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基于机器学习算法分析BamA蛋白质分子动力学模拟轨迹

发布时间:2021-02-02 19:02
  β-桶状膜蛋白是一种跨膜蛋白,常被称为β-桶状外膜蛋白(β-barrel Outer Membrane Proteins,OMPs),主要在真核生物的叶绿体与线粒体以及革兰氏阴性菌外膜上存在。它参与了许多生物进程,包括物质的跨膜运输、信号传导、运动等。值得注意的是,它与革兰氏阴性菌的致病毒素——内毒素的释放有关。所以研究β-桶状外膜蛋白的生物发生有可能对内毒素引发的疾病起预防或治疗作用。β-桶状外膜蛋白的装配与插膜过程是由β-Barrel Assembly Machinery(Bam)复合体介导的,而本文的研究对象BamA蛋白质是Bam复合体的核心蛋白,因此研究BamA蛋白质可能对寻找新的治疗靶标有帮助。BamA蛋白质主要由β-桶结构与5个POTRA(Polypeptide Transport-Associated)结构域组成。随着越来越多蛋白质的晶体结构被解析以及计算机的飞速发展,分子动力学模拟被广泛地应用到各类学科的研究中。由于它可以动态观察蛋白质的运动状态,因此可以弥补实验的不足,为问题的研究提供新视角。该方法主要原理是通过求解牛顿第二定律中的运动方程来获取下一步的运动坐标,本质... 

【文章来源】:吉林大学吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】:58 页

【学位级别】:硕士

【部分图文】:

基于机器学习算法分析BamA蛋白质分子动力学模拟轨迹


Bam复合体晶体结构图

晶体结构,绪论,结构显示,复合结构


第 1 章 绪论接下来解析出的晶体结构为 BamB复合结构[7, 8]。该晶体结构进一步证实4 的交界处相连,如图 1.2,这种相起重要作用。在此之后,BamA 的体结构也被解析出来,该结构显示作用[9, 10],晶体结构如图 1.3。BamD 究表明 BamD 可能会激活 BamA[11]

晶体结构


BamD与BamA的POTRA4、POTRA5晶体结构图

【参考文献】:
硕士论文
[1]BamA蛋白的全原子及粗粒化轨迹的主成分分析[D]. 刘兰茹.吉林大学 2016



本文编号:3015215

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