基于SLAF测序分析3个塔形马蹄螺群体的遗传结构和多样性（英文）

发布时间：2022-02-15 05:03

　　塔形马蹄螺（Tectus pyramis）,海洋软体动物,广泛分布于中国深圳大鹏湾、海南岛、西沙和南沙群岛的珊瑚礁生态系统中。文章采用特异性位点扩增片段简化基因组测序技术（SLAF-seq）对来自深圳（SZ）、三亚（SY）和西沙（XS）的塔形马蹄螺群体的遗传多样性和结构进行分析。通过测序共获得115.74Mb读长数据,平均测序深度为337.87倍,测序质量值(Q₃₀)平均为94.07%。研究获得118679个多态性SLAF标签,获得846502个高度一致的群体单核苷酸多态性位点（SNPs）,其中有155个显著差异SNPs。3个群体的平均观察杂合度（H_o）和期望杂合度（H_e）值分别为0.1441～0.1611和0.2537～0.2695。平均多态性信息含量（PIC）为0.2048～0.2176。通过系统发育树分析、主成分分析和聚类分析,将45个个体大致分为3个类群,每个群体的所有个体都可以聚类成一个类群。SZ和SY群体的遗传结构相似,遗传距离最低（0.2510）,遗传分化系数F_st值最低（0.0818... 

【文章来源】：热带海洋学报. 2020,39(05)北大核心CSCD

【文章页数】：18 页

【文章目录】：
1 Materials and Methods
    1.1 Sample Collection and Preparation
    1.2 Enzyme Digestion Design
    1.3 Illumina Hi Seq Sequencing and Data Evaluation The optimal digestion scheme was applied for
    1.4 SNP Information Statistics
    1.5 Phylogenetic Tree Construction and Principal Component Analysis (PCA)
    1.6 Selective Sweep Analysis
    1.7 Genetic Diversity and Genetic Structure Analyses
2 Results
    2.1 Assessment of Enzyme Digestion Scheme
    2.2 Sequencing Data Statistics and Evaluation of Experimental Database Construction
    2.3 Development of SLAF Tags and SNP Markers
    2.4 Genetic Evolution Analysis
    2.5 Phylogenetic Tree Construction and PCA
    2.6 Selective Sweep Analysis
    2.7 Genetic Diversity and Genetic Structure Analyses
3 Discussion
    3.1 Data Quality Control and Mass SNP Marker Development
    3.2 Genetic Diversity of the Three Populations
    3.3 Genetic Structure of the Three Populations


【参考文献】：
期刊论文
[1]泥东风螺线粒体基因组及其遗传多样性分析[J]. 熊钢,周先文,王晓清,巫旗生,康骊,秦溱,曾志南.  水产科学. 2019(01)
[2]塔形马蹄螺人工繁育技术研究[J]. 陈傅晓,蒲利云,曾关琼,谭围,罗鸣.  渔业现代化. 2015(06)
[3]塔形马蹄螺雌性生殖系统的显微结构研究[J]. 吴洪流,李芳远,冯永勤,蒲利云,董杨.  海南大学学报(自然科学版). 2008(03)
[4]塔形马蹄螺雄性生殖系统的组织学研究[J]. 李芳远,冯永勤,吴洪流,蒲利云,董杨.  海南大学学报(自然科学版). 2008(02)
[5]塔形马蹄螺人工促熟及催产的研究[J]. 张春芳,刘永,梁飞龙,符韶.  海洋科学. 2008(05)



本文编号：3625970