双盾木属植物比较叶绿体基因组分析及基于多基因组数据的系统发育研究
发布时间：2022-01-16 10:17
双盾木属（Dipelta）隶属于忍冬科（Caprifoliaceae）,为我国特有属,是北温带植物区系中古孑遗的木本属之一。该属分布于我国西南部,北至陕西、甘肃,东至湖北、湖南西部和广西东部。属下仅有3个种,分别是双盾木（D.floribunda）、云南双盾木（D.yunnanensis）和优美双盾木（D.elegans）。其中,云南双盾木和优美双盾木为易危和濒危物种。目前对双盾木属的研究大多基于基因片段的联合分析,属内物种进化关系缺乏完整的叶绿体基因组数据支持。优美双盾木作为最早分化的类群已被研究报道,而双盾木与云南双盾木的分化时间研究较少,需要更多的数据支撑。由于叶绿体基因片段获得的信息有限,不利于属内物种变异、种间关系等多角度的研究,本研究利用高通量测序技术获得双盾木属3个物种14个个体的叶绿体全基因组数据用于双盾木属的系统学分析。另外,本研究还注释了所有个体的ITS序列和部分线粒体基因数据用于双盾木属内物种系统发育关系的对比分析,并利用叶绿体全基因组结合两个化石点标定对双盾木属内物种的分化时间进行估算。主要研究结果如下:（1）双盾木属14个叶绿体基因组呈现典型的四分体结构,总长...
【文章来源】：西北大学陕西省 211工程院校
【文章页数】：99 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
十四个双盾木属物种叶绿体基因组图谱
第三章叶绿体基因组比较研究9图1.十四个双盾木属物种叶绿体基因组图谱附注1：圆环内部基因为亪时针转录，外部基因为逆时针转录。不同仌色代表不同的基因功能，环内灰色部分的深浅表示GC含量的儈低。Figure1.ChloroplastgenomemapforfourteenDipeltaspecies.Geneslocatedoutsidetheouterrimaretranscribedinacounterclockwisedirection,genesinsidearetranscribedinaclockwisedirection.Thecoloredbarsindicatedifferentfunctionalgroups.ThedashedgrayareaintheinnercircleshowsthepercentageGCcontentsofthecorrespondinggenes.图2.双盾木属植物的分布Figure2.GeographicaldistributionandsamplinglocationsofDipeltaspecies.
西北大学硕士学位论文14图3十四个双盾木属个体叶绿体基因组重复序列分析附注3：左边蓝色图表示5种重复类型的数量，右边红色图表示5种重复类型长度的分布仁率。Figure3.AnalysisofrepeatedsequencesinfourteenDipeltachloroplastgenomes.Thebluehistogramontheleftindicatesthenumberoffiverepeattypes.Theredhistogramontherightshowsthefrequencyofthefiverepeattypesbylength.我们在3个双盾木物种的14个叶绿体基因组中检测出6种SSRs（单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复序列）。单核苷酸的数量占比最大（58%），六核苷酸的数量占比最小（5%）（图4C）。大量的SSR存在于基因间隔区（IGS），其数量是蛋白质编码区的两倍（图4B）。多数SSR分布于LSC区，少量分布于SSC区和IR区，具体分布于图3D。有趣的是，五核苷酸只存在于双盾木中（图4A）。在重复单元中，单核苷酸A/T占最大比例，所有的二核苷酸重复都由A或T碱基组成（图4E）。此外，ATATTA重复序列只存在于云南双盾木（D.yunnanensis_YNDL，D.yunnanensis_YNKM）中，TATAC、TAT、AAT重复只出现在一些双盾木个体中，优美双盾木中没有检测到单核苷酸C的重复（图4E）。
【参考文献】：
期刊论文
[1]Is the East Asian flora ancient or not?[J]. Yong-Sheng Chen,Tao Deng,Zhuo Zhou,Hang Sun. National Science Review. 2018(06)
[2]双盾木扦插繁殖试验初报[J]. 白晓红. 陕西农业科学. 2015(09)
[3]Eastern Asian endemic seed plant genera and their paleogeographic history throughout the Northern Hemisphere[J]. Steven R.MANCHESTER,Kazuhiko UEMURA. Journal of Systematics and Evolution. 2009(01)
[4]甘肃南部双盾木属植物的ISSR分析[J]. 任冬子,刘占林. 科技情报开发与经济. 2008(14)
