基于Illumina平台RNA测序数据集的转录组拼接算法设计

发布时间：2021-08-06 16:54

　　随着基因组测序技术的不断发展,人们对基因组测序问题有了更深的了解。基因组测序是通过使用测序平台对某物种的基因组分段进行测序,之后将这些测序片段进行正确的拼接,从而得到该物种完整的基因组序列信息,进而对该物种的基因组进行序列分析和功能预测。转录组的读序拼接问题作为基因组测序中的一个重要问题,通过设计算法对物种的RNA读序进行拼接,从而得到该物种完整的转录组序列信息。转录组读序拼接问题的研究对构建人类完整转录组以及对人类遗传变异相关疾病的预测有着重大意义,因此,设计转录组拼接算法势在必行。转录组拼接算法可以分为两大类,分别是基于参考基因组的转录组拼接算法和从头开始的转录组拼接算法。由于基于参考基因组的转录组拼接算法要求待拼接的物种具有被完整测序的基因组序列,因此该方法的适用性不是很广。为了适用于缺少参考基因组的物种,本文设计了从头开始的转录组拼接算法,命名为SS-Assembler 算法。SS-Assembler算法所用的数据集是Illumina公司第二代测序技术RNA高通量测序数据集,在存储数据时用到的数据结构是双重哈希表,在实现算法时用到的编程语言是Python。本算法的创新点是在存储... 

【文章来源】：天津师范大学天津市

【文章页数】：54 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

_1中心法则

可以进行自我复制，而且有些病毒可以进行逆转录，即以ＲＮＡ为模板合成ＤＮＡ。??后续研究表明，基因表达的产物蛋白质可以对ＤＮＡ和ＲＮＡ起到一定的调控作??用。因此中心法则由之前单一的调控方向，演变成了如图１．１所示的多方向调控??的模式。基因表达的过程如图１．２所示。??２??

可以进行自我复制，而且有些病毒可以进行逆转录，即以ＲＮＡ为模板合成ＤＮＡ。??后续研究表明，基因表达的产物蛋白质可以对ＤＮＡ和ＲＮＡ起到一定的调控作??用。因此中心法则由之前单一的调控方向，演变成了如图１．１所示的多方向调控??的模式。基因表达的过程如图１．２所示。??２??

【参考文献】：
期刊论文
[1]程序设计课程教学改革的理想选择——Python语言[J]. 郭亚东,赵玉新.  产业与科技论坛. 2019(03)
[2]真核生物基因组长内含子递归剪接事件的分子机制[J]. 魏金川,徐添翼,吴静,宋晓峰.  遗传. 2019(02)
[3]基因组学技术在中医药研究中的应用[J]. 曾召琼,易帆,李萍,谢小兵.  国际检验医学杂志. 2018(24)
[4]基于RNA-Seq数据集的转录组从头拼接算法[J]. 武思文,李静,张少强.  计算机科学. 2018(12)
[5]DNA测序技术及其拼接算法综述[J]. 李艳慧,张少强.  天津师范大学学报(自然科学版). 2018(05)
[6]第二代高通量测序技术分析倒笃菜菌群[J]. 苏远,廖新浴,刘东红,叶兴乾,尹源明,周建伟,谢小本,丁甜.  食品安全质量检测学报. 2018(13)
[7]DNA的测序技术及应用[J]. 马云聪.  现代医学与健康研究电子杂志. 2018(09)
[8]生物信息学中的计算机技术应用[J]. 刘昭.  科学技术创新. 2018(10)
[9]DNA测序技术的发展进程[J]. 毛亚文,陈江华.  亚热带植物科学. 2018(01)
[10]DNA双螺旋结构的多态性与里奇的科学发现[J]. 吴志强.  生命世界. 2018(03)

博士论文
[1]翻译中mRNA与蛋白质的定量关系及其生物学意义研究[D]. 崔毅峙.暨南大学 2017
[2]基于RNA测序技术的转录组从头拼接算法研究[D]. 常征.山东大学 2014

硕士论文
[1]FASTQ文件无损压缩算法研究[D]. 柳曦.西安电子科技大学 2018



本文编号：3326140