引进驯鹿种群的遗传结构及其多样性分析
发布时间：2021-06-10 12:33
驯鹿（Rangifr tarandus）是一种寒带动物,广泛分布于环北极圈地带。在我国,驯鹿分布于大兴安岭西北部,由鄂温克猎民所驯养。驯鹿是鄂温克民族使鹿部落文化的重要载体,也是根河旅游产业的重要品牌,具有较高的经济价值和极其重要的生态价值。由于人类活动的干扰,长期的近亲繁殖,粗放式的饲养管理,兽害及疾病的发生等,使种群数量一直徘徊在600头左右,因此我国驯鹿的生存状况与环境极其堪忧。针对此严峻状况,基于恢复和改善我国驯鹿种群的考虑,根河林业局在内蒙古自治区重大科技支撑项目的支持下,于2017年2月和2018年2月从芬兰引进驯鹿种群,旨在通过引进来改良国内驯鹿遗传品质,丰富群体遗传多样性,从根本上摆脱我国驯鹿种群的濒危状况。但由于引进驯鹿没有系谱,亲缘关系、群体遗传结构与多样性也不清楚。因此,为了全面的科学评价所引进驯鹿种群的遗传结构及其多样性,本研究利用线粒体DNA D-Loop序列以及微卫星技术分析了 129头引进驯鹿种群的遗传结构和遗传多样性,为今后合理利用所引进的驯鹿种群资源提供了科学参考,研究结果如下:1.从19个微卫星位点中筛选出14个扩增效果良好且高度多态的位点,共检测出...
【文章来源】：东北林业大学黑龙江省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：64 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图３－１?Ｍａｒｋｅｒ：?ＤＬ２０００；?（Ａ）引进驯鹿种群部分血液样品ＤＮＡ提取结果；（Ｂ）粪便样??ＤＮＡ提取结果??
进行扩增并分型。??微卫星基因分型的结果显示有１４对微卫星引物能够在基因分型时有清晰明确的峰??图（图３－３），并且这１４个位点的等位基因数均大于４，属于多态位点，故本试验选取??这１４个位点进行后续实验。分别为：ＢＭ５００、ＲＴ１、ＲＴ２７、ＮＶＨＲＴ０１、ＮＶＨＲＴ２２、??ＮＶＨＲＴ３０、ＮＶＨＲＴ３１、ＮＶＨＲＴ４６、ＮＶＨＲＴ４８、Ｔ１２３、Ｔ１５６、Ｔ５３０、Ｃ１４３?和?Ｃ１８０。??０６?２１Ｐ?Ａ（ｇ?ｔ？ｉ???ＨＯＣａ?ｉｔ?；??ｉｔ???ｒ?［ＢＢＨＳＳＢＢＢＢＢＢＢＢＢ?ＢＢＩ?＇?■?■■?■：?＇＂?＂＂ｒｉ：：：＇￣?■??■？，》????Ｊ４￡?ｔｅｉ????ｍ?（???？ｔｏｏ??〇〇〇?Ｉ??〇ｉ?＊??????—??ｌｊ??ｊｓｚ?Ｊ５２．Ｉ６??＃１?１５６（１）?ｊ??ｓｚ?Ｉ５６．３Ｈ???ｆａｔ?２１６１?Ｊ???？Ｑ，８．０５．？１Ｐ?Ｈ０５Ａ?．Ｄ０７．丨ＨＱＭ?钃；?級?ｉ??ｉ??１??１?．．．．．．．’?ｖ．＂????＂￣＂１??ｎ＆－ｓ?＾ｓ＾Ａ?；３？
３．３．４多态位点及单核苷酸连锁不平衡??在获得的引进驯鹿线粒体ＤＮＡ?Ｄ－Ｌｏｏｐ序列中保守位点共４４８个，变异位点２５??个，碱基Ｃ，Ｔ，Ａ，Ｇ的基因频率分别为２３．５７％，３２．４０％，?２７．１９％和丨６．８４％?（图３－６）。在??２５个多态位点上发生了?２６次突变，核苷酸的变异主要以转换为主，包括２３次转换和３??次颠换，无插入和缺失，转换／颠换的比值（Ｒ）为７．６６７。比值Ｒ越大，说明转换发生??的概率越高，这与典型哺乳动物线粒体遗传变异特点十分吻合［５９］。利用ＤＮＡｓｐ软件计??算得到的核苷酸多样度（Ｐｉ）为０．０１０２２，平均核苷酸差异数（ｋ）为４．８３４。??连锁不平衡（ｌｉｎｋａｇｅ?ｄｉｓｅｑｕｉｌｉｂｒｉｕｍ；?ＬＤ）通常意义上是指两个或多个基因座上的等??－２５－??
