DLO Hi-C Tool一款简单高效的DLO Hi-C分析工具
发布时间：2021-02-17 12:21
在三维基因组领域,Hi-C技术在研究全基因组交互中扮演关键角色。随着技术的进步,传统Hi-C实验中的数据利用率低,实验周期长,实验成本高等问题逐渐显露。为了弥补这一不足,2018年5月份Nature Genetics发表了一篇关于新的Hi-C技术DLO Hi-C（Digestion-ligation-only Hi-C）。相比于传统Hi-C技术,DLO Hi-C有着测序数据质量高,实验周期短,可重复性好,操作简单等优势。由于实验方法与传统Hi-C有较大不同,传统的Hi-C分析软件不适应于DLO Hi-C数据,因此开发一个适用于DLO Hi-C数据的分析软件就显得极为重要。在本文中,我们开发了一款名为DLO Hi-C Tool的工具,用于DLO Hi-C数据分析。DLO Hi-C Tool集合了ChIA-PET Tool,MAFFT的部分功能以及传统的Hi-C流程,并使用Java语言构建出了一个一体化的DLO Hi-C分析软件。DLO Hi-C Tool有着使用简单,自动化,软件依赖少,运行速度快等优点。除了一键式分析之外,DLO Hi-C Tool还支持分步运行并且提供了一些常用的文件...
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：67 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
C及其衍生技术原理图(方亚平etal2018)
4图 2. 染色质结构的层次化(Bonev and Cavalli 2016)Figure 2. Hierarchical organization of chromatin structure(Bonev and Cavalli 2016)ChIA-PET 则是将配对末端标签测序技术（Pair-End Tag Sequencing）与染色质免疫共沉淀技术（ChromatinImmunoprecipitation,ChIP）相结合，用于测定特定的蛋白因子及其相关联的染色质相互作用。ChIA-PET 技术在人类癌细胞(Fullwoodet al 2009; Guoliang Li et al 2012)、小鼠胚胎干细胞(Handoko et al 2011)、神经组细胞(Zhang et al 2013)等有着大量应用并发现了不同的交互类型，如增强子-启动子
有不同的条形码（barcode），因此可以识别出线性远离但空间邻近的多重相互作用的染色质位点(Zhenget al2019)。相对于 ChIA-PET 和 Hi-C，ChIA-Drop 实验操作更加简单，且可以检测到真正的多重染色质相互作用。1.2 Hi-C 和原位 Hi-C 技术2009 年 Job Dekker 研究团队首次提出了 Hi-C 技术，目的是为了能捕获全基因组的染色质空间交互。Hi-C 技术的主要步骤为：1. 利用甲醛溶液将蛋白质、DNA 交联在一起 2. 使用限制性内切酶将 DNA 切成短片段 3. 利用有生物素标记的核苷酸将5′粘性末端补平 4. 在 DNA 浓度较低的环境中将交联一起的 DNA 片段连接起来，再使用蛋白酶解除交联 5. 利用超声波打断 DNA 片段，使用链霉亲和素磁珠纯化出带有生物素标记的片段 6.双端测序并用于后续研究(Lieberm-Anaiden et al 2009)。
【参考文献】：
期刊论文
[1]起航三维基因组学研究[J]. 李国亮,阮一骏,谷瑞升,杜生明. 科学通报. 2014(13)
本文编号：3037979
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：67 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
C及其衍生技术原理图(方亚平etal2018)
4图 2. 染色质结构的层次化(Bonev and Cavalli 2016)Figure 2. Hierarchical organization of chromatin structure(Bonev and Cavalli 2016)ChIA-PET 则是将配对末端标签测序技术（Pair-End Tag Sequencing）与染色质免疫共沉淀技术（ChromatinImmunoprecipitation,ChIP）相结合，用于测定特定的蛋白因子及其相关联的染色质相互作用。ChIA-PET 技术在人类癌细胞(Fullwoodet al 2009; Guoliang Li et al 2012)、小鼠胚胎干细胞(Handoko et al 2011)、神经组细胞(Zhang et al 2013)等有着大量应用并发现了不同的交互类型，如增强子-启动子
有不同的条形码（barcode），因此可以识别出线性远离但空间邻近的多重相互作用的染色质位点(Zhenget al2019)。相对于 ChIA-PET 和 Hi-C，ChIA-Drop 实验操作更加简单，且可以检测到真正的多重染色质相互作用。1.2 Hi-C 和原位 Hi-C 技术2009 年 Job Dekker 研究团队首次提出了 Hi-C 技术，目的是为了能捕获全基因组的染色质空间交互。Hi-C 技术的主要步骤为：1. 利用甲醛溶液将蛋白质、DNA 交联在一起 2. 使用限制性内切酶将 DNA 切成短片段 3. 利用有生物素标记的核苷酸将5′粘性末端补平 4. 在 DNA 浓度较低的环境中将交联一起的 DNA 片段连接起来，再使用蛋白酶解除交联 5. 利用超声波打断 DNA 片段，使用链霉亲和素磁珠纯化出带有生物素标记的片段 6.双端测序并用于后续研究(Lieberm-Anaiden et al 2009)。
【参考文献】：
期刊论文
[1]起航三维基因组学研究[J]. 李国亮,阮一骏,谷瑞升,杜生明. 科学通报. 2014(13)
本文编号：3037979
本文链接：https://www.wllwen.com/projectlw/swxlw/3037979.html
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