东帕米尔高原喜马拉雅雪鸡线粒体基因组序列测定与分析

发布时间：2021-06-05 12:13

　　喜马拉雅雪鸡属国家二级保护动物,是生存海拔最高的鸡类,同时在维持生态平衡和鸟类高海拔适应性研究中具有重要的科研价值。本研究以东帕米尔高原喜马拉雅雪鸡为研究对象,采用直接测序法,拼接组装获得该物种线粒体（mtDNA）全基因组序列,对mtDNA全序列进行注释和结构分析,并选择GenBank已提交的鸡形目鸟类mtDNA序列,利用邻接法构建系统发育树,为该物种的有效保护和开发利用提供分子水平的依据。结果表明:喜马拉雅雪鸡的mtDNA全长为16 691 bp,基因种类、数量及排列顺序与鸟类线粒体基因典型排列顺序一致。基因组核苷酸含量为A:30.2%;T:23.9%;C:32.2%;G:13.8%;（A+T）含量（54%）略高于G+C （46%）含量,AT-skew为0.116 7,有一定的碱基偏好。在本研究中,东帕米尔高原喜马拉雅雪鸡起始密码子以ATG为主,终止密码子以TAA为主。预测了22个tRNA的二级结构,均能形成典型的三叶草结构,共有错配25处,以GU错配为主,喜马拉雅雪鸡tRNASer （UCN）基因比藏雪鸡的tRNASer （UCN）基因多出3个碱基;系统发育树构建表明雪鸡与鹌鹑关系... 

【文章来源】：基因组学与应用生物学. 2020,39(05)北大核心CSCD

【文章页数】：11 页

【部分图文】：

相关基因蛋白网络

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【参考文献】：
期刊论文
[1]基于高通量测序技术分析番鸭呼肠孤病毒感染雏番鸭肠道转录组学的变化[J]. 李鸿文,黄诗杭,骆钰,吴晓平,王全溪,李健,黄一帆,吴异健.  病毒学报. 2019(02)
[2]番鸭呼肠孤病毒感染对雏番鸭肠黏膜组织结构及肠道免疫细胞的影响[J]. 吴异健,姜慧慧,黄丽娜,朱二鹏,周五朵,王全溪,吴晓平,李健,吴宝成,黄一帆.  中国预防兽医学报. 2018(05)
[3]东帕米尔高原喜马拉雅雪鸡遗传多样性及系统发育地位[J]. 王玉涛,潘建飞,黄翠翠,胡平,韩建林.  生态学报. 2018(01)
[4]鸭肠炎病毒感染鸭脾脏的转录组分析[J]. 吴良涛,郑敏,华敏,万润,程振涛,周碧君,文明.  病毒学报. 2017(03)
[5]猴头菇多糖对呼肠孤病毒感染番鸭肠道黏膜免疫及抗氧化能力的影响[J]. 黄丽娜,姜慧慧,王洁,高婷,张叶飞,吴宝成,吴异健,黄一帆.  畜牧兽医学报. 2015(09)
[6]家禽的黏膜免疫研究及功能[J]. 李春松,戴晋军,李彪.  国外畜牧学(猪与禽). 2012(07)
[7]新一代测序技术在植物转录组研究中的应用[J]. 梁烨,陈双燕,刘公社.  遗传. 2011(12)
[8]鸡形目鸟类系统发生研究现状[J]. 包新康,刘迺发,顾海军,周晓雯.  动物分类学报. 2008(04)
[9]暗腹雪鸡染色体的核型分析[J]. 李红燕,王金富,刘凯.  石河子大学学报(自然科学版). 2006(03)
[10]暗腹雪鸡细胞色素b基因的克隆及其在雉科中亲缘关系的分析[J]. 刘强,吴敏,张琳麟,李悦.  浙江大学学报(理学版). 2006(01)

博士论文
[1]番鸭呼肠孤病毒感染的分子致病机制的转录组学研究[D]. 王全溪.福建师范大学 2015
[2]喜马拉雅雪鸡的分子系统地理学研究[D]. 王小立.兰州大学 2012

硕士论文
[1]鸭应对DEV感染的主要免疫基因筛选[D]. 吴良涛.贵州大学 2017



本文编号：3212145