灰毛浆果楝叶绿体基因组密码子使用特征分析

发布时间：2021-07-17 19:43

　　通过分析灰毛浆果楝叶绿体基因组密码子的使用特征,探讨影响其密码子使用偏性的主要因素。从灰毛浆果楝叶绿体基因组中筛选出54条编码序列（CDS）,利用Codon W 1.4.2和CUSP软件计算不同基因密码子各位置的GC含量,以明确灰毛浆果楝叶绿体基因组密码子的使用偏性规律。结果显示:灰毛浆果楝叶绿体基因组密码子第3位碱基的GC含量为28.95%,即第3位密码子富含A和U,有效密码子数(N_ec)在34.60～61.00之间,N_ec值大于45的CDS有39个;相对同义密码子使用度(U_RSC)值大于1的密码子有29个,其中16个以U结尾,12个以A结尾;中性绘图分析结果显示GC₁₂和GC₃的相关系数为0.098 4,相关性不显著,回归系数（对角线斜率）为0.137 9;基因N_ec比值大多数分布在-0.05～0.05区间外,即大部分基因N_ec值与预期值差距较大;相关关系分析显示,GC₃与GC₁、 GC... 

【文章来源】：森林与环境学报. 2020,40(02)北大核心CSCD

【文章页数】：8 页

【部分图文】：

密码子使用的中性绘图分析

将灰毛浆果楝叶绿体基因组中的54个编码基因作为一个整体在Codon W 1.4.2软件上运行，以Nec值为标准进行排序，选择两极5%的构建高表达和低表达基因库，分别对两个库中的密码子计算URSC值，再统计各基因ΔURSC值（表5），筛选得到0.08≤ΔURSC<0.30的密码子，含UUC、UUG和CUA等26个高表达优越密码子（在表5中用*表示），其中6个以A结尾、9个以U结尾、2个以G结尾和9个以C结尾；0.30≤ΔURSC<0.50的有9个，ΔURSC≥0.50的有5个。结合高频密码子和高表达优越密码子，将同时满足2种条件的密码子确定为灰毛浆果楝叶绿体基因组的最优密码子，即可最终确定GUU、GUA、UCU、AGU、CCU、ACU、GGU、GCU、CAA、AAA、UGU、AGA和AUU，且全部以A或U结尾，其中9个以U结尾，4个以A结尾。3 讨论与结论

密码子使用的有效密码子数绘图分析

【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3288815