球等鞭金藻Cry1-like基因克隆及生物信息学分析
发布时间：2021-03-04 06:21
隐花色素（cryptochrome）基因家族作为蓝光受体的一大类,广泛存在于动植物体内,介导了植物和动物的各种光响应。文章通过实验克隆出球等鞭金藻（Isochrysis galbana）一条隐花色素基因,该基因DNA全长2916 bp,cDNA全长2316 bp,由771个氨基酸组成。对其进行相关生信分析,预测该基因是球等鞭金藻Cry1基因（文中称为Cry1-like基因）,克隆得到的Cry1-like基因能够为后续球等鞭金藻隐花色素基因结构与功能研究提供依据。
【文章来源】：福建轻纺. 2020,(01)
【文章页数】：8 页
【部分图文】：
PMD-Cry1-like质粒电泳图
测使用NCBI的CDD数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/cdd/)；同源序列查找使用NCBI的BLAST程序(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)；蛋白质同源序列比对采用Clustalx软件，比对结果优化使用DANman软件；MEGA7软件以最大似然法（Maximumlikelihood）构建进化树，分支置信度经1000次自举重复测验。2结果与分析2.1以球等鞭金藻基因组DNA为模板的PCR扩增结果以球等鞭金藻基因组DNA为模板对进行PCR扩增，经电泳检测，与5000bpLadderMarker进行比较，可见扩增片段约为3000bp，与基因组DNA序列大小吻合，见图1。2.2PMD19-T克隆后检测结果PMD19-T载体大小为2692bp，与片段大小为2916bp的PCR扩增产物连接后重组质粒大小约为5700bp。PMD19-T与基因重组质粒（下文称PMD-Cry1-like质粒）凝胶电泳图显示重组质粒片段大小与预期一致（图2），基因成功连接至PMD19-T质粒上。将PMD-Cry1-like质粒送测序，测序结果与球等鞭金藻DNA全长序列比对，两者序列一致，通过PCR方式顺利克隆得到DNA全长。2.3重叠延伸PCR获取基因cDNA全长以球等鞭金藻cDNA为模板对基因图2PMD-Cry1-like质粒电泳图Lane1、2：PMD-Cry1-like，M：SupercoiledDNALadderMarker图1球等鞭金藻基因PCR产物电泳图Lane1、2、3：基因PCR产物，M：5000bpLDMarker论文龚林，赵靖悦，雷娜娜，胡荣飞，等：球等鞭金藻基因克隆及生物信息学分析
げ庠诮湍钢斜泶锏陌胨テ?大于20h，在大肠杆菌中表达的半衰期大于l0h，而在哺乳动物网状细胞中体外培养表达的半衰期为30h。该蛋白由20种基本氨基酸组成，含量较高的氨基酸残基是丙氨酸（Ala，11.8%）和亮氨酸（Leu，11.0%），表1重叠延伸PCR各分段引物引物名称(Primername)1F/R2F/R3F/R上游引物(5"-3")Forwordprimer(5"-3")ATGCGTGTCGAGCTTTTCGTGAAGCGATTCGAATGAAGCGATCACTTACTGTCGGCCAAACCT下游引物(5"-3")Reverseprimer(5"-3")GCTTCATTCGAATCGCTTGTCGGTTTGGCCGACAGTAAGTGCTCAGCGCATATACTTCTTTATGCTG图3splign程序比对球等鞭金藻Cry1-like基因DNA和cDNA全长序列Lane1、2、3：CRY1-like基因分段3、2、1PCR产物M：5000bpLDMarkerLane1、2：CRY1-like基因分段1+2、1+2+3PCR产物M：5000bpLDMarker图4球等鞭金藻CRY1-like基因cDNA各分段PCR产物图5cDNA各分段重叠延伸PCR产物论文福建轻纺2020年1月第1期
【参考文献】：
期刊论文
[1]真核微藻蓝光受体及其功能研究进展[J]. 崔红利,陈军,侯义龙,吴海歌,秦松. 生物技术通报. 2017(04)
[2]植物的蓝光受体[J]. 孙燕,许志茹. 植物生理学通讯. 2008(01)
