核盘菌低致病力相关DNA病毒1（SsHADV-1）与其传播介体厉眼蕈蚊互作的分子机制研究
发布时间：2021-09-04 20:59
厉眼蕈蚊（Lycoriella ingenua）是一种双翅目昆虫,可以取食包括核盘菌在内的真菌。前期研究表明厉眼蕈蚊与核盘菌低毒相关DNA病毒1（SsHADV-1）存在互惠性互作。SsHADV-1可以利用厉眼蕈蚊体内复制,并利用其作为传播介体;同时SsHADV-1抑制核盘菌合成对厉眼蕈蚊具有驱趋避作用的蘑菇醇和辛酮,吸引成虫前往产卵,幼虫在感染病毒的菌落上取食后可以提高成虫的怀卵量。为了研究这种互作机制,本研究比较了感染SsHADV-1前后厉眼蕈蚊幼虫和成虫转录组;同时还发现厉眼蕈蚊可以传播其它真菌病毒。主要结果如下:以不携带SsHADV-1的厉眼蕈蚊为对照,携带病毒的厉眼蕈蚊在幼虫和成虫时期的差异表达基因分别为558个和819个。对显著差异表达的基因进行了GO功能分析和KEGG通路富集分析,发现SsHADV-1的感染主要影响了厉眼蕈蚊代谢以及生长发育相关的基因和通路,成虫基因富集通路和幼虫时期相似。其中显著性上调的基因富集到的通路有包括跨膜转运、化合物绑定信号传导、运输和分解代谢和免疫系统等。显著性下调的基因富集到的有催化活性、绑定、水解酶、氧化还原酶活性、脂质和氨基酸代谢和碳水化合...
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：80 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
携带和不携带SsHADV-1的厉眼蕈蚊在幼虫和成虫时期的总RNA样品注：M：DL2000；泳道1-3，LDT8为幼虫时期厉眼蕈蚊取食携带SsHADV-1菌丝后总RNA的3组生物学重复；
华中农业大学 2019 届硕士研究生学位（毕业）论文18图2.2 携带和不携带SsHADV-1的厉眼蕈蚊在幼虫和成虫时期的总RNA样品中SsHADV-1病毒的 RT-PCR 检测注：M 为 DL2000，泳道 1 代表携带 SsHADV-1 和不携带 SsHADV-1 的厉眼蕈蚊在幼虫和成虫时样品中病毒SsHADV-1 含量，泳道 2 代表厉眼蕈蚊内参基因 COI 片段，泳道 3 代表水，LDT81-LDT83、LDT8VF1-LDT8VF3、ADT81-ADT83、ADT8VF1-ADT8VF3 分别为 3 组生物学重复Fig 2.2 RT-PCR detection of SsHADV-1 virus in total RNAsamples of larvae and adult L.ingenua with and without SsHADV-1-infectedM represents the DL2000 marker. Lane 1 represents the content of viral SsHADV-1 in the larvae and adult L. ingenuaof the SsHADV-1-infected and SsHADV-1-free, lane 2 represents the COI gene fragment of the L. ingenua, and lane 3represents water, LDT81 to LDT83, LDT8VF1 to LDT8VF3, ADT81 to ADT83, ADT8VF1 to ADT8VF3 are three setsof biological replicates.3.2 RNA-Seq 测序数据的拼接和注释3.2.1 RNA 样品测序准确度高将获得的原始数据通过过滤得到有效数据。Q20 和 Q30 表示测序质量值大于等于 20 或 30 的碱基所占百分比，质量值是 Q20 表示错误识别的概率是 1%即正确率是 99%，质量值是 Q30 表示错误识别的概率是 0.1%，即正确率是 99.9%。根据数据可知各样品中 Q20 均在 95%以上
华中农业大学 2019 届硕士研究生学位（毕业）论文LDT8VF2 21932232 17256008 78 68%LDT8VF3 21782572 17300727 79 42%ping ratio=Mapped reads/All reads 基因表达水平相关性强 12 个样本的表达量进行 PCA 分析，图 2.3 展示各生物学重复之间的数据结果发现 ADT8VF3 离群较远，和 ADT8VF1 以及 ADT8VF2 的差异较大。析排除 ADT8VF3。而其它样本生物学重复数据相关性显著，聚类结果较行后续分析。
【参考文献】：
期刊论文
[1]Zika virus infection, transmission, associated neurological disorders and birth abnormalities: A review of progress in research, priorities and knowledge gaps[J]. Yitades Gebre,Nikkiah Forbes,Teshome Gebre. Asian Pacific Journal of Tropical Biomedicine. 2016(10)
[2]基于主成分分析的几种常用改进方法[J]. 曲双红,李华,李刚. 统计与决策. 2011(05)
博士论文
[1]厉眼蕈蚊传播核盘菌弱致病性相关DNA病毒1研究[D]. 刘四.华中农业大学 2016
