基于盆跳图含假结的RNA折叠结构预测算法研究
发布时间：2021-01-27 14:51
核糖核酸（Ribonucleic Acid,RNA）是一种生物大分子,在生命遗传信息的表达、传递过程中扮演着连接DNA与蛋白质的重要角色。RNA分子结构复杂、种类繁多,而且RNA结构会极大影响它的功能。目前人们已经通过生物实验获得了相对完备的RNA一级结构,也通过X射线、核磁共振等方法测量了一些RNA的三级结构。但对RNA的二级结构的研究,如果单独采用物理实验方法来测定一方面成本较高,另一方面也无法仅靠实验观察海量的待测序列数据。目前学者们利用计算机工具,分析已经测得的RNA序列结构,通过数学建模来预测RNA二级结构,因而设计预测RNA二级结构的算法成为研究的一个重要途径。RNA折叠结构中的一个特殊子结构—假结也被发现,假结对于许多RNA的催化、折叠过程中有重要影响,假结的存在对于RNA的转化过程也起到关键作用。近年来,对于含假结的RNA折叠动力学过程的研究领域越来越受到科研学者所关注。经过近几十年的不懈努力,目前已经产生了多种含假结的RNA二级结构的预测方法,也对RNA分子的折叠结构加以深入研究,但每种对于结构预测的算法都有其优缺点,不能囊括全部RNA分子。本文就是在这样的背景下,对...
【文章来源】：山东建筑大学山东省
【文章页数】：73 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
基因表达中DNA、RNA、与蛋白质之间的作用关系
山东建筑大学硕士学位论文第 2 章 RNA 结构基本知识.1 RNA 简介核糖核酸（RNA）是线性聚合物分子，由核糖核苷酸经磷酸二酯键缩合而成长子。RNA 分子构成的基础称为碱基，由腺嘌呤（Adenine, A）、鸟嘌呤（Guanine嘧啶（Uracil, U）和胞嘧啶（Cytosine, C）这四种碱基构成[30]，见图 2.1。这些碱每一个都具有相同的核糖糖环和磷酸基团。
山东建筑大学硕士学位论文 开关：调节功能，对特定的代谢物或温度有反应，遗传信息的生； mRNA 含量大约为 2%； tRNA 是分子质量最小的一类，它的二级叶草[33]，如图 2.2 所示。它是遗传信息翻译过程中的接合器。rR%，rRNA 与蛋白质结合形成核糖体，核糖体被称作蛋白质的合成tRNA是携带与三联体密码子对应的氨基酸残基与正在进行翻译的A 将各个氨基酸残基通过肽键连接成肽链进而构成蛋白质分子[34]。研究中，人们对于 RNA 结构的了解更加深入，对于生命的认识
【参考文献】：
期刊论文
[1]RNA病毒表达调控研究中的RNA结构分析技术[J]. 王德亚,于成明,丁诚实,原雪峰. 病毒学报. 2018(04)
[2]RNA二级结构预测算法的研究进展[J]. 黄伊子,李都悦,刘伟,周玮. 湖南农业科学. 2014(18)
[3]基于CUDA对RNA二级结构预测的并行研究[J]. 陈飞,郝福珍. 计算机工程与设计. 2014(01)
[4]基于隐Markov模型的RNA二级结构预测新方法[J]. 董浩,刘元宁,张浩,王刚. 计算机研究与发展. 2012(04)
[5]RNA二级结构预测方法综述[J]. 邹权,郭茂祖,张涛涛. 电子学报. 2008(02)
[6]含假结RNA二级结构类的图语法[J]. 高世乐,丁克诠. 计算机工程与应用. 2008(02)
[7]RNA二级结构预测算法的设计与实现[J]. 李恒武,朱大铭,纪秀花. 计算机工程与科学. 2006(07)
[8]日新月异的RNA二级结构预测[J]. 刘海军,史定华,王翼飞. 自然杂志. 2003(06)
博士论文
[1]包含假结的RNA结构预测算法研究[D]. 刘振栋.山东大学 2014
[2]RNA二级结构预测算法的研究[D]. 邢翀.吉林大学 2012
[3]RNA二级结构的若干计算生物学问题研究[D]. 刘琦.浙江大学 2008
[4]RNA二级结构预测的建模及其应用研究[D]. 刘海军.上海大学 2005
[5]计算分子生物学中若干问题研究[D]. 廖波.大连理工大学 2004
硕士论文
[1]基于模拟退火的RNA二级结构预测算法研究[D]. 吕育林.武汉科技大学 2019
[2]基于卷积神经网络的RNA二级结构预测方法研究[D]. 张春鹤.吉林大学 2019
[3]含假结的RNA二级结构预测算法研究[D]. 徐瑞.吉林大学 2017
[4]基于深度学习的RNA打分函数的研究[D]. 王帅.苏州大学 2017
[5]含假结的RNA二级结构预测算法研究[D]. 汪方良.南京航空航天大学 2017
