蕨类植物rpoC1内含子缺失及其分子进化速率

发布时间：2021-03-06 15:41

　　rpoC1基因编码RNA聚合酶β￠亚基蛋白,在转录过程中与DNA模板结合,与β亚基形成的β-β￠亚基复合体构成RNA合成的催化中心。以rpoC1基因为研究对象,在贝叶斯因子大于20的条件下,用HyPhy软件位点模型检测到3个正选择位点和541个负选择位点;用PAML软件位点模型检测到10个正选择位点,其中3个位点的后验概率超过99%。此外,基于最大似然法构建64种蕨类植物的系统发育树,结合HyPhy软件分析rpoC1基因的转换率、颠换率、转换率/颠换率、同义替换率、非同义替换率以及同义替换率/非同义替换率,探讨rpoC1基因内含子丢失与分子进化速率的关系。结果表明, rpoC1基因内含子缺失对转换率、颠换率以及非同义替换率有一定影响。 

【文章来源】：植物学报. 2020,55(03)北大核心

【文章页数】：12 页

【部分图文】：

海金沙RPOC1蛋白质的三维结构

模型M8a的似然值?=–32 735.212 985,与模型M8相比2倍对数似然值2??=2×(–32 715.067 141+32 735.212 985)=40.291 7,由χ2分布(Df.=1)得出P=2.187×10–10,即P值远小于0.05,因此模型M8a被极显著地拒绝。模型M2a和M8的假定条件中均允许ω值大于1,PAML分析结果均显示rpoC1基因中存在正选择位点。与它们各自对应的零假设模型M1a和M7相比,模型M2a比M1a多2个参数,它们的LRT统计量2??=42.484 8,卡方检验P值为5.950×10–10。模型M8与M7相比,在自由度为2的条件下,2??=106.583 8。在95%水平上,模型M2a鉴定出4个氨基酸位点(687P、692S、697S和700A)受到正选择,其中687P、692S和697S后验概率超过99%;模型M8鉴定出10个氨基酸位点(578V、579Y、686S、687P、689T、692S、693I、696T、697S和700A)受到正选择,其中687P、692S和697S后验概率超过99%。2.5 RPOC1蛋白质三维结构

将海金沙RPOC1蛋白质序列导入SWISS-MODEL中,通过与结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)RNAP启动子蛋白质(SMTL ID:6ee8.1)序列进行比对,基于同源建模原理得到其蛋白质结构图(图3)。其中,HyPhy软件筛选出来的正选择位点156T、184F及568I如图3所示。异亮氨酸(isoleucine,I)和苯丙氨酸(phenylalanine,F)均为非极性R基氨基酸。156T和184F正选择位点靠近DNA结合结构域,周围大部分氨基酸为非极性R基氨基酸(疏水氨基酸),568I正选择位点周围大部分是不带电荷的极性R基氨基酸。2.6 讨论

【参考文献】：
期刊论文
[1]人猿超科和旧大陆猴7种高等灵长类FKN全基因序列的测定及进化分析[J]. 洪晓武,张亚平,储以微,高海峰,蒋正刚,熊思东.  遗传. 2008(05)



本文编号：3067358