命活动中起着重要作用，具体表现在为植物生长发育供能、作为信号分子参与代谢、用于储存及运输等方面。在对高等植物研究中，我们将输出、接受同化产物的器官称为植物的“库”“源”。每个能够进行光合作用的绿色植物体内都存在着库源系统对糖分进行运输和分配，糖转运蛋白在维持库源平衡中起着重要作用[30]。其作用的方式主要有：调节蔗糖转运[31-33]、降低糖醇含量[34-36]、降低单糖含量[37]以及传导复合体的装运等。按照糖转运蛋白运输产物的不同，研究人员一般将其分为在葡萄糖、己糖等转运过程中发挥作用的单糖转运蛋白，以及在多元糖等转运过程中发挥作用的多糖转运蛋白。1989年Sauer等人从小球藻中克隆出历史上第一个编码单糖转运蛋白的基因HUP 1[38]。自第一个单糖转运蛋白基因在低等单细胞生物中被成功鉴定后，研究者便开始尝
甘蔗割手密基因组数据库的搭建溶性多糖形式存储碳，如淀粉或纤维素。甘蔗的另一个独特之处在于：蔗糖的储存发生在茎的薄壁细胞中，而其他大多数植物则是发生在茎、谷粒、肉质果实之类的终端类库组织。对甘蔗中编码糖转运蛋白的基因从全基因组及演化方面进行探究有利于推动其代谢机制的研究，并最终达到提高产量提升经济效益的目的。
【参考文献】：
期刊论文
[1]甘蔗基因组研究进展[J]. 董广蕊,石佳仙,侯藹玲,张积森. 生物技术. 2018(03)
[2]清代番禺糖业研究[J]. 林晓蕾. 农业考古. 2016(04)
[3]植物转录因子分类、预测和数据库构建[J]. 靳进朴,郭安源,何坤,张禾,朱其慧,陈新,高歌,罗静初. 生物技术通报. 2015(11)
[4]甘蔗的起源和进化[J]. 杨翠凤,杨丽涛,李杨瑞. 南方农业学报. 2014(10)
[5]甘蔗属起源及其与近缘属进化关系研究进展[J]. 方静平,阙友雄,陈如凯. 热带作物学报. 2014(04)
[6]植物基因组测序的研究进展[J]. 陈勇,柳亦松,曾建国. 生命科学研究. 2014(01)
[7]DNA测序技术及其应用研究进展[J]. 刘朋虎,林冬梅,林占熺,李晶. 福建农业学报. 2012(10)
[8]调控植物类黄酮生物合成的转录因子研究进展[J]. 李宗艳,李名扬. 南京林业大学学报(自然科学版). 2011(05)
[9]野生大豆GsbZIP33基因的分离及胁迫耐性分析[J]. 才华,朱延明,柏锡,纪巍,李勇,王冬冬,孙晓丽. 分子植物育种. 2011(04)
[10]80份甘蔗种质RAMP标记遗传多样性分析[J]. 王英,陈守俊,朱相成,庄南生. 植物遗传资源学报. 2011(04)
硕士论文
[1]青虾高多态性EST-SSR标记的筛选及遗传多样性的研究[D]. 周巧.南京农业大学 2013
本文编号：2997279
【文章来源】：福建农林大学福建省
【文章页数】：79 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
甘蔗属及其近缘属在禾本科中的分类位置
图 1-2 玉米和高粱中 NADP-ME 类型的 C4光合代谢[29]Fig. 1-2 The NADP-ME type of C4pathway in maize and sorghum[29]1.2.2 糖转运糖是绿色植物光合作用的主要产物，其在植物体内有多种存储形式，如：蔗糖、单糖、糖醇等。糖在植物的生命活动中起着重要作用，具体表现在为植物生长发育供能、作为信号分子参与代谢、用于储存及运输等方面。在对高等植物研究中，我们将输出、接受同化产物的器官称为植物的“库”“源”。每个能够进行光合作用的绿色植物体内都存在着库源系统对糖分进行运输和分配，糖转运蛋白在维持库源平衡中起着重要作用[30]。其作用的方式主要有：调节蔗糖转运[31-33]、降低糖醇含量[34-36]、降低单糖含量[37]以及传导复合体的装运等。按照糖转运蛋白运输产物的不同，研究人员一般将其分为在葡萄糖、己糖等转运过程中发挥作用的单糖转运蛋白，以及在多元糖等转运过程中发挥作用的多糖转运蛋白。1989年Sauer等人从小球藻中克隆出历史上第一个编码单糖转运蛋白的基因HUP 1[38]。自第一个单糖转运蛋白基因在低等单细胞生物中被成功鉴定后，研究者便开始尝
甘蔗割手密基因组数据库的搭建溶性多糖形式存储碳，如淀粉或纤维素。甘蔗的另一个独特之处在于：蔗糖的储存发生在茎的薄壁细胞中，而其他大多数植物则是发生在茎、谷粒、肉质果实之类的终端类库组织。对甘蔗中编码糖转运蛋白的基因从全基因组及演化方面进行探究有利于推动其代谢机制的研究，并最终达到提高产量提升经济效益的目的。
【参考文献】：
期刊论文
[1]甘蔗基因组研究进展[J]. 董广蕊,石佳仙,侯藹玲,张积森. 生物技术. 2018(03)
[2]清代番禺糖业研究[J]. 林晓蕾. 农业考古. 2016(04)
[3]植物转录因子分类、预测和数据库构建[J]. 靳进朴,郭安源,何坤,张禾,朱其慧,陈新,高歌,罗静初. 生物技术通报. 2015(11)
[4]甘蔗的起源和进化[J]. 杨翠凤,杨丽涛,李杨瑞. 南方农业学报. 2014(10)
[5]甘蔗属起源及其与近缘属进化关系研究进展[J]. 方静平,阙友雄,陈如凯. 热带作物学报. 2014(04)
[6]植物基因组测序的研究进展[J]. 陈勇,柳亦松,曾建国. 生命科学研究. 2014(01)
[7]DNA测序技术及其应用研究进展[J]. 刘朋虎,林冬梅,林占熺,李晶. 福建农业学报. 2012(10)
[8]调控植物类黄酮生物合成的转录因子研究进展[J]. 李宗艳,李名扬. 南京林业大学学报(自然科学版). 2011(05)
[9]野生大豆GsbZIP33基因的分离及胁迫耐性分析[J]. 才华,朱延明,柏锡,纪巍,李勇,王冬冬,孙晓丽. 分子植物育种. 2011(04)
[10]80份甘蔗种质RAMP标记遗传多样性分析[J]. 王英,陈守俊,朱相成,庄南生. 植物遗传资源学报. 2011(04)
硕士论文
[1]青虾高多态性EST-SSR标记的筛选及遗传多样性的研究[D]. 周巧.南京农业大学 2013
本文编号：2997279
本文链接：https://www.wllwen.com/projectlw/swxlw/2997279.html
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