反硝化功能基因nirS的环介导等温扩增检测研究
发布时间：2022-01-27 04:14
反硝化作用是将硝酸盐和亚硝酸盐还原为气态氮化物和氮气的过程,对地球生态系统的物质循环和能量流动具有不可或缺的作用。该过程包含硝酸盐还原、亚硝酸盐还原、一氧化氮还原和氧化亚氮还原4个步骤,分别由硝酸盐还原酶、亚硝酸盐还原酶、一氧化氮还原酶和氧化亚氮还原酶4种金属酶催化完成,其中亚硝酸盐向一氧化氮的转化是速率控制步骤,因此检测亚硝酸盐还原酶编码基因nirS可以从分子生物学角度深入分析微生物种群特性和氮元素的转化规律,进而为评估生态环境健康状况等科研与生产活动提供支撑数据。用于nirS基因检测的常规方法,诸如聚合酶链式反应（PCR）、变性梯度凝胶电泳和基因芯片等,都有很高的灵敏度和准确度,但往往受限于专业实验室、专业技术人员和贵重仪器设备的需求,而且费用较高,因而很大程度上阻碍了它们在环境样品快速分析领域的应用。环介导等温基因扩增（Loop-mediated Isothermal Amplification,LAMP）是一种新型的核酸检测技术。体外扩增DNA时,LAMP过程无需升温、降温循环即可进行目标DNA片段的扩增,而且采用4条或者6条引物同时识别6个位点,较之于PCR,具有更高的效率和...
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：67 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
自然界氮循环简图
图 2-1 nirS 序列在 LAMP 引物中的定位Fig. 2-1 Priming locations and orientation of the LAMP primers developed to amplify P.aeruginosa nirS. The arrows show sequence directions from 5’to 3’. The asterisks denoteconsistent nucleotides sequence not shown.表 2-3 LAMP 引物序列Tab. 2-3 LAMP primer sequences引物 序列 (5'-3')nirS-F3 GGCCGAAGAAACAGCTCAACnirS-B3 CGATCATGTCGATCCGCGnirS-FIP TGCTGTCGCCGTCGACCAGTTTTGACCTCGACCTGCCCAAnirS-BIP CGTCAAGGTCATCGATACCGGCTTTTTCACCAGCAGGTAGCGG2.3.2 LAMP 反应体系和扩增产物表征以基因组 DNA 为模板的 LAMP 检测参照我们之前的报道[101]进行（过程示意见图 2-2（a））。总体积为 25 μL 的反应混合液包括 1.6 μmol/L 的 FIP 和 BIP、
图 2-2 检测铜绿假单胞菌 nirS 基因示意图thodological schematics for the DNA-template based LAMP assay (a)te based direct LAMP assay (b) for detecting the nirS genes of P. aeru反应体系的优化lbin 等人的方法，优化 LAMP 反应体系的温度和反应时间8.70 fg/μL -187.00ng/μL之间的Pseudmonas aeruginosa PA增模板。然后在 61℃、62℃、63℃、64℃和 65℃下分别进测定的最佳温度后，再以不同的反应时间进行 LAMP，50、60、70 和 80min。验
【参考文献】：
期刊论文
[1]反硝化功能基因nirS和nirK及其检测技术研究进展[J]. 张旭志,杨倩倩,赵俊,曲克明. 微生物学杂志. 2018(04)
[2]环境DNA（eDNA）技术在水生生态系统中的应用研究进展[J]. 单秀娟,李苗,王伟继. 渔业科学进展. 2018(03)
[3]NUA-DAS生态滤池脱氮效果与反硝化菌特征研究[J]. 汪龙眠,仇皓雨,车昱晓,张松贺,郭照冰,张毅敏. 环境科学. 2016(07)
[4]好氧反硝化微生物多样性及其反硝化功能初步研究[J]. 李小义,王丽萍,杜雅萍,李光玉,刘秀片,孙风芹,邵宗泽. 氨基酸和生物资源. 2016(02)
[5]Diversity and distribution of bacterial community in the coastal sediments of Bohai Bay,China[J]. WANG Liping,ZHENG Binghui,LEI Kun. Acta Oceanologica Sinica. 2015(10)
[6]胃肠道微生物及其分子生态学技术研究进展[J]. 许波,杨富亚,慕跃林,李俊俊,唐湘华,杨云娟,黄遵锡. 微生物学通报. 2014(01)
[7]微生物分子生态学研究进展[J]. 张高娜,张建梅,谷巍. 饲料广角. 2013(20)
[8]海洋微生物多样性及其分子生态学研究进展[J]. 李祎,郑伟,郑天凌. 微生物学通报. 2013(04)
