家蚕BmABCD 2 的克隆鉴定及功能研究

发布时间：2021-06-19 18:01

　　腺苷三磷酸结合盒转运蛋白（ATP-Binding Cassette Transporter）,简称ABC转运蛋白（ABC transporter）,是一类跨膜蛋白。ABC转运体含有一个共同的核心结构—2个核苷酸结合区域（nucleotide binding domains,NBDs）和2个跨膜区域（transmembrane domains,TMDs）其中NBDs结构相对保守,根据NBDs的保守结构,把家蚕ABC转运蛋白分为8个亚家族:ABCA、ABCB、ABCC、ABCD、ABCE、ABCF、ABCG、ABCH。其中ABCD亚家族的成员都是半转运蛋白,但目前对ABCD的研究报道较少,尤其家蚕ABCD₂基因的功能更不清楚。我们以家蚕抗BmNPV品种白玉N（BYN）和常规品种白玉（BY）经BmNPV侵染后的脂肪体组织为材料进行转录组测序分析时发现有两个差异基因属于ABC转运蛋白通路,其中一个为ABCD₂基因,为进一步清楚ABCD₂的序列信息和相关功能,本研究以家蚕品系白玉N和白玉为材料,利用RACE技术克隆了两个品系ABC... 

【文章来源】：江苏科技大学江苏省

【文章页数】：80 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
第1章 绪论
    1.1 研究背景
        1.1.1 ABC转运蛋白简介
        1.1.2 ABC转运蛋白的分子结构和作用机制
    1.2 ABC转运家族的研究概况
    1.3 ABCD亚族的研究进展
    1.4 家蚕抗BmNPV的研究概况
        1.4.1 家蚕抗BmNPV资源的发现
        1.4.2 家蚕抗BmNPV的遗传规律研究
        1.4.3 已经分离和鉴定的抗BmNPV物质
        1.4.4 组学技术在家蚕抗BmNPV的应用
    1.5 本研究的主要内容和技术路线
        1.5.1 主要研究内容
        1.5.2 技术路线
第2章 BmABCD_2 基因的全长克隆及表达分析
    2.1 前言
    2.2 实验材料与仪器试剂
        2.2.1 实验材料及处理
        2.2.2 主要仪器与设备
    2.3 主要试剂及配制
    2.4 实验方法
        2.4.1 总RNA提取
        2.4.2 BmABCD_2 基因编码区克隆
        2.4.3 家蚕ABCD_2 基因UTR区克隆
        2.4.4 两个品系家蚕ABCD_2 基因表达谱分析
    2.5 结果与分析
        2.5.1 RNA样品的提取结果
        2.5.2 家蚕ABCD_2 基因编码区克隆结果
        2.5.3 家蚕ABCD_2 基因5’RACE和3’RACE克隆结果
        2.5.4 ABCD_2 基因cDNA全长扩增拼接结果
        2.5.5 两个品系家蚕ABCD_2 基因表达谱分析
    2.6 讨论
第3章 ABCD_2基因的序列分析及ABC家族的密码子分析
    3.1 家蚕ABCD_2 基因的生物信息学分析
    3.2 家蚕ABCD_2 基因的序列分析结果
        3.2.1 .两个品系的序列比对结果
        3.2.2 氨基酸组成和理化性质分析
        3.2.3 疏水性/亲水性的预测和分析
    3.3 家蚕ABC家族的密码子分析
        3.3.1 数据来源及处理
        3.3.2 核苷酸的组成分析
        3.3.3 各参数的计算
        3.3.4 各参数相关性分析
        3.3.5 中性绘图分析
        3.3.6 ENC绘图分析
    3.4 结果与分析
        3.4.1 核苷酸含量与碱基组成分析结果
        3.4.2 同义密码子相对使用度分析
        3.4.3 密码子使用特性分析
        3.4.4 碱基组成与含量的相关性分析
        3.4.5 中性绘图分析
        3.4.6 ENC与GC3相关性分析
    3.5 讨论
第4章 RNA干涉ABCD_2 及与ABCD_2 互作蛋白的筛选
    4.1 前言
    4.2 实验设备与试剂
        4.2.1 主要仪器与设备
        4.2.2 主要试剂
    4.3 实验方法
        4.3.1 RNA干涉BmABCD_2 对白玉N抗性的影响
        4.3.2 家蚕ABCD_2 基因重组表达质粒的构建
        4.3.3 重组表达载体的转化
        4.3.4 转化细胞的诱导表达
        4.3.5 表达结果检测
        4.3.6 融合蛋白的GST柱亲和纯化
        4.3.7 GST-Pull down实验
        4.3.8 肽指纹图谱实验
    4.4 实验结果
        4.4.1 RNA干涉BmABCD_2 结果
        4.4.2 酶切鉴定
        4.4.3 重组蛋白的表达鉴定及纯化结果分析
        4.4.4 GST-pull down结果
        4.4.5 肽指纹图谱结果分析
    4.5 讨论
结论
参考文献
攻读硕士学位期间发表的学位论文
致谢


【参考文献】：
期刊论文
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[3]兰科植物FT基因的密码子偏性分析[J]. 罗火林,张亚楠,罗丽萍,熊冬金,杨柏云.  分子植物育种. 2016(01)
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博士论文
[1]家蚕抗核型多角体病毒病的微卫星分子标记筛选、定位及其病毒侵染家蚕中肠组织的差异蛋白质表达图谱研究[D]. 赵远.江苏大学 2007

硕士论文
[1]家蚕三磷酸腺苷结合盒转运子的鉴定及部分成员的克隆与功能分析[D]. 栗凤鹏.江苏科技大学 2011



本文编号：3238283