基于群体转录组解析南荻局域适应的关键因子

发布时间：2021-03-02 23:12

　　选取有代表性的10个南荻（Miscanthus lutarioriparius L. Liu ex Renvoize&S. L. Chen）野生居群,以种群转录组数据为基础,对种群局部适应性的关键因子进行研究。首先利用SNP构建推断单倍型,分析环境间和推断单倍型间的差异表达基因,并将这类基因分为4类:仅受环境显著影响的基因（E）、仅受单倍型显著影响的基因（G）、受环境和单倍型相互作用显著影响的基因（G&E）以及非显著影响的基因。分析结果显示:G&E和E基因集在种群局域适应中发挥重要作用,前者的基因表达更容易受其它因素的影响,而后者相对较为稳定;前者中显著富集核糖体途径相关功能基因,后者中显著富集蛋白质折叠相关功能基因。这两类功能基因均参与响应外界压力,推测这些基因的差异表达主要受环境以及基因型和生长环境相互作用的影响。 

【文章来源】：植物科学学报. 2020,38(06)北大核心

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【部分图文】：

环境和推断基因型中的差异表达基因

通过路径分析，本研究未发现G和E基因组中有显著功能富集，仅发现G&E基因组中有一个核糖体(ko03010)显著富集。在1286个基因的G&E基因组中有108个ko03010基因，而在16 225个基因的背景基因组中只有186个基因显著富集。GO功能术语分析结果显示，在G中没有发现显著功能基因，只发现了一个与蛋白质折叠相关的重要基因GO:0006457。路径分析结果表明，在G&E基因集中富集了26个重要的GO功能基因(图3)。在生物学过程、细胞组成和分子功能3个领域，25个GO术语均与核糖体相关。GO:0004576与低聚糖转移酶有关。图3 G&E的GO富集

G&E的GO富集


本文编号：3060130