拟南芥全基因组精细插入及缺失分子标记

发布时间：2021-06-26 00:55

　　为了开发精细可靠且易用的拟南芥（Arabidopsis thaliana）分子标记,通过比较基因组学,分析拟南芥哥伦比亚（Columbia）和兰兹伯格（Landsberg erecta）2个生态型的全基因组序列,从10 449个不小于6个碱基的插入/缺失（INDEL）DNA片段中筛选得到2 321个新的INDEL标记。针对每个标记位点,设计一对或多对引物序列（共计4 764对）。在此基础上选择相对均匀分布在拟南芥5条染色体的20个初定位分子标记,它们能够在统一的反应体系和扩增条件下获得稳定的聚合酶链式反应（PCR）和琼脂糖凝胶电泳结果。该研究能够方便研究者找到合适的分子标记,在常规的仪器条件和较低的试验成本下,快速进行突变体基因定位,提高基因图位克隆效率。 

【文章来源】：激光生物学报. 2020,29(06)

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

Col和Ler基因组INDEL（≥6 bp）及分子标记的长度分布

针对这2 321个I N D E L标记，我们共设计了4 764对引物，使得每个位点有一对或多对引物可供选择。详细引物序列及其染色体的物理位置可从At＿In Del＿Marker[23](https://github.com/zhoujun1988/At Marker/blob/master/At＿In Del＿Marker）获取。在此基础上，我们选择了均匀分布在拟南芥5条染色体的20个分子标记（表2），并通过PCR和琼脂糖凝胶电泳对其特异性进行了验证。图4结果显示，这些引物能够在统一的反应体系和扩增条件下获得稳定的结果。Col与Ler混合样品能够扩增出明显差异条带，使得该套分子标记可直接应用于突变基因的初步定位分析。图3 设计的分子标记在染色体上的分布

设计的分子标记在染色体上的分布


本文编号：3250301