piRNA数据库piRBase的版本升级及数据完善

发布时间：2021-02-17 03:32

　　piRNA是一类主要在生殖细胞中表达、长度介于24-32nt之间,能够与Piwi家族蛋白结合发挥作用的非编码RNA。piRNA在生殖系统基因组稳定性、基因组甲基化、基因调控等方面有着重要作用。随着测序技术的发展,piRNA在多个物种中被鉴定出来,产生了大量有待分析和整理的数据。但是现有的piRNA的数据库存在着收集的序列数量和物种数量上较少、piRNA和mRNA/lncRNA关系以及piRNA和疾病的关系收集不足、基因组版本缺乏更新、在搜索和下载方面使用不便等诸多问题,且现存的数据库无法反映近年来piRNA研究的成果,也无法满足广大研究人员对物种、序列、注释等方面多样化的需求。在此基础上,我们对piRBase数据库进行了升级。本次对piRBase数据库的升级更新,以“piRNA”为关键字搜索PuMed数据库,筛选了自2014年数据库第一版上线以来公开发表的piRNA相关数据,从UCSC下载了新的基因组以及注释信息,使用Bowtie、Bedtools等软件对序列和注释信息进行整理。除了更新piRNA序列、piRNA相关的注释信息以及对所有物种基因组版本进行更新之外,本次数据库还更新整合了... 

【文章来源】：郑州大学河南省 211工程院校

【文章页数】：69 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

piRNA次级生成过程及参与乒乓循环的相关蛋白示意图

PIWI蛋白结构示意图

人体当中各转座子比例

【参考文献】：
期刊论文
[1]大黄鱼高温适应的转录组学分析[J]. 邓素贞,韩兆方,陈小明,李庆昌,肖世俊,李佳凯,刘贤德.  水产学报. 2018(11)
[2]基于piggyBac转座子系统的西方蜜蜂Rubia基因转移研究[J]. 柯俐,胡小芬,王子龙,曾志将,何旭江.  江西农业大学学报. 2018(05)
[3]LINE-1的低甲基化在癌症中的研究进展[J]. 李佳慈,李克秋,景亚青,李光.  重庆医学. 2018(19)
[4]绵羊高效转基因通用型piggyBac转座子载体构建及功能验证[J]. 胡广东,郝科兴,黄涛,曾维斌,谷新利,王静.  遗传. 2018(08)
[5]腺病毒介导的“睡美人”转座子与IL-10共表达对NOD小鼠Th17/Treg细胞平衡的影响[J]. 庞春艳,王慧,王志华,冯秀媛,王永福.  吉林大学学报(医学版). 2018(02)
[6]睡美人转座子在草鱼CIK细胞中介导的高效基因整合[J]. 陈凯,薛亭,王艺舟,潘启华,于淼,陈天圣.  水生生物学报. 2018(02)
[7]Tol2转座子介导斑马鱼rps26基因附近增强子捕获及注解分析[J]. 桑亚通,沈丹,陈伟,产舒恒,顾浩,高波,宋成义.  生物工程学报. 2018(03)
[8]9种硬骨鱼类转座组注释[J]. 高波,沈丹,陈才,王赛赛,杨昆仑,陈伟,王伟,张丽,宋成义.  生物工程学报. 2018(01)
[9]新型非编码小RNA-piRNA在恶性血液病发病中的作用研究进展[J]. 江妍霞,胥倩,陈国安.  中华实用诊断与治疗杂志. 2017(12)
[10]基于烟草基因组重测序数据的SNP提取软件组合比较[J]. 余世洲,曹培健,李泽锋,林世锋,张洁,郭玉双,余婧,任学良.  烟草科技. 2017(10)

博士论文
[1]斑马鱼早期胚胎发育过程中的小RNA预测和分析[D]. 姚元根.华中科技大学 2014

硕士论文
[1]家蚕大脑中piRNA的鉴定及功能探索[D]. 刘晓.南阳师范学院 2018
[2]7种榕小蜂的Argonaute蛋白基因的分子进化[D]. 黎剑平.河北大学 2017
[3]灰飞虱体内AGO家族的鉴定及其表达分析[D]. 周燕茹.浙江师范大学 2015



本文编号：3037362