衰老细胞染色质开放变化的初步分析

发布时间：2022-01-16 12:55

　　为研究复制性衰老中表观遗传学的变化,以年轻代龄（PD26）和年老代龄（PD55）的人胚肺二倍体成纤维细胞（2BS）为材料,进行ATAC-seq测序,并使用Bowtie2、FastQC、MACS、deepTools、phastCons、R语言、HOMER以及基因本体论（Gene Ontology, GO）对测序结果进行深入分析和挖掘。结果显示, 2BS细胞染色质开放区域的保守性较强,其主要集中于启动子（promoter）区至转录起始位点（transcription start site, TSS）,且年轻细胞与年老细胞的启动子区至转录起始位点的开放程度不同,细胞随着衰老在启动子区至转录起始位点的开放程度逐渐下降。进一步对年轻和年老细胞之间存在显著差异的靶基因进行GO分析发现,这些差异基因主要与细胞进程、代谢、生物性调节、结合功能、催化功能相关。本次研究发现衰老过程中染色质开放区减少、转录调控水平下降,提示复制性衰老与转录调控关系密切。 

【文章来源】：生命科学研究. 2020,24(02)CSCD

【文章页数】：9 页

【文章目录】：
1 材料和方法
    1.1 材料
    1.2 Tn5酶切反应
    1.3 ATAC-seq测序、质量评估及原始数据过滤
    1.4 ATAC-seq的序列比对和结合位点(peak)扫描
    1.5 保守性分析
    1.6 回帖序列在基因附近的信号分布情况分析
    1.7 结合位点注释分析
    1.8 差异结合位点分析
    1.9 差异结合位点注释分析
    1.1 0 GO富集分析
2 结果
    2.1 测序质量
        2.1.1 测序的错误分布率
        2.1.2 碱基含量分布
    2.2 酶切片段长度的分布
    2.3 结合位点统计
    2.4 结合位点保守性分析
    2.5 回帖序列(mapped reads)在基因附近的平均信号分析
    2.6 结合位点在全基因组功能区上的注释
    2.7 差异结合位点统计
    2.8 差异结合位点在全基因组功能区上的注释
    2.9 差异位点靶基因的GO分析
3 讨论



本文编号：3592699