[2]SRBSDV和RRSV在介体飞虱体内的侵染机理[D]. 贾东升.福建农林大学 2013
硕士论文
[1]SsHADV-1影响核盘菌侵染油菜机制的解析[D]. 成淑芬.华中农业大学 2018
[2]葡萄根瘤蚜气味结合蛋白和化学感受蛋白的鉴定与组织分布研究[D]. 张玥.西北农林科技大学 2017
[3]利用RNA-seq技术解析核盘菌与DNA病毒SsHADV-1的互作机制[D]. 赵真珍.华中农业大学 2016
本文编号：3383998
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：80 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
携带和不携带SsHADV-1的厉眼蕈蚊在幼虫和成虫时期的总RNA样品注：M：DL2000；泳道1-3，LDT8为幼虫时期厉眼蕈蚊取食携带SsHADV-1菌丝后总RNA的3组生物学重复；
华中农业大学 2019 届硕士研究生学位（毕业）论文18图2.2 携带和不携带SsHADV-1的厉眼蕈蚊在幼虫和成虫时期的总RNA样品中SsHADV-1病毒的 RT-PCR 检测注：M 为 DL2000，泳道 1 代表携带 SsHADV-1 和不携带 SsHADV-1 的厉眼蕈蚊在幼虫和成虫时样品中病毒SsHADV-1 含量，泳道 2 代表厉眼蕈蚊内参基因 COI 片段，泳道 3 代表水，LDT81-LDT83、LDT8VF1-LDT8VF3、ADT81-ADT83、ADT8VF1-ADT8VF3 分别为 3 组生物学重复Fig 2.2 RT-PCR detection of SsHADV-1 virus in total RNAsamples of larvae and adult L.ingenua with and without SsHADV-1-infectedM represents the DL2000 marker. Lane 1 represents the content of viral SsHADV-1 in the larvae and adult L. ingenuaof the SsHADV-1-infected and SsHADV-1-free, lane 2 represents the COI gene fragment of the L. ingenua, and lane 3represents water, LDT81 to LDT83, LDT8VF1 to LDT8VF3, ADT81 to ADT83, ADT8VF1 to ADT8VF3 are three setsof biological replicates.3.2 RNA-Seq 测序数据的拼接和注释3.2.1 RNA 样品测序准确度高将获得的原始数据通过过滤得到有效数据。Q20 和 Q30 表示测序质量值大于等于 20 或 30 的碱基所占百分比，质量值是 Q20 表示错误识别的概率是 1%即正确率是 99%，质量值是 Q30 表示错误识别的概率是 0.1%，即正确率是 99.9%。根据数据可知各样品中 Q20 均在 95%以上
华中农业大学 2019 届硕士研究生学位（毕业）论文LDT8VF2 21932232 17256008 78 68%LDT8VF3 21782572 17300727 79 42%ping ratio=Mapped reads/All reads 基因表达水平相关性强 12 个样本的表达量进行 PCA 分析，图 2.3 展示各生物学重复之间的数据结果发现 ADT8VF3 离群较远，和 ADT8VF1 以及 ADT8VF2 的差异较大。析排除 ADT8VF3。而其它样本生物学重复数据相关性显著，聚类结果较行后续分析。
【参考文献】：
期刊论文
[1]Zika virus infection, transmission, associated neurological disorders and birth abnormalities: A review of progress in research, priorities and knowledge gaps[J]. Yitades Gebre,Nikkiah Forbes,Teshome Gebre. Asian Pacific Journal of Tropical Biomedicine. 2016(10)
[2]基于主成分分析的几种常用改进方法[J]. 曲双红,李华,李刚. 统计与决策. 2011(05)
博士论文
[1]厉眼蕈蚊传播核盘菌弱致病性相关DNA病毒1研究[D]. 刘四.华中农业大学 2016
[2]SRBSDV和RRSV在介体飞虱体内的侵染机理[D]. 贾东升.福建农林大学 2013
硕士论文
[1]SsHADV-1影响核盘菌侵染油菜机制的解析[D]. 成淑芬.华中农业大学 2018
[2]葡萄根瘤蚜气味结合蛋白和化学感受蛋白的鉴定与组织分布研究[D]. 张玥.西北农林科技大学 2017
[3]利用RNA-seq技术解析核盘菌与DNA病毒SsHADV-1的互作机制[D]. 赵真珍.华中农业大学 2016
本文编号：3383998
本文链接：https://www.wllwen.com/projectlw/swxlw/3383998.html
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