直接法在低分辨蛋白质晶体结构测定中的新应用
发布时间：2021-08-14 20:38
蛋白质结构与功能的探索是生命科学最重要的研究领域之一,对蛋白质三维结构的精确测定有助于在分子水平上深入了解生命过程,同时也将极大地推进药理学和药物设计的发展。在蛋白质晶体学中,直接法最初被应用于确定重原子坐标以及从头测定原子分辨率的蛋白结构。而通过将直接法与其他结构分析方法相结合,可以在蛋白质晶体学中开创出更多新的应用。基于此点,本研究论文系统探索了直接法在低分辨蛋白质结构解析方面的几项新应用。在双空间迭代的计算框架下,通过将直接法同多种解析方法结合,作者相继完成了:（1）多套弱信号的单波长反常散射（SAD）数据的自动化解析;（2）提出直接法辅助的MAD/MIR相位推演双空间迭代方法,并利用直接法成功实现了低分辨相位向高分辨母体数据的自动化扩展和优化（6.9埃到2.8埃和6.8埃到3.0埃）;（3）实现了低分辨膜蛋白晶体结构的从头测定和自动化建模,并提出一套完整的结构解析方案。本论文分为6个章节的内容,其中第一、二章是对蛋白质晶体学和直接法相关的基础知识的阐述。第三、四、五章则依次介绍了直接法在弱反常散射信号、低分辨蛋白质晶体结构解析方面的相关研究及重要应用。第一章:引言。主要介绍了蛋...
【文章来源】：中国科学院大学(中国科学院物理研究所)北京市
【文章页数】：125 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
单对同晶置换法（SIR）中的相位双解示意
图 1.2 多对同晶置换法测定相位原理图igure 1.2 Phase ambiguity in multi-isomorphous replacement method散射法riedel 定律晶体的 X 射线衍射时，一般可以不考虑非相干散射，而只关姆森散射（Thomson scattering）。当 X 射线照射晶体时，电场里，晶体内部的电子将在原子核周围进行受迫振动，形源，并以球面波形式向不同方向散射。原子中的电子都处于波的频率远大于电子的固有频率时，经典理论认为，电子因振将与入射波有相同的频率。情况下，假定电子的束缚能比 X 射线的光子能量小，每个
子多是由 C、H、O 等轻原子组成，对 X 射线的吸收效应忽略 和 f ，但当晶体中其中含有硒、铁等重原子时，视。此时，对于指标为hkl的衍射矢量hklH ，其结构因子可( ) ( )( ) ( ) ( HHjNjjjNjjjojjNjjjojFFfiHrfiHrifiHrffifiHr === exp2exp2exp2exp2111为非中心对称结构，带有反常散射效应的晶体衍射数据 1.5 硒原子的反常散射实部及虚部贡献随 X 射线波长的变化Figure 1.5 The real and imaginary parts of abnormal scattering forselenium atom, plotted as a function of X-ray wavelength
【参考文献】：
期刊论文
[1]结构基因组学中的衍射相位问题[J]. 范海福,梁栋材. 生命科学. 2003(02)
[2]符号关系式在测定含重原子晶体结构中的应用 Ⅰ.一个符号修正方案[J]. 范海福. 物理学报. 1965(06)
[3]符号关系式在测定含重原子晶体结构中的应用 Ⅱ.分量关系式及其应用[J]. 范海福. 物理学报. 1965(06)
本文编号：3343148
【文章来源】：中国科学院大学(中国科学院物理研究所)北京市
【文章页数】：125 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
单对同晶置换法（SIR）中的相位双解示意
图 1.2 多对同晶置换法测定相位原理图igure 1.2 Phase ambiguity in multi-isomorphous replacement method散射法riedel 定律晶体的 X 射线衍射时，一般可以不考虑非相干散射，而只关姆森散射（Thomson scattering）。当 X 射线照射晶体时，电场里，晶体内部的电子将在原子核周围进行受迫振动，形源，并以球面波形式向不同方向散射。原子中的电子都处于波的频率远大于电子的固有频率时，经典理论认为，电子因振将与入射波有相同的频率。情况下，假定电子的束缚能比 X 射线的光子能量小，每个
子多是由 C、H、O 等轻原子组成，对 X 射线的吸收效应忽略 和 f ，但当晶体中其中含有硒、铁等重原子时，视。此时，对于指标为hkl的衍射矢量hklH ，其结构因子可( ) ( )( ) ( ) ( HHjNjjjNjjjojjNjjjojFFfiHrfiHrifiHrffifiHr === exp2exp2exp2exp2111为非中心对称结构，带有反常散射效应的晶体衍射数据 1.5 硒原子的反常散射实部及虚部贡献随 X 射线波长的变化Figure 1.5 The real and imaginary parts of abnormal scattering forselenium atom, plotted as a function of X-ray wavelength
【参考文献】：
期刊论文
[1]结构基因组学中的衍射相位问题[J]. 范海福,梁栋材. 生命科学. 2003(02)
[2]符号关系式在测定含重原子晶体结构中的应用 Ⅰ.一个符号修正方案[J]. 范海福. 物理学报. 1965(06)
[3]符号关系式在测定含重原子晶体结构中的应用 Ⅱ.分量关系式及其应用[J]. 范海福. 物理学报. 1965(06)
本文编号：3343148
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