[6]RNA二级结构中假结的研究及预测[D]. 艾露露.吉林大学 2015
[7]基于能量优化的RNA二级结构预测[D]. 王魁祎.吉林大学 2013
[8]带假结RNA二级结构预测研究[D]. 苑寅.电子科技大学 2013
[9]基于类别信息的茎自由组合算法预测RNA二级结构[D]. 刘涛.燕山大学 2011
[10]微粒群算法的改进及其在蛋白质折叠结构预测中的应用[D]. 濮承东.武汉科技大学 2010
本文编号：3003238
【文章来源】：山东建筑大学山东省
【文章页数】：73 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
基因表达中DNA、RNA、与蛋白质之间的作用关系
山东建筑大学硕士学位论文第 2 章 RNA 结构基本知识.1 RNA 简介核糖核酸（RNA）是线性聚合物分子，由核糖核苷酸经磷酸二酯键缩合而成长子。RNA 分子构成的基础称为碱基，由腺嘌呤（Adenine, A）、鸟嘌呤（Guanine嘧啶（Uracil, U）和胞嘧啶（Cytosine, C）这四种碱基构成[30]，见图 2.1。这些碱每一个都具有相同的核糖糖环和磷酸基团。
山东建筑大学硕士学位论文 开关：调节功能，对特定的代谢物或温度有反应，遗传信息的生； mRNA 含量大约为 2%； tRNA 是分子质量最小的一类，它的二级叶草[33]，如图 2.2 所示。它是遗传信息翻译过程中的接合器。rR%，rRNA 与蛋白质结合形成核糖体，核糖体被称作蛋白质的合成tRNA是携带与三联体密码子对应的氨基酸残基与正在进行翻译的A 将各个氨基酸残基通过肽键连接成肽链进而构成蛋白质分子[34]。研究中，人们对于 RNA 结构的了解更加深入，对于生命的认识
【参考文献】：
期刊论文
[1]RNA病毒表达调控研究中的RNA结构分析技术[J]. 王德亚,于成明,丁诚实,原雪峰. 病毒学报. 2018(04)
[2]RNA二级结构预测算法的研究进展[J]. 黄伊子,李都悦,刘伟,周玮. 湖南农业科学. 2014(18)
[3]基于CUDA对RNA二级结构预测的并行研究[J]. 陈飞,郝福珍. 计算机工程与设计. 2014(01)
[4]基于隐Markov模型的RNA二级结构预测新方法[J]. 董浩,刘元宁,张浩,王刚. 计算机研究与发展. 2012(04)
[5]RNA二级结构预测方法综述[J]. 邹权,郭茂祖,张涛涛. 电子学报. 2008(02)
[6]含假结RNA二级结构类的图语法[J]. 高世乐,丁克诠. 计算机工程与应用. 2008(02)
[7]RNA二级结构预测算法的设计与实现[J]. 李恒武,朱大铭,纪秀花. 计算机工程与科学. 2006(07)
[8]日新月异的RNA二级结构预测[J]. 刘海军,史定华,王翼飞. 自然杂志. 2003(06)
博士论文
[1]包含假结的RNA结构预测算法研究[D]. 刘振栋.山东大学 2014
[2]RNA二级结构预测算法的研究[D]. 邢翀.吉林大学 2012
[3]RNA二级结构的若干计算生物学问题研究[D]. 刘琦.浙江大学 2008
[4]RNA二级结构预测的建模及其应用研究[D]. 刘海军.上海大学 2005
[5]计算分子生物学中若干问题研究[D]. 廖波.大连理工大学 2004
硕士论文
[1]基于模拟退火的RNA二级结构预测算法研究[D]. 吕育林.武汉科技大学 2019
[2]基于卷积神经网络的RNA二级结构预测方法研究[D]. 张春鹤.吉林大学 2019
[3]含假结的RNA二级结构预测算法研究[D]. 徐瑞.吉林大学 2017
[4]基于深度学习的RNA打分函数的研究[D]. 王帅.苏州大学 2017
[5]含假结的RNA二级结构预测算法研究[D]. 汪方良.南京航空航天大学 2017
[6]RNA二级结构中假结的研究及预测[D]. 艾露露.吉林大学 2015
[7]基于能量优化的RNA二级结构预测[D]. 王魁祎.吉林大学 2013
[8]带假结RNA二级结构预测研究[D]. 苑寅.电子科技大学 2013
[9]基于类别信息的茎自由组合算法预测RNA二级结构[D]. 刘涛.燕山大学 2011
[10]微粒群算法的改进及其在蛋白质折叠结构预测中的应用[D]. 濮承东.武汉科技大学 2010
本文编号：3003238
本文链接：https://www.wllwen.com/projectlw/swxlw/3003238.html
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