利用流平衡分析方法研究聚球藻代谢酶反应之间的协同性
发布时间：2021-12-28 20:49
光合作用是生物界赖以生存的基础,也是地球碳氧循环的重要媒介。光合代谢系统提供了生命体基本的物质来源,同时是未来生物工业发展的基石。光合代谢网络的研究是生物学的热点问题之一。通过对全球碳循环的主要参与者和初级生产力的主要贡献者--光合生物蓝细菌聚球藻（Synechococcus）的代谢流、代谢途径等网络特性的研究,了解生物体代谢过程,以及酶反应之间的影响。生物过程的系统级建模和模拟,在定量和动态获得细胞功能方面具有指导作用。本文利用基于约束的代谢网络分析方法在计算机中模拟细胞代谢,分析聚球藻代谢网络的基本拓扑结构和网络内在联系。iJB785模型是为聚球藻Synechococcus elongatus PCC 7942建立的模型,以该聚球藻为实验对象,我们通过对其代谢网络中的反应进行逐一删除,使用FBA方法分析敲除反应后的代谢网络的通量分布,以及该反应的敲除对其余反应的影响,并找到代谢网络中对整个系统有影响的反应,进一步验证其网络理论和模型方法的可行性。对所构建的突变体进行代谢研究,比较其与野生型Synechococcus在上述功能方面的差异。并使用FVA方法找到给定约束条件的目标函数的最...
【文章来源】：贵州师范大学贵州省
【文章页数】：58 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
光合作用图解
图 2-1 BIGG models--Synechococcus elongatus PCC 7942Fig.2-1 BIGG models--Synechococcus elongatus PCC 7942模型及工具BiGG 数据库提供支持 Matlab 数据格式的基于约束的重建和分析模RA)。选用 BiGG 开放数据库中的 iJB785 模型作为实验对象，iJB藻 Synechococcus elongatus PCC 7942 建立的模型。包含 768 个代谢应。计算其野生型的最大生物量为 0.0539。如图 2-2 所示。
鼠标放置在相应的节点上，出现反应和代谢物的详细信息
【参考文献】：
期刊论文
[1]作物组学数据库的比较和应用[J]. 宋洁,吴永波,周跃恒,柳波娟,王楠,郝转芳,吴元奇. 遗传. 2018(07)
[2]蓝藻Synechococcus elongatus PCC7 942荧光实时定量RT-PCR实验体系的优化[J]. 来盼,李鹏飞,蔡若淼,蔡静,卞乾笑,姜雅雯,常天亮,赵宇玮,许耀. 云南大学学报(自然科学版). 2016(02)
[3]溶解态铝对海洋浮游植物群落结构及聚球藻生长的影响[J]. 史荣君,李志红,周林滨,谭烨辉. 南方水产科学. 2016(01)
[4]东海夏季聚球蓝细菌生态分布与环境要素的关系[J]. 刘材材,项凌云,徐韧,张昊飞. 上海海洋大学学报. 2015(06)
[5]通量平衡分析的进展与应用[J]. 颜思奇,李娟,方慧生. 药物生物技术. 2015(03)
[6]基于约束的建模方法在代谢网络中的应用研究[J]. 丁德武. 生物信息学. 2012(02)
[7]COBRA框架在转录调控、转录翻译和信号传导网络上的应用研究[J]. 王英. 计算机应用与软件. 2011(11)
[8]光照强度及叶片年龄对光合作用之影响的探究[J]. 魏志讯. 文理导航(上旬). 2011(02)
[9]代谢网络流分析进展及应用[J]. 陈琦,王卓,魏冬青. 科学通报. 2010(14)
[10]代谢途径分析研究进展及其应用[J]. 丁德武,陆克中,须文波,方康年. 计算机工程与应用. 2009(33)
博士论文
[1]基因组规模重建代谢模型的拓展及应用[D]. 张成.华东理工大学 2016
[2]细菌代谢物浓度的化学信息学预测及在杀菌剂发现中的应用[D]. 朱强.华中农业大学 2014
[3]基于高通量生物数据的微RNA活性分析及代谢流量分析[D]. 周宏.中国科学技术大学 2012
硕士论文
[1]基于13C代谢通量分析数据的优化设计研究[D]. 吴继康.贵州师范大学 2016
