亚洲广义爵床属叶绿体系统发育基因组学研究

发布时间：2021-05-06 06:51

　　广义爵床属隶属于爵床科爵床亚族,是爵床科的第一大属,广泛分布于热带、亚热带地区,亚洲为其主要分布中心之一。由于爵床属分布广,种间形态差异大,在属的范围上存在争议,其系统发育关系迄今为止仍未得到有效解决。叶绿体基因组为母系遗传,在被子植物中高度保守,其基因组序列简单易比较,因此非常适用于植物系统发育研究。本研究旨在通过基因组浅层测序技术,对亚洲79种爵床属植物的叶绿体全基因组序列进行组装,比较爵床属不同基因组间的差异,重建亚洲广义爵床属系统发育关系,最终解决亚洲广义爵床属在属的界定上存在的问题。主要的研究结果如下:（1）79种广义爵床属叶绿体基因组均为闭合环状,总长度在148,218-156,819 bp之间,表现为一个典型的四分体结构:由一个大单拷贝区（large single copy region,LSC）,一个小单拷贝区（small single copy region,SSC）以及一对反向重复区（inverted repeat,IR）组成。LSC区长度在81,434-84,088 bp之间,SSC区长度在984-17,533 bp之间,IR区长度在24,791-36,935 b... 

【文章来源】：南京林业大学江苏省

【文章页数】：152 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
致谢
摘要
abstract
前言
第一章 爵床属的研究概况
    1.1 爵床属研究背景
        1.1.1 爵床属基本特征及分布
        1.1.2 爵床属分类简史
        1.1.3 爵床属的系统位置
    1.2 叶绿体基因组研究概况
        1.2.1 叶绿体起源及基本特征
        1.2.2 叶绿体基因组测序技术发展现状
        1.2.3 叶绿体系统发育基因组学研究概况
        1.2.4 爵床属叶绿体基因组研究进展
    1.3 本研究的目的及意义
第二章 爵床属叶绿体基因组基本特征
    2.1 实验材料与方法
        2.1.1 实验材料
        2.1.2 实验方法
        2.1.3 叶绿体基因组组装
        2.1.4 分析方法
    2.2 研究结果
        2.2.1 亚洲广义爵床属叶绿体基因组基本特征
        2.2.2 亚洲广义爵床属叶绿体基因组结构比较
        2.2.3 叶绿体基因组重复序列比较分析
        2.2.4 选择压力分析
    2.3 讨论
        2.3.1 叶绿体基因组成
        2.3.2 叶绿体基因组基本结构与差异
        2.3.3 叶绿体基因组重复序列比较
        2.3.4 编码基因核苷酸替代率
第三章 亚洲广义爵床属系统发育分析
    3.1 实验材料与方法
        3.1.1 实验材料
        3.1.2 核基因序列拼接
        3.1.3 亚洲广义爵床属系统发育研究
    3.2 研究结果
        3.2.1 叶绿体全基因组系统发育分析
        3.2.2 形态性状祖先状态重建
        3.2.3 基于五个片段的亚洲广义爵床属系统发育重建
    3.3 讨论
        3.3.1 爵床族各亚族间系统发育关系
        3.3.2 亚洲广义爵床属系统发育关系
        3.3.3 亚洲广义爵床属分类处理
第四章 总结与展望
    4.1 总结
    4.2 展望
攻读学位期间发表的学术论文
参考文献


【参考文献】：
期刊论文
[1]Wuacanthus（Acanthaceae）,a new Chinese endemic genus segregated from Justicia（Acanthaceae）[J]. Yunfei Deng,Chunming Gao,Nianhe Xia,Hua Peng.  Plant Diversity. 2016(06)
[2]基于叶绿体DNA ndhA和nrDNA ITS序列变异分析栽培柿及其近缘种亲缘关系[J]. 傅建敏,梁晋军,乌云塔娜,梁玉琴,孙鹏,李芳东.  植物研究. 2015(04)
[3]爵床属植物的化学成分和药理活性研究进展[J]. 刘文坤,陈思强,邵明国,罗永明,杨美华.  天然产物研究与开发. 2012(04)



本文编号：3171457