辣椒超氧化物歧化酶基因家族的生物信息学分析

发布时间：2022-02-28 19:19

　　超氧化物歧化酶（SOD）在植物生长和发育过程中具有关键作用,为明确SOD基因在辣椒生长发育等中的作用,本文借助生物信息学手段,通过HMMER3. 0、NCBI-CDD、ProtParam tool、GSDS、MEME、MEGA5. 0、TBtools、SOPMA、SWISS-MODEL等软件对辣椒SOD基因家族的结构域、蛋白理化性质、基因结构、保守基序、系统进化、热图表达、蛋白高级结构等进行分析,共鉴定出15条SOD家族成员,其氨基酸数目在55～326之间,分子量介于5 753. 35～34557. 55,理论等电点在4. 80～9. 84之间,大多数为酸性稳定的亲水性蛋白;内含子数目在1～9之间;同一亚族的SOD基因具有相似的保守基序。系统进化树分析显示,SOD基因家族可分为GroupⅠ、GroupⅡ两个亚族,同一亚族含有相同的保守基序以及相似的基因结构。辣椒SOD基因在不同组织和发育阶段的表达水平差异显著。α-螺旋和无规则卷曲是该基因家族主要的二级结构,三级结构中都含有螺旋-转角-螺旋结构。 

【文章来源】：石河子大学学报(自然科学版). 2020,38(06)北大核心

【文章页数】：6 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 辣椒SOD基因的获取及序列分析
    1.2 辣椒SOD基因序列结构分析
    1.3 辣椒SOD基因进化树分析
    1.4 辣椒SOD基因家族在不同组织中的表达量
    1.5 辣椒SOD基因家族蛋白二、三级结构和信号肽分析
2 结果与分析
    2.1 辣椒SOD主结构域鉴定
    2.2 辣椒SOD蛋白理化性质分析
    2.3 辣椒SOD基因结构与蛋白基序分析
    2.4 辣椒SOD蛋白系统进化分析
    2.5 辣椒SOD基因表达模式分析
    2.6 辣椒SOD蛋白二级结构分析
    2.7 辣椒SOD蛋白三级结构预测
3 讨论
4 结论


【参考文献】：
期刊论文
[1]非生物逆境胁迫下普通小麦烟农19幼苗FeSOD基因表达分析[J]. 李钰,郑文寅,冯春,王荣富,李娟.  作物杂志. 2016(04)
[2]福州野生蕉FeSOD家族基因的克隆及在低温胁迫下的表达分析[J]. 冯新,徐蕾,赖恭梯,谢晓清,林玉玲,赖钟雄.  西北植物学报. 2015(05)
[3]土壤干旱对元宝枫渗透调节能力的影响[J]. 胡景江,文建雷,王姝清.  西北植物学报. 2004(10)
[4]超氧化物歧化酶（SOD）活性的测定及其应用研究[J]. 黎瑞珍,杨庆建,陈贻锐.  琼州大学学报. 2004(05)
[5]盐胁迫对阿月浑子SOD、CAT、POD活性的影响[J]. 克热木·伊力,袁琳,齐曼·尤努斯,杨文英.  新疆农业科学. 2004(03)



本文编号：3645433