藤黄节杆菌ATCC21606的全基因组测序及序列分析

发布时间：2021-09-03 14:33

　　藤黄节杆菌（Arthrobacter luteus, A. luteus） ATCC 21606是一种革兰氏阳性短杆状的放线菌。该菌分泌的溶菌酶（Lyticase）能够有效裂解酵母细胞壁,同时能分泌限制性核酸内切酶AluⅠ和热稳定的黄嘌呤氧化酶,但目前还没有该菌株的全基因组序列相关的报道。本研究首先通过对A. luteus ATCC 21606菌株的基因组进行高通量测序;再利用SOAPdenovo、GeneMarks等软件对基因组进行组装和组分分析;接着与COG、GO、KEGG、NR、Swiss-Prot和CAZy数据库比对进行基因功能注释;并利用antiSMASH软件进行次级代谢产物合成基因簇预测;最终得到大小为4 209 480 bp的全基因组序列,GC含量为74.68%,共预测到编码基因3 741个。基因序列已提交至美国国立生物技术信息中心（NCBI）的GenBank数据库,登录号为RQIK000-00000。本研究首次报道了A. luteus ATCC 21606的全基因组序列,为后续该菌株的功能基因、代谢产物合成途径及比较基因组学等相关研究提供基础。 

【文章来源】：基因组学与应用生物学. 2020,39(05)北大核心CSCD

【文章页数】：8 页

【部分图文】：

肠杆菌属细菌一类整合子整合酶attI位点特征

COG蛋白数据库是将直系同源序列相关的蛋白归类到同一个功能中，从而对预测到的基因序列进行功能注释，该数据库共将蛋白功能划分为26种(Galperin et al.,2015)。通过把A.luteus ATCC 21606菌株的基因序列与COG数据库进行比对，被成功注释2 918个(图3)，其中该菌株的蛋白质主要与一般功能预测、转录、碳水化合物运转和代谢、氨基酸转运与代谢等功能相关。图2 藤黄节杆菌ATCC 21606基因岛中的基因分布

藤黄节杆菌ATCC 21606基因岛中的基因分布


本文编号：3381292