泽陆蛙（Fejervarya multistriata）肠道微生物对食性季节变化的适应性研究
发布时间：2021-09-12 11:56
生态适应是有机体在长期自然选择过程中随着环境因素变化而改变自身形态、结构和生理生化特性,以便与环境相适应的过程。这一过程普遍存在于生物中。当环境发生变化时,动物会采取相应的策略来适应波动的环境,以保证其生存和繁衍。比如,动物会采取改变肠道微生物组成来适应新的食物类型。肠道微生物适应性机制的研究可以为动物保护提供科学的依据。在探究动物适应性进化或评估微生物与宿主适应性关系的研究中,两栖类对环境敏感等特性较一般脊椎动物更具研究价值,是研究进化的很好模式物种。在当今极端天气增多、人为活动频繁、两栖动物数量减少的情况下,两栖类对波动环境的适应性机制的研究很有意义。因此,本文选取分布范围广,适应人为活动环境的泽陆蛙为研究对象,收集四个季度（春季、夏季、秋季和冬眠前）泽陆蛙170只个体,采集胃容物和肠内容物样品,结合胃含物分析法、基于16S rRNA基因的IonS5TMXL测序技术、Tax4Fun功能预测和生物信息学分析来研究泽陆蛙食性的季节性变化;泽陆蛙肠道菌群结构和多样性的季节性变化;分析季节性食性与泽陆蛙肠道微生物的相关性。以此探究泽陆蛙肠道微对食物季节性变化的适应性机制。研究结果如下:根据...
【文章来源】：西华师范大学四川省
【文章页数】：86 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
样地Figure2-1Samplearea
第2章材料与方法14试剂盒。构建好后，Qubit定量和文库检测其是否合格。合格后，用Thermofisher的IonS5TMXL测序平台进行上机测序。图2-2CTAB法操作流程Figure2-2OperationflowofCTABmethod表2-2PCR扩增引物序列Table2-2PCRamplifiedprimersequence类型Type区域Part引物名称Primername引物序列(5’→3)Primersequence反应体系(30μL)反应程序Thermalprofile细菌16SV4515FGTGCCAGCMGCCGCGGTAAPhusionMasterMix(2×)，15μL；Primer(2μM)，3μL(6μM)；gDNA(1ng/μL)，10μL(10ng)；H2O，2μL98°C预变性1min；30×(98°C，10S；50°C，30S；72°C，30S)；72°C，5min；保持4°C806RGGACTACHVGGGTWTCTAAT
第2章材料与方法15图2-3冬眠前样本的PCR扩增电泳检测图Figure2-3TheelectrophoresisofPCRamplificationinpre-hibernationsample2.6.2信息分析利用Gutadapt（V1.9.1）[89]剪切read低质量部分后所得reads用Barcode拆分出各样品数据，截掉Barcode及引物的序列，质控得原始数据（Rawreads），随后去除嵌合体序列获有效数据（Cleanreads）。用Uparse软件（V7.0.1001）对所以样本的全部有效数据进行聚类，并将相似度大于或等于97%的序列定义为同一个OUT（Operationaltaxonomicunits），同时，选OTUs中出现频数最高的序列为代表序列用于注释。用Mothur方法和SILVA132的SSUrRNA数据库进行注释分析（阈值：0.8~1），获得分类学信息并分别在界（Kingdom）、门（Phylum）、纲（Class）、目（Order）、科（Family）、属（Genus）、种（Species）水平统计个样本的群落组成。最后，以样本数据量最少的为标准，对各样本数据进行均一化处理，用于后续的Alpha多样性和Beta多样性分析。在Qiime软件（Version1.9.1）中进行Observedspecies、Chao1、Shannon、Simpson、Goodscoverage、PDwholetree指数和Unifrac距离的计算以及UPGMA样本聚类树的构建。在R软件（Version2.15.3）中，利用R软件进行稀释曲线、Rankabundance曲线、PCA图、PCoA图和NMDS图的绘制，Alpha和Beta多样性指数组间差异分析，Manteltest、CCA、RDA和VPA分析及功能预测。基于α多样性，在R软件中，利用Wilcoxon秩和检验来检验不同季度间以及不同性别间肠道微生物丰富度和多样性的差异。通过PCoA、PCA、NMDS等降维分析和样本聚类树展示来探究不同样本或组别间群落结构的差异。并利用T-检验和Anosim统计分析方法对分组样本的物种组成和群落结构进行差异显著性检验。用R的Tax4fun包进行肠道?