【参考文献】：
期刊论文
[1]内蒙古根河林业局驯鹿产业现状及未来发展方向[J]. 高希明. 农业开发与装备. 2018(02)
[2]中国驯鹿种群发展现状及其研究进展[J]. 殷亚杰,聂春雨,袁改霞,徐长君,张志国,李和平. 大庆师范学院学报. 2017(03)
[3]我国驯鹿Rangifer tarandus的种群分布、数量及致危原因[J]. 曾治,孟凡露,王朋,孟秀祥. 西南大学学报(自然科学版). 2016(07)
[4]大熊猫粪便野外暴露时间对微卫星实验的影响[J]. 王承东,杨波,黄杰,黄炎,成彦曦,李仁贵,黄山,李德生,张和民. 四川动物. 2016(04)
[5]南非肉用美利奴羊与东北细毛羊杂交一代6号染色体微卫星DNA多态性研究[J]. 陈洋,孙丽敏,陈辉,姜怀志. 中国畜牧杂志. 2015(17)
[6]中国5个鹿群线粒体D-loop序列分析与系统进化研究[J]. 孙平芳. 甘肃畜牧兽医. 2015(07)
[7]罗非鱼选育群体Cytb与D-loop序列变异信息对比分析[J]. 颉晓勇,李思发. 基因组学与应用生物学. 2014(05)
[8]麋鹿mtDNA控制区序列遗传多样性分析[J]. 孟浩,武慧娟,张林源,韩春梅,高庆华. 经济动物学报. 2014(01)
[9]不同鳊鲂鱼类群体微卫星DNA指纹图谱的构建和遗传结构分析[J]. 张倩倩,陈杰,蒋霞云,邹曙明. 水产学报. 2014(01)
[10]中国鹿亚科动物mtDNA控制区序列差异及其遗传分化[J]. 涂剑锋,邢秀梅,徐佳萍,杨颖,杨福合. 安徽农业科学. 2012(02)
博士论文
[1]敖鲁古雅驯鹿（Rangifer tarandus）食性及其栖息地容纳量与种群生存力分析[D]. 殷亚杰.东北林业大学 2016
硕士论文
[1]使鹿部落驯鹿种群遗传多样性研究[D]. 翟健程.东北林业大学 2015
[2]豚鹿微卫星位点的分离及其在亲子鉴定中的应用[D]. 连虹.浙江大学 2009
[3]黑龙江省完达山地区马鹿的遗传多样性分析[D]. 尹君.东北林业大学 2007
本文编号：3222378
【文章来源】：东北林业大学黑龙江省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：64 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图３－１?Ｍａｒｋｅｒ：?ＤＬ２０００；?（Ａ）引进驯鹿种群部分血液样品ＤＮＡ提取结果；（Ｂ）粪便样??ＤＮＡ提取结果??
