基于DNA计算模型的计算树逻辑模型检测算法研究

发布时间：2022-01-24 22:58

　　计算树逻辑（Computation Tree Logic,CTL）模型检测是形式化方法研究的热点,是保证系统正确性的重要手段之一。DNA计算是以DNA分子和生物酶为材料,以生化操作为计算手段的一种生物计算模式。开展CTL模型检测的DNA计算方法研究,不仅可以利用DNA分子的超高存储容量和DNA计算的强大并行优势解决模型检测状态空间爆炸问题,而且对推动DNA计算机的研发和应用具有重要意义。自图灵奖获得者Emerson教授提出“DNA模型检测”问题以来,针对CTL模型检测问题,非自治、自治和细胞内算法仍没有解决,现有算法存在不能提供反例、不能检测带过去算子的CTL公式（CTLP）、因使用核酸酶导致的鲁棒性弱以及反应材料不可复用等问题。针对上述问题,本文深入研究了基于非自治、自治和细胞内DNA计算模型的CTL模型检测算法,完成的主要工作和创新点如下:1)提出了基于非自治DNA计算模型的CTL模型检测算法——AM-CTLMC。设计了待检测系统模型的编码方案,构建了系统模型运行路径的生成算法,给出了CTL基本公式、一般公式和CTLP公式的模型检测算法,仿真实验结果验证了算法的正确性。AM-CTL... 

【文章来源】：郑州大学河南省 211工程院校

【文章页数】：141 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

生物仿真平台NUPACK的主界面

表3.1的DNA

3基于非自治DNA计算模型的CTL模型检测算法51（i）路径9和q（j）路径10和q（k）路径11和q（l）路径12和q（m）路径13和q（n）路径14和q图3.10路径i的DNA单链与q的补链杂交结果

【参考文献】：
期刊论文
[1]基于梯度提升树的ECG-SAS自动识别方法[J]. 王伟,梁杰,牛洋洋,刘洪涛.  北京生物医学工程. 2019(06)
[2]Predicting the Results of RNA Molecular Specific Hybridization Using Machine Learning[J]. Weijun Zhu,Xiaokai Liu,Mingliang Xu,Huanmei Wu.  IEEE/CAA Journal of Automatica Sinica. 2019(06)
[3]基于DNA纳米结构的siRNA输送体系的研究进展[J]. 薛晗,高西辉,张川.  科学通报. 2019(10)
[4]基于DNA折纸的荧光阵列构建及应用[J]. 王飞,王丽华,樊春海,李茜.  科学通报. 2019(10)
[5]基于程序局部性引导的有界模型检测优化方法[J]. 王舜,杜晔,韩臻,刘吉强.  通信学报. 2018(03)
[6]绿豆核酸酶的提取及活力测定[J]. 胡敏,赵晓菊,张奕婷,樊雪,李旭.  安徽农业科学. 2018(02)
[7]化学中的计算——DNA计算的发展与模型概述[J]. 尹晓尧,李非,伯晓晨,骆志刚,左小磊.  化学进展. 2017(11)
[8]基于DNA纳米结构的传感界面调控及生物检测应用[J]. 叶德楷,左小磊,樊春海.  化学进展. 2017(01)
[9]DNA自组装计算模型求解二部图完美匹配问题[J]. 蓝雯飞,邢志宝,黄俊,强小利.  计算机研究与发展. 2016(11)
[10]DNA纳米颗粒共聚体在图的连通度问题中的应用[J]. 王艳钗,张会,董亚非.  电子学报. 2016(07)

博士论文
[1]基于生物信息学的非小细胞肺癌肿瘤标志物筛选和预测模型构建[D]. 史健翔.郑州大学 2018
[2]基于DNA折纸的纳米材料的构建和应用[D]. 欧阳湘元.中国科学院研究生院（上海应用物理研究所） 2015

硕士论文
[1]基于DNA序列特征的必需基因判定研究[D]. 赵宇晴.山东大学 2019
[2]基于集成学习的全基因组水平蛋白质-RNA相互作用预测研究[D]. 詹朝惠.中国矿业大学 2019
[3]基于云计算平台的形式化技术相关并行查询与检测算法的研究[D]. 马凯旋.南京邮电大学 2018
[4]基于SVM的DNA微阵列数据分类研究[D]. 黄现代.西南科技大学 2018
[5]基于DNA粘贴模型的若干有向图算法研究[D]. 张春艳.郑州大学 2018
[6]基于DNA计算的CTL模型检测方法研究[D]. 李永亮.郑州大学 2015
[7]支持向量机在DNA数据分析中的应用研究[D]. 刘小菲.辽宁师范大学 2015



本文编号：3607452