[2]C40类胡萝卜素代谢网络重建预测及大肠杆菌产番茄红素的通量分析[D]. 任晓婧.北京化工大学 2012
[3]区间系数数学规划问题及算法研究[D]. 祝永武.杭州电子科技大学 2009
[4]刺槐和侧柏苗木对干旱胁迫及旱后复水的生理反应研究[D]. 张慕黎.西北农林科技大学 2009
[5]酪氨酸修饰的金属Corrole化合物的合成和性能研究[D]. 夏鸣.大连理工大学 2007
本文编号：3554701
【文章来源】：贵州师范大学贵州省
【文章页数】：58 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
光合作用图解
图 2-1 BIGG models--Synechococcus elongatus PCC 7942Fig.2-1 BIGG models--Synechococcus elongatus PCC 7942模型及工具BiGG 数据库提供支持 Matlab 数据格式的基于约束的重建和分析模RA)。选用 BiGG 开放数据库中的 iJB785 模型作为实验对象，iJB藻 Synechococcus elongatus PCC 7942 建立的模型。包含 768 个代谢应。计算其野生型的最大生物量为 0.0539。如图 2-2 所示。
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【参考文献】：
期刊论文
[1]作物组学数据库的比较和应用[J]. 宋洁,吴永波,周跃恒,柳波娟,王楠,郝转芳,吴元奇. 遗传. 2018(07)
[2]蓝藻Synechococcus elongatus PCC7 942荧光实时定量RT-PCR实验体系的优化[J]. 来盼,李鹏飞,蔡若淼,蔡静,卞乾笑,姜雅雯,常天亮,赵宇玮,许耀. 云南大学学报(自然科学版). 2016(02)
[3]溶解态铝对海洋浮游植物群落结构及聚球藻生长的影响[J]. 史荣君,李志红,周林滨,谭烨辉. 南方水产科学. 2016(01)
[4]东海夏季聚球蓝细菌生态分布与环境要素的关系[J]. 刘材材,项凌云,徐韧,张昊飞. 上海海洋大学学报. 2015(06)
[5]通量平衡分析的进展与应用[J]. 颜思奇,李娟,方慧生. 药物生物技术. 2015(03)
[6]基于约束的建模方法在代谢网络中的应用研究[J]. 丁德武. 生物信息学. 2012(02)
[7]COBRA框架在转录调控、转录翻译和信号传导网络上的应用研究[J]. 王英. 计算机应用与软件. 2011(11)
[8]光照强度及叶片年龄对光合作用之影响的探究[J]. 魏志讯. 文理导航(上旬). 2011(02)
[9]代谢网络流分析进展及应用[J]. 陈琦,王卓,魏冬青. 科学通报. 2010(14)
[10]代谢途径分析研究进展及其应用[J]. 丁德武,陆克中,须文波,方康年. 计算机工程与应用. 2009(33)
博士论文
[1]基因组规模重建代谢模型的拓展及应用[D]. 张成.华东理工大学 2016
[2]细菌代谢物浓度的化学信息学预测及在杀菌剂发现中的应用[D]. 朱强.华中农业大学 2014
[3]基于高通量生物数据的微RNA活性分析及代谢流量分析[D]. 周宏.中国科学技术大学 2012
硕士论文
[1]基于13C代谢通量分析数据的优化设计研究[D]. 吴继康.贵州师范大学 2016
[2]C40类胡萝卜素代谢网络重建预测及大肠杆菌产番茄红素的通量分析[D]. 任晓婧.北京化工大学 2012
[3]区间系数数学规划问题及算法研究[D]. 祝永武.杭州电子科技大学 2009
[4]刺槐和侧柏苗木对干旱胁迫及旱后复水的生理反应研究[D]. 张慕黎.西北农林科技大学 2009
[5]酪氨酸修饰的金属Corrole化合物的合成和性能研究[D]. 夏鸣.大连理工大学 2007
本文编号：3554701
本文链接：https://www.wllwen.com/projectlw/swxlw/3554701.html
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