进行扩增并分型。??微卫星基因分型的结果显示有１４对微卫星引物能够在基因分型时有清晰明确的峰??图（图３－３），并且这１４个位点的等位基因数均大于４，属于多态位点，故本试验选取??这１４个位点进行后续实验。分别为：ＢＭ５００、ＲＴ１、ＲＴ２７、ＮＶＨＲＴ０１、ＮＶＨＲＴ２２、??ＮＶＨＲＴ３０、ＮＶＨＲＴ３１、ＮＶＨＲＴ４６、ＮＶＨＲＴ４８、Ｔ１２３、Ｔ１５６、Ｔ５３０、Ｃ１４３?和?Ｃ１８０。??０６?２１Ｐ?Ａ（ｇ?ｔ？ｉ???ＨＯＣａ?ｉｔ?；??ｉｔ???ｒ?［ＢＢＨＳＳＢＢＢＢＢＢＢＢＢ?ＢＢＩ?＇?■?■■?■：?＇＂?＂＂ｒｉ：：：＇￣?■??■？，》????Ｊ４￡?ｔｅｉ????ｍ?（???？ｔｏｏ??〇〇〇?Ｉ??〇ｉ?＊??????—??ｌｊ??ｊｓｚ?Ｊ５２．Ｉ６??＃１?１５６（１）?ｊ??ｓｚ?Ｉ５６．３Ｈ???ｆａｔ?２１６１?Ｊ???？Ｑ，８．０５．？１Ｐ?Ｈ０５Ａ?．Ｄ０７．丨ＨＱＭ?钃；?級?ｉ??ｉ??１??１?．．．．．．．’?ｖ．＂????＂￣＂１??ｎ＆－ｓ?＾ｓ＾Ａ?；３？
３．３．４多态位点及单核苷酸连锁不平衡??在获得的引进驯鹿线粒体ＤＮＡ?Ｄ－Ｌｏｏｐ序列中保守位点共４４８个，变异位点２５??个，碱基Ｃ，Ｔ，Ａ，Ｇ的基因频率分别为２３．５７％，３２．４０％，?２７．１９％和丨６．８４％?（图３－６）。在??２５个多态位点上发生了?２６次突变，核苷酸的变异主要以转换为主，包括２３次转换和３??次颠换，无插入和缺失，转换／颠换的比值（Ｒ）为７．６６７。比值Ｒ越大，说明转换发生??的概率越高，这与典型哺乳动物线粒体遗传变异特点十分吻合［５９］。利用ＤＮＡｓｐ软件计??算得到的核苷酸多样度（Ｐｉ）为０．０１０２２，平均核苷酸差异数（ｋ）为４．８３４。??连锁不平衡（ｌｉｎｋａｇｅ?ｄｉｓｅｑｕｉｌｉｂｒｉｕｍ；?ＬＤ）通常意义上是指两个或多个基因座上的等??－２５－??
【参考文献】：
期刊论文
[1]内蒙古根河林业局驯鹿产业现状及未来发展方向[J]. 高希明. 农业开发与装备. 2018(02)
[2]中国驯鹿种群发展现状及其研究进展[J]. 殷亚杰,聂春雨,袁改霞,徐长君,张志国,李和平. 大庆师范学院学报. 2017(03)
[3]我国驯鹿Rangifer tarandus的种群分布、数量及致危原因[J]. 曾治,孟凡露,王朋,孟秀祥. 西南大学学报(自然科学版). 2016(07)
[4]大熊猫粪便野外暴露时间对微卫星实验的影响[J]. 王承东,杨波,黄杰,黄炎,成彦曦,李仁贵,黄山,李德生,张和民. 四川动物. 2016(04)
[5]南非肉用美利奴羊与东北细毛羊杂交一代6号染色体微卫星DNA多态性研究[J]. 陈洋,孙丽敏,陈辉,姜怀志. 中国畜牧杂志. 2015(17)
[6]中国5个鹿群线粒体D-loop序列分析与系统进化研究[J]. 孙平芳. 甘肃畜牧兽医. 2015(07)
[7]罗非鱼选育群体Cytb与D-loop序列变异信息对比分析[J]. 颉晓勇,李思发. 基因组学与应用生物学. 2014(05)
[8]麋鹿mtDNA控制区序列遗传多样性分析[J]. 孟浩,武慧娟,张林源,韩春梅,高庆华. 经济动物学报. 2014(01)
[9]不同鳊鲂鱼类群体微卫星DNA指纹图谱的构建和遗传结构分析[J]. 张倩倩,陈杰,蒋霞云,邹曙明. 水产学报. 2014(01)
[10]中国鹿亚科动物mtDNA控制区序列差异及其遗传分化[J]. 涂剑锋,邢秀梅,徐佳萍,杨颖,杨福合. 安徽农业科学. 2012(02)
博士论文
[1]敖鲁古雅驯鹿（Rangifer tarandus）食性及其栖息地容纳量与种群生存力分析[D]. 殷亚杰.东北林业大学 2016
硕士论文
[1]使鹿部落驯鹿种群遗传多样性研究[D]. 翟健程.东北林业大学 2015
[2]豚鹿微卫星位点的分离及其在亲子鉴定中的应用[D]. 连虹.浙江大学 2009
[3]黑龙江省完达山地区马鹿的遗传多样性分析[D]. 尹君.东北林业大学 2007
本文编号：3222378
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