[5]古地中海植物区系在青藏高原隆起后的演变和发展[J]. 孙航,李志敏. 地球科学进展. 2003(06)
[6]试论东亚被子植物区系的历史成分和第三纪源头——基于省沽油科、刺参科和忍冬科植物地理的研究[J]. 汤彦承,李良千. 植物分类学报. 1996(05)
[7]甘肃双盾木属一新种[J]. 王一峰,廉永善,王国宏. 西北植物学报. 1994(06)
[8]忍冬科(狭义)植物地理及其对认识东亚植物区系的意义[J]. 汤彦承,李良千. 植物分类学报. 1994(03)
本文编号：3592460
【文章来源】：西北大学陕西省 211工程院校
【文章页数】：99 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
十四个双盾木属物种叶绿体基因组图谱
第三章叶绿体基因组比较研究9图1.十四个双盾木属物种叶绿体基因组图谱附注1：圆环内部基因为亪时针转录，外部基因为逆时针转录。不同仌色代表不同的基因功能，环内灰色部分的深浅表示GC含量的儈低。Figure1.ChloroplastgenomemapforfourteenDipeltaspecies.Geneslocatedoutsidetheouterrimaretranscribedinacounterclockwisedirection,genesinsidearetranscribedinaclockwisedirection.Thecoloredbarsindicatedifferentfunctionalgroups.ThedashedgrayareaintheinnercircleshowsthepercentageGCcontentsofthecorrespondinggenes.图2.双盾木属植物的分布Figure2.GeographicaldistributionandsamplinglocationsofDipeltaspecies.
西北大学硕士学位论文14图3十四个双盾木属个体叶绿体基因组重复序列分析附注3：左边蓝色图表示5种重复类型的数量，右边红色图表示5种重复类型长度的分布仁率。Figure3.AnalysisofrepeatedsequencesinfourteenDipeltachloroplastgenomes.Thebluehistogramontheleftindicatesthenumberoffiverepeattypes.Theredhistogramontherightshowsthefrequencyofthefiverepeattypesbylength.我们在3个双盾木物种的14个叶绿体基因组中检测出6种SSRs（单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复序列）。单核苷酸的数量占比最大（58%），六核苷酸的数量占比最小（5%）（图4C）。大量的SSR存在于基因间隔区（IGS），其数量是蛋白质编码区的两倍（图4B）。多数SSR分布于LSC区，少量分布于SSC区和IR区，具体分布于图3D。有趣的是，五核苷酸只存在于双盾木中（图4A）。在重复单元中，单核苷酸A/T占最大比例，所有的二核苷酸重复都由A或T碱基组成（图4E）。此外，ATATTA重复序列只存在于云南双盾木（D.yunnanensis_YNDL，D.yunnanensis_YNKM）中，TATAC、TAT、AAT重复只出现在一些双盾木个体中，优美双盾木中没有检测到单核苷酸C的重复（图4E）。
【参考文献】：
期刊论文
[1]Is the East Asian flora ancient or not?[J]. Yong-Sheng Chen,Tao Deng,Zhuo Zhou,Hang Sun. National Science Review. 2018(06)
[2]双盾木扦插繁殖试验初报[J]. 白晓红. 陕西农业科学. 2015(09)
[3]Eastern Asian endemic seed plant genera and their paleogeographic history throughout the Northern Hemisphere[J]. Steven R.MANCHESTER,Kazuhiko UEMURA. Journal of Systematics and Evolution. 2009(01)
[4]甘肃南部双盾木属植物的ISSR分析[J]. 任冬子,刘占林. 科技情报开发与经济. 2008(14)
[5]古地中海植物区系在青藏高原隆起后的演变和发展[J]. 孙航,李志敏. 地球科学进展. 2003(06)
[6]试论东亚被子植物区系的历史成分和第三纪源头——基于省沽油科、刺参科和忍冬科植物地理的研究[J]. 汤彦承,李良千. 植物分类学报. 1996(05)
[7]甘肃双盾木属一新种[J]. 王一峰,廉永善,王国宏. 西北植物学报. 1994(06)
[8]忍冬科(狭义)植物地理及其对认识东亚植物区系的意义[J]. 汤彦承,李良千. 植物分类学报. 1994(03)
本文编号：3592460
本文链接：https://www.wllwen.com/projectlw/swxlw/3592460.html
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