张氏江蓠microRNAs鉴定及其基因家族系统进化

发布时间：2021-06-24 16:14

　　张氏江蓠是江蓠属的重要代表,具有宝贵的工业生产价值。随着海洋环境的恶化,江蓠资源亟待进一步开发与利用。作为基因转录后表达的重要调控子,microRNA （miRNA）在植物组织器官发育、生理调节、胁迫应答等方面起着关键的调控作用。然而,迄今仍未有张氏江蓠miRNA（gch-miRNA）信息的报道,极大地阻碍了江蓠属非编码RNA的相关研究。运用生物信息学技术,通过gch-ESTs与miRBase数据库的比对分析,共鉴定到6条gch-miRNAs。序列特征分析结果显示,鉴定的gch-miRNA序列基本可信,并在其它植物间有保守性和多态性特征。颈环引物qRT-RCR的试验验证进一步证实了鉴定结果的可靠性。部分miRNA基因家族的NJ系统进化结果显示:gch-miRNA位于进化树的外类群;miRNA的进化与物种本身的进化并不同步。TargetFinder筛选获得8条gch-miRNA靶标序列,psRNATarget预测其抑制类型均为切割抑制。首次公布了张氏江蓠miRNA及其靶标信息,综合分析了部分miRNA基因家族在不同植物物种间的系统进化关系。研究结果为张氏江蓠非编码RNA研究,高品质藻种分... 

【文章来源】：生物学杂志. 2020,37(03)北大核心CSCD

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

基于NJ法的植物部分miRNA基因家族系统进化树

图1 张氏江蓠miRNA碱基偏好性及其前体二级结构

表2 张氏江蓠miRNAs及其前体序列信息Table 2 Sequences of miRNAs and their precursors in Gracilaria changii miRNA 定位 MFE(kJ/mol) miRNA前体序列 5′端序列 3′端序列 长度(nt) gch-miR534 gi|120456624|gb|DV962406.1|DV962406:69:195:+ -197.2 CUGCAGUUUGCAUGUCCAUUGCAGUUGCACCAACGAUGCAAUUUGCACACAUGUGCAAUCGCUCCAGAUGCAGCAACAUGCAUGCCACAUGCAGCUGCAUGCAGACGGUGCUGACUCGACCUGCAGC CAUGUCCAUUGCAGUUGCACCA - 22 gch-miR5658 gi|120457167|gb|DV963177.1|DV963177:341:532:- -272.5 CAUCCUCUGGAUGAGGAUGAUGAUGAUGACGUACGUACAUUCCGUGCCCAGCAAUGCGGUUUGCCGACACAGGCUUCAUGCUUGUGUAUUCGUUGAUAAUGUCGUCAUCCACUCCAGGAUAUCGCGUGUGCAGCCCGUACGGCUUGAGCUUCAUGUAGCGGUUGACAAUAUCGUCAUCCACUCCAGGACUUC AUGAGGAUGAUGAUGAUGACG - 21 gch-miR5386a gi|120457541|gb|DV963813.1|DV963813:144:281:+ -274.2 UCGCUGUCGCUGUCGCUGUCGCGCGCGUGCCGCCUCUCCACGCGCGCCACCUCCUUCACCAGCGCGCGCCGCACGCCACUCGCGCUGGCGUCAAAUCGAGCGCUGCGCGCGUUCACAAUGACGGCGGGAAACAGCGAA UGUCGCUGUCGCGCGCGUGC - 20 gch-miR156 gi|120460008|gb|DV967496.1|DV967496:745:965:- -243.2 CUCAUACUACACACAGAAGAGAGUGAGCGAUACAAUGAGAUGAGCGACGUCCGCCUCUUNGCGAGUAGAAGUAGCGUCACGCGUUCUCGAACCCGUGGUAUACACCACACGACGUCCGCUUAGUCCGUNUCUGAGCUCGUUGCAAUUAUUACUAUCCAUCUCACAUACCGUUGCGUCCAGGCGCGAGCGUCGCGAUCACUGCUACUUCUCAUUAGUUACCU ACACAGAAGAGAGUGAGCGA - 20 gch-miR399 gi|120461207|gb|DV968935.1|DV968935:517:669:- -211.4 CUGAACGGCAUUGCAAACGAGAGCUGCUCUUUGCGCACGGUAGUGGUGUCGAUGGGAAACACCGCGCACACGUUGGUCAUCACCUGUUCUGGAUCGACGGUGUCCACGAUGGGUUCGGUUAGAGCUACGUUCUUGAUGCAAGACAUGUUGAGC UUGCAAACGAGAGCUGCUCUU - 21 gch-miR5386b gi|120463562|gb|DV964656.1|DV964656:95:199:+ -293.4 UCAGCGCCGACGGCGAGCGCGCGCUGGCGGCGGCGCGCAUGAUGCGCUGCGAGCAGCUGCUACAAUCGCUGCGCCUCUCGCUGCCGCGCGCGCUGGCGGCGCUGC - UCUCGCUGCCGCGCGCGCUG 202.3 植物miR534,miR399及miR156基因家族的NJ系统进化分析

【参考文献】：
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本文编号：3247420