荧光假单胞菌及其噬菌体共进化过程中感染/抗感染基因变化研究
发布时间：2021-11-15 23:29
噬菌体与宿主之间复杂的相互作用在形成环境微生物群落结构中起着重要作用。细菌与噬菌体之间反复产生抗性与感染性的共进化过程称为拮抗共进化。细菌-噬菌体的拮抗共进化在种群动力学、进化多样性、基因重组等方面扮演重要角色。噬菌体感染宿主的第一步是吸附,在共进化过程中宿主对噬菌体吸附的抑制作用以及噬菌体对宿主吸附能力的增强,均导致了噬菌体吸附元件及细菌吸附受体的共进化多样性。本研究以纳帕海高原湿地水样分离得到的荧光假单胞菌W-6及其长尾噬菌体VW6S为材料,开展了宿主全基因组解析、共进化后、过程中宿主抗感染基因、噬菌体感染基因变化、宿主吸附受体以及噬菌体吸附元件确定等研究。W-6全基因组长度6,109,123 bp,G+C含量59.79%;共编码5,474个基因;具有74个重复序列,89个非编码RNA,24座基因岛以及2个CRISPR序列和4个spacer序列;还发现W-6含有前噬菌体,表明W-6是一株溶源菌。共进化过程中不同时期宿主重测序比对结果表明:共产生了254个碱基突变,涉及80个基因,其中吸附受体相关的突变占总突变数量的10%,而外膜蛋白的突变远多于LPS;甲基趋化蛋白突变占10%,这也...
【文章来源】：昆明理工大学云南省
【文章页数】：141 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
W-6结构基因组长度分布图
昆明理工大学硕士学位论文22图2.2荧光假单胞菌W-6COG分类图Fig.2.2PseudomonasfluorescensW-6COGclassificationmap2.3.2.2W-6的KEGG注释根据KEGG注释信息进一步得到Gene的Pathway注释（表2.9）。通过KEGG注释分析了W-6的3,063个基因，共注释了115个Pathway，其中占比较大的是Metabolicpathways（代谢通路）48.23%、Biosynthesisofsecondarymetabolites（次级代谢的生物合成）20.96%和Microbialmetabolismindiverseenvironments（不同环境中的微生物代谢）17.36%。表2.9W-6KEGG功能注释表Table2.9W-6KEGGfunctionannotationNO.PathwayAllgeneswithpathwayannotation1Metabolicpathways803(48.23%)2Biosynthesisofsecondarymetabolites349(20.96%)3Microbialmetabolismindiverseenvironments289(17.36%)4Biosynthesisofantibiotics261(15.68%)5ABCtransporters241(14.47%)
昆明理工大学硕士学位论文27是64个。分子功能的基因中结合功能基因最多有78个。图2.3W-6GO功能注释统计图Fig.2.3W-6GOfunctionannotationchart2.3.2.4W-6耐药基因注释通过ARDB和CARD两个数据库预测注释，一共找到有56个耐药基因（表2.9）。表2.10W-6的耐药基因Table.2.10W-6drugresistancegeneORFIDSTARSTOPARO_name1,7151,920,9361,922,087macA450491,199492,329macA2,6863,028,0023,029,102MexJ1,3641,536,4421,537,434MexF5,1585,771,8245,772,720adeL1,0381,175,3331,176,718smeS2,9643,334,5903,336,290NeisseriameningititisPBP2conferringresistancetobeta-lactam4,4995,051,7195,052,912StreptomycescinnamoneusEF-Tumutants
【参考文献】：
期刊论文
[1]细菌基因岛研究进展[J]. 邓瑞,陈亮. 重庆医学. 2018(06)
[2]基因组学思维[J]. 赵晓娟,杨莹,潘军强,杨进. 基因组学与应用生物学. 2017(02)
[3]噬菌体Bp7尾丝蛋白gp37的原核表达与鉴定[J]. 孙虎芝,任慧英,张灿. 动物医学进展. 2016(05)
[4]T7噬菌体尾蛋白P11的表达、纯化及鉴定[J]. 赵翠娇,宁保安,范献军,李桂敏,高志贤. 郑州大学学报(医学版). 2014(04)
[5]大肠杆菌氨基酸转运蛋白的研究进展[J]. 马蓉,张立军,丁锐,敖永华,胡紫菱,刘姗. 科技通报. 2012(03)