【参考文献】：
期刊论文
[1]Ecological and Geographical Reasons for the Variation of Digestive Tract Length in Anurans[J]. Chunlan MAI,Jianping YU,Wenbo LIAO. Asian Herpetological Research. 2019(04)
[2]Altitudinal Variation in Digestive Tract Lengh in Feirana quadranus[J]. Chunlan MAI,Jin HUANG,Qin LIAO,Wenbo LIAO,Lixia ZHANG. Asian Herpetological Research. 2019(03)
[3]动物肠道菌群与营养物质代谢的研究进展[J]. 陈双双,司华哲,李光玉,刘晗璐. 饲料工业. 2018(02)
[4]黄翅大白蚁后肠几丁质降解微生物的分离与鉴定[J]. 孙新新,李净净,宁娜,谭慧军,倪金凤. 微生物学通报. 2017(07)
[5]微生物研究助推新一轮科技革命[J]. 林小春. 半月谈. 2016 (11)
[6]鸟类消化系统形态解剖学与生理学的研究进展[J]. 徐兴军,王有祥,邵淑丽,吕建伟,王维禹,张伟伟,谢志刚,李旭艳. 黑龙江畜牧兽医. 2015(21)
[7]淮北煤矿区塌陷湖水生昆虫群落结构的季节性变化[J]. 李晓明,纪磊,邓道贵. 生态学杂志. 2015(05)
[8]动物胃肠道微生物研究技术的应用进展[J]. 于文雅,孙泽威. 黑龙江畜牧兽医. 2015(03)
[9]16S rRNA测序技术在肠道微生物中的应用研究进展[J]. 李东萍,郭明璋,许文涛. 生物技术通报. 2015(02)
[10]Altitudinal Variation in Digestive Tract Length in Yunnan Pond Frog （Pelophylax pleuraden）[J]. Shangling LOU,Yanhong LI,Long JIN,Zhiping MI,Wenchao LIU,Wenbo LIAO. Asian Herpetological Research. 2013(04)
博士论文
[1]东北林蛙肠道菌群多样性及其影响因素研究[D]. 佟庆.东北农业大学 2019
[2]初生婴儿肠道菌群与母体各部位菌群相关性研究[D]. 席晓霞.内蒙古农业大学 2017
硕士论文
[1]飞蝗几丁质降解酶基因的异质性表达及酶学特性分析[D]. 李应龙.山西大学 2016
[2]基于稳定同位素和胃含物分析研究胶州湾方氏云鳚的摄食习性[D]. 李世岩.中国海洋大学 2015
[3]花背蟾蜍脏器大小、肠道可塑性和内分泌细胞的季节变化[D]. 牛鑫鑫.安徽农业大学 2013
[4]准噶尔盆地南缘三种食肉动物的食性及其种间关系研究[D]. 林宣龙.新疆农业大学 2010
[5]应用PCR-DGGE技术对不同日龄仔猪肠道菌群分布规律的研究[D]. 吴高锋.河南农业大学 2009
[6]三种鳞翅目昆虫几丁质降解酶基因的克隆及分子特性研究[D]. 贺玉年.东北农业大学 2009
[7]海南岛稻田蛙类的食性分析[D]. 王伟.海南大学 2008
本文编号：3394181
【文章来源】：西华师范大学四川省
【文章页数】：86 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
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第2章材料与方法14试剂盒。构建好后，Qubit定量和文库检测其是否合格。合格后，用Thermofisher的IonS5TMXL测序平台进行上机测序。图2-2CTAB法操作流程Figure2-2OperationflowofCTABmethod表2-2PCR扩增引物序列Table2-2PCRamplifiedprimersequence类型Type区域Part引物名称Primername引物序列(5’→3)Primersequence反应体系(30μL)反应程序Thermalprofile细菌16SV4515FGTGCCAGCMGCCGCGGTAAPhusionMasterMix(2×)，15μL；Primer(2μM)，3μL(6μM)；gDNA(1ng/μL)，10μL(10ng)；H2O，2μL98°C预变性1min；30×(98°C，10S；50°C，30S；72°C，30S)；72°C，5min；保持4°C806RGGACTACHVGGGTWTCTAAT
第2章材料与方法15图2-3冬眠前样本的PCR扩增电泳检测图Figure2-3TheelectrophoresisofPCRamplificationinpre-hibernationsample2.6.2信息分析利用Gutadapt（V1.9.1）[89]剪切read低质量部分后所得reads用Barcode拆分出各样品数据，截掉Barcode及引物的序列，质控得原始数据（Rawreads），随后去除嵌合体序列获有效数据（Cleanreads）。用Uparse软件（V7.0.1001）对所以样本的全部有效数据进行聚类，并将相似度大于或等于97%的序列定义为同一个OUT（Operationaltaxonomicunits），同时，选OTUs中出现频数最高的序列为代表序列用于注释。用Mothur方法和SILVA132的SSUrRNA数据库进行注释分析（阈值：0.8~1），获得分类学信息并分别在界（Kingdom）、门（Phylum）、纲（Class）、目（Order）、科（Family）、属（Genus）、种（Species）水平统计个样本的群落组成。最后，以样本数据量最少的为标准，对各样本数据进行均一化处理，用于后续的Alpha多样性和Beta多样性分析。在Qiime软件（Version1.9.1）中进行Observedspecies、Chao1、Shannon、Simpson、Goodscoverage、PDwholetree指数和Unifrac距离的计算以及UPGMA样本聚类树的构建。在R软件（Version2.15.3）中，利用R软件进行稀释曲线、Rankabundance曲线、PCA图、PCoA图和NMDS图的绘制，Alpha和Beta多样性指数组间差异分析，Manteltest、CCA、RDA和VPA分析及功能预测。基于α多样性，在R软件中，利用Wilcoxon秩和检验来检验不同季度间以及不同性别间肠道微生物丰富度和多样性的差异。通过PCoA、PCA、NMDS等降维分析和样本聚类树展示来探究不同样本或组别间群落结构的差异。并利用T-检验和Anosim统计分析方法对分组样本的物种组成和群落结构进行差异显著性检验。用R的Tax4fun包进行肠道?