[9]荧光原位杂交（FISH）技术研究窖泥微生物群落[J]. 吴冬梅,何翠容,牛美灿,彭昱雯,郑佳,金扬,黄钧,周荣清. 食品与发酵工业. 2012(04)
[10]反硝化菌功能基因及其分子生态学研究进展[J]. 郭丽芸,时飞,杨柳燕. 微生物学通报. 2011(04)
博士论文
[1]建立用于环境及土壤微生物群落分析的基因芯片技术[D]. 吴力游.湖南农业大学 2001
硕士论文
[1]胶州湾水体及沉积物中甲烷和氧化亚氮的生物地球化学研究[D]. 杨晶.中国海洋大学 2009
本文编号：3611738
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：67 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
自然界氮循环简图
图 2-1 nirS 序列在 LAMP 引物中的定位Fig. 2-1 Priming locations and orientation of the LAMP primers developed to amplify P.aeruginosa nirS. The arrows show sequence directions from 5’to 3’. The asterisks denoteconsistent nucleotides sequence not shown.表 2-3 LAMP 引物序列Tab. 2-3 LAMP primer sequences引物 序列 (5'-3')nirS-F3 GGCCGAAGAAACAGCTCAACnirS-B3 CGATCATGTCGATCCGCGnirS-FIP TGCTGTCGCCGTCGACCAGTTTTGACCTCGACCTGCCCAAnirS-BIP CGTCAAGGTCATCGATACCGGCTTTTTCACCAGCAGGTAGCGG2.3.2 LAMP 反应体系和扩增产物表征以基因组 DNA 为模板的 LAMP 检测参照我们之前的报道[101]进行（过程示意见图 2-2（a））。总体积为 25 μL 的反应混合液包括 1.6 μmol/L 的 FIP 和 BIP、
图 2-2 检测铜绿假单胞菌 nirS 基因示意图thodological schematics for the DNA-template based LAMP assay (a)te based direct LAMP assay (b) for detecting the nirS genes of P. aeru反应体系的优化lbin 等人的方法，优化 LAMP 反应体系的温度和反应时间8.70 fg/μL -187.00ng/μL之间的Pseudmonas aeruginosa PA增模板。然后在 61℃、62℃、63℃、64℃和 65℃下分别进测定的最佳温度后，再以不同的反应时间进行 LAMP，50、60、70 和 80min。验
【参考文献】：
期刊论文
[1]反硝化功能基因nirS和nirK及其检测技术研究进展[J]. 张旭志,杨倩倩,赵俊,曲克明. 微生物学杂志. 2018(04)
[2]环境DNA（eDNA）技术在水生生态系统中的应用研究进展[J]. 单秀娟,李苗,王伟继. 渔业科学进展. 2018(03)
[3]NUA-DAS生态滤池脱氮效果与反硝化菌特征研究[J]. 汪龙眠,仇皓雨,车昱晓,张松贺,郭照冰,张毅敏. 环境科学. 2016(07)
[4]好氧反硝化微生物多样性及其反硝化功能初步研究[J]. 李小义,王丽萍,杜雅萍,李光玉,刘秀片,孙风芹,邵宗泽. 氨基酸和生物资源. 2016(02)
[5]Diversity and distribution of bacterial community in the coastal sediments of Bohai Bay,China[J]. WANG Liping,ZHENG Binghui,LEI Kun. Acta Oceanologica Sinica. 2015(10)
[6]胃肠道微生物及其分子生态学技术研究进展[J]. 许波,杨富亚,慕跃林,李俊俊,唐湘华,杨云娟,黄遵锡. 微生物学通报. 2014(01)
[7]微生物分子生态学研究进展[J]. 张高娜,张建梅,谷巍. 饲料广角. 2013(20)
[8]海洋微生物多样性及其分子生态学研究进展[J]. 李祎,郑伟,郑天凌. 微生物学通报. 2013(04)
[9]荧光原位杂交（FISH）技术研究窖泥微生物群落[J]. 吴冬梅,何翠容,牛美灿,彭昱雯,郑佳,金扬,黄钧,周荣清. 食品与发酵工业. 2012(04)
[10]反硝化菌功能基因及其分子生态学研究进展[J]. 郭丽芸,时飞,杨柳燕. 微生物学通报. 2011(04)
博士论文
[1]建立用于环境及土壤微生物群落分析的基因芯片技术[D]. 吴力游.湖南农业大学 2001
硕士论文
[1]胶州湾水体及沉积物中甲烷和氧化亚氮的生物地球化学研究[D]. 杨晶.中国海洋大学 2009
本文编号：3611738
本文链接：https://www.wllwen.com/projectlw/swxlw/3611738.html
教材专著
