小立碗藓扩展蛋白基因家族的鉴定与生物信息学分析

发布时间：2022-01-18 20:24

　　扩展蛋白（Expansins,EXP）是一类基因家族,几乎参与了植物发育的全过程,从种子萌发到果实成熟都有扩展蛋白的参与。该研究利用生物信息学的方法对小立碗藓（Physcomitrella patens） Expansin基因家族成员进行鉴定,分析了其基因结构、染色体定位以及系统发生关系。结果表明:小立碗藓基因组中含有Expansin A（EXPA） 32个、Expansin-like A（EXLA） 6个,并未发现Expansin-like B（EXLB）及Expansin B（EXPB）。扩展蛋白氨基酸序列长度在228～290 aa之间,编码蛋白质具有两个保守的结构域Pollen_allerg₁和DPBB₁。蛋白质亚细胞定位预测结果表明:运用CELLO在线工具预测发现小立碗藓中约4/5的EXP家族基因定位于细胞外;而Euk-mPLoc预测结果则显示小立碗藓EXP基因家族成员全定位于细胞外。基因结构分析表明,小立碗藓中约68%Expansin基因有含有1～3个内含子。以上结果可为深入研究小立碗藓扩展蛋白基因的分子进化与生... 

【文章来源】：广西植物. 2020,40(06)北大核心CSCD

【文章页数】：10 页

【部分图文】：

小立碗藓Expansin基因保守基序及基因结构分析

EXP基因在植物体的生长发育及逆境胁迫中具有重要的生理意义，已成为植物体基因功能研究热点之一，但其在小立碗藓中的基因功能尚不明确。本研究通过对已有数据库数据的分析，使用生物学信息的方法手段，筛选得到38个小立碗藓扩展蛋白基因家族成员，分析其蛋白特征、进化关系、基因结构及染色体定位等。从基因水平上展示小立碗藓种属的特征，为后续研究扩展蛋白基因功能提供了理论依据。图3 小立碗藓和拟南芥Expansin基因系统进化分析

小立碗藓和拟南芥Expansin基因系统进化分析

【参考文献】：
期刊论文
[1]小立碗藓MADS-box基因家族的系统进化分析[J]. 易吉明,黄婷,黄勇,陈东红.  植物生理学报. 2015(02)
[2]杨树扩展蛋白基因家族的生物信息学分析[J]. 李昊阳,施杨,丁亚娜,徐吉臣.  北京林业大学学报. 2014(02)
[3]Expansin（细胞壁松弛蛋白）的发展[J]. 金慧清,陈英豪,金勇丰.  生命科学. 2006(02)



本文编号：3595529