[6]基因组中重复序列的意义[J]. 艾对元. 生命的化学. 2008(03)
[7]生物进化的“溶源菌”关系演变进程[J]. 胡姜平,孙刚,房岩. 生物学通报. 2007(04)
[8]发展基因组学和生物信息学刻不容缓[J]. 吴旻. 中国科技月报. 1999(12)
博士论文
[1]布鲁氏菌等三种兼性胞内寄生菌比较基因组分析及应用[D]. 杨晓雯.中国农业大学 2018
[2]鼠疫耶尔森氏菌噬菌体Yep-phi基因组研究及其受体鉴定[D]. 赵向娜.中国人民解放军军事医学科学院 2013
本文编号：3497717
【文章来源】：昆明理工大学云南省
【文章页数】：141 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
W-6结构基因组长度分布图
昆明理工大学硕士学位论文22图2.2荧光假单胞菌W-6COG分类图Fig.2.2PseudomonasfluorescensW-6COGclassificationmap2.3.2.2W-6的KEGG注释根据KEGG注释信息进一步得到Gene的Pathway注释（表2.9）。通过KEGG注释分析了W-6的3,063个基因，共注释了115个Pathway，其中占比较大的是Metabolicpathways（代谢通路）48.23%、Biosynthesisofsecondarymetabolites（次级代谢的生物合成）20.96%和Microbialmetabolismindiverseenvironments（不同环境中的微生物代谢）17.36%。表2.9W-6KEGG功能注释表Table2.9W-6KEGGfunctionannotationNO.PathwayAllgeneswithpathwayannotation1Metabolicpathways803(48.23%)2Biosynthesisofsecondarymetabolites349(20.96%)3Microbialmetabolismindiverseenvironments289(17.36%)4Biosynthesisofantibiotics261(15.68%)5ABCtransporters241(14.47%)
昆明理工大学硕士学位论文27是64个。分子功能的基因中结合功能基因最多有78个。图2.3W-6GO功能注释统计图Fig.2.3W-6GOfunctionannotationchart2.3.2.4W-6耐药基因注释通过ARDB和CARD两个数据库预测注释，一共找到有56个耐药基因（表2.9）。表2.10W-6的耐药基因Table.2.10W-6drugresistancegeneORFIDSTARSTOPARO_name1,7151,920,9361,922,087macA450491,199492,329macA2,6863,028,0023,029,102MexJ1,3641,536,4421,537,434MexF5,1585,771,8245,772,720adeL1,0381,175,3331,176,718smeS2,9643,334,5903,336,290NeisseriameningititisPBP2conferringresistancetobeta-lactam4,4995,051,7195,052,912StreptomycescinnamoneusEF-Tumutants
【参考文献】：
期刊论文
[1]细菌基因岛研究进展[J]. 邓瑞,陈亮. 重庆医学. 2018(06)
[2]基因组学思维[J]. 赵晓娟,杨莹,潘军强,杨进. 基因组学与应用生物学. 2017(02)
[3]噬菌体Bp7尾丝蛋白gp37的原核表达与鉴定[J]. 孙虎芝,任慧英,张灿. 动物医学进展. 2016(05)
[4]T7噬菌体尾蛋白P11的表达、纯化及鉴定[J]. 赵翠娇,宁保安,范献军,李桂敏,高志贤. 郑州大学学报(医学版). 2014(04)
[5]大肠杆菌氨基酸转运蛋白的研究进展[J]. 马蓉,张立军,丁锐,敖永华,胡紫菱,刘姗. 科技通报. 2012(03)
[6]基因组中重复序列的意义[J]. 艾对元. 生命的化学. 2008(03)
[7]生物进化的“溶源菌”关系演变进程[J]. 胡姜平,孙刚,房岩. 生物学通报. 2007(04)
[8]发展基因组学和生物信息学刻不容缓[J]. 吴旻. 中国科技月报. 1999(12)
博士论文
[1]布鲁氏菌等三种兼性胞内寄生菌比较基因组分析及应用[D]. 杨晓雯.中国农业大学 2018
[2]鼠疫耶尔森氏菌噬菌体Yep-phi基因组研究及其受体鉴定[D]. 赵向娜.中国人民解放军军事医学科学院 2013
本文编号：3497717
本文链接：https://www.wllwen.com/projectlw/swxlw/3497717.html
教材专著