【参考文献】：
期刊论文
[1]Ecological and Geographical Reasons for the Variation of Digestive Tract Length in Anurans[J]. Chunlan MAI,Jianping YU,Wenbo LIAO. Asian Herpetological Research. 2019(04)
[2]Altitudinal Variation in Digestive Tract Lengh in Feirana quadranus[J]. Chunlan MAI,Jin HUANG,Qin LIAO,Wenbo LIAO,Lixia ZHANG. Asian Herpetological Research. 2019(03)
[3]动物肠道菌群与营养物质代谢的研究进展[J]. 陈双双,司华哲,李光玉,刘晗璐. 饲料工业. 2018(02)
[4]黄翅大白蚁后肠几丁质降解微生物的分离与鉴定[J]. 孙新新,李净净,宁娜,谭慧军,倪金凤. 微生物学通报. 2017(07)
[5]微生物研究助推新一轮科技革命[J]. 林小春. 半月谈. 2016 (11)
[6]鸟类消化系统形态解剖学与生理学的研究进展[J]. 徐兴军,王有祥,邵淑丽,吕建伟,王维禹,张伟伟,谢志刚,李旭艳. 黑龙江畜牧兽医. 2015(21)
[7]淮北煤矿区塌陷湖水生昆虫群落结构的季节性变化[J]. 李晓明,纪磊,邓道贵. 生态学杂志. 2015(05)
[8]动物胃肠道微生物研究技术的应用进展[J]. 于文雅,孙泽威. 黑龙江畜牧兽医. 2015(03)
[9]16S rRNA测序技术在肠道微生物中的应用研究进展[J]. 李东萍,郭明璋,许文涛. 生物技术通报. 2015(02)
[10]Altitudinal Variation in Digestive Tract Length in Yunnan Pond Frog （Pelophylax pleuraden）[J]. Shangling LOU,Yanhong LI,Long JIN,Zhiping MI,Wenchao LIU,Wenbo LIAO. Asian Herpetological Research. 2013(04)
博士论文
[1]东北林蛙肠道菌群多样性及其影响因素研究[D]. 佟庆.东北农业大学 2019
[2]初生婴儿肠道菌群与母体各部位菌群相关性研究[D]. 席晓霞.内蒙古农业大学 2017
硕士论文
[1]飞蝗几丁质降解酶基因的异质性表达及酶学特性分析[D]. 李应龙.山西大学 2016
[2]基于稳定同位素和胃含物分析研究胶州湾方氏云鳚的摄食习性[D]. 李世岩.中国海洋大学 2015
[3]花背蟾蜍脏器大小、肠道可塑性和内分泌细胞的季节变化[D]. 牛鑫鑫.安徽农业大学 2013
[4]准噶尔盆地南缘三种食肉动物的食性及其种间关系研究[D]. 林宣龙.新疆农业大学 2010
[5]应用PCR-DGGE技术对不同日龄仔猪肠道菌群分布规律的研究[D]. 吴高锋.河南农业大学 2009
[6]三种鳞翅目昆虫几丁质降解酶基因的克隆及分子特性研究[D]. 贺玉年.东北农业大学 2009
[7]海南岛稻田蛙类的食性分析[D]. 王伟.海南大学 2008
本文编号：3394181
本文链接：https://www.wllwen.com/projectlw/swxlw/3394181.html
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