[3]培养海洋微藻Isochrysis galbana生产EPA和DHA[J]. 戴俊彪,吴庆余. 海洋科学. 1999(03)
本文编号：3062717
【文章来源】：福建轻纺. 2020,(01)
【文章页数】：8 页
【部分图文】：
PMD-Cry1-like质粒电泳图
测使用NCBI的CDD数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/cdd/)；同源序列查找使用NCBI的BLAST程序(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)；蛋白质同源序列比对采用Clustalx软件，比对结果优化使用DANman软件；MEGA7软件以最大似然法（Maximumlikelihood）构建进化树，分支置信度经1000次自举重复测验。2结果与分析2.1以球等鞭金藻基因组DNA为模板的PCR扩增结果以球等鞭金藻基因组DNA为模板对进行PCR扩增，经电泳检测，与5000bpLadderMarker进行比较，可见扩增片段约为3000bp，与基因组DNA序列大小吻合，见图1。2.2PMD19-T克隆后检测结果PMD19-T载体大小为2692bp，与片段大小为2916bp的PCR扩增产物连接后重组质粒大小约为5700bp。PMD19-T与基因重组质粒（下文称PMD-Cry1-like质粒）凝胶电泳图显示重组质粒片段大小与预期一致（图2），基因成功连接至PMD19-T质粒上。将PMD-Cry1-like质粒送测序，测序结果与球等鞭金藻DNA全长序列比对，两者序列一致，通过PCR方式顺利克隆得到DNA全长。2.3重叠延伸PCR获取基因cDNA全长以球等鞭金藻cDNA为模板对基因图2PMD-Cry1-like质粒电泳图Lane1、2：PMD-Cry1-like，M：SupercoiledDNALadderMarker图1球等鞭金藻基因PCR产物电泳图Lane1、2、3：基因PCR产物，M：5000bpLDMarker论文龚林，赵靖悦，雷娜娜，胡荣飞，等：球等鞭金藻基因克隆及生物信息学分析
げ庠诮湍钢斜泶锏陌胨テ?大于20h，在大肠杆菌中表达的半衰期大于l0h，而在哺乳动物网状细胞中体外培养表达的半衰期为30h。该蛋白由20种基本氨基酸组成，含量较高的氨基酸残基是丙氨酸（Ala，11.8%）和亮氨酸（Leu，11.0%），表1重叠延伸PCR各分段引物引物名称(Primername)1F/R2F/R3F/R上游引物(5"-3")Forwordprimer(5"-3")ATGCGTGTCGAGCTTTTCGTGAAGCGATTCGAATGAAGCGATCACTTACTGTCGGCCAAACCT下游引物(5"-3")Reverseprimer(5"-3")GCTTCATTCGAATCGCTTGTCGGTTTGGCCGACAGTAAGTGCTCAGCGCATATACTTCTTTATGCTG图3splign程序比对球等鞭金藻Cry1-like基因DNA和cDNA全长序列Lane1、2、3：CRY1-like基因分段3、2、1PCR产物M：5000bpLDMarkerLane1、2：CRY1-like基因分段1+2、1+2+3PCR产物M：5000bpLDMarker图4球等鞭金藻CRY1-like基因cDNA各分段PCR产物图5cDNA各分段重叠延伸PCR产物论文福建轻纺2020年1月第1期
【参考文献】：
期刊论文
[1]真核微藻蓝光受体及其功能研究进展[J]. 崔红利,陈军,侯义龙,吴海歌,秦松. 生物技术通报. 2017(04)
[2]植物的蓝光受体[J]. 孙燕,许志茹. 植物生理学通讯. 2008(01)
[3]培养海洋微藻Isochrysis galbana生产EPA和DHA[J]. 戴俊彪,吴庆余. 海洋科学. 1999(03)
本文编号：3062717
本文链接：https://www.wllwen.com/projectlw/swxlw/3062717.html
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