毛干DNA高效提取技术的研发及其效果评价

发布时间：2023-03-20 00:23

　　毛发作为一种非损伤性的生物样本,在保护遗传学和分子生态学研究中发挥着十分重要的作用。毛干含有核DNA(nuDNA)和线粒体DNA(mtDNA),但质低、量少,已有的提取方法难以获得满足下游实验需要的DNA。这主要受限于角蛋白消化不彻底、小片段DNA回收效率低、色素去除不彻底以及大量残存细菌DNA。本文针对这些问题建立了一种高效的、适用范围广的及性价比高的毛干DNA提取方法。从北极狐(Vulpes lagopus)、华南虎(Panthera tigris amoyensis’)、狼(Canis lupus)、狗(Canis lupus familiaris)、梅花鹿(Cervus nippon)和牛(Bos taurus)等6种动物的毛干中提取DNA,采用荧光定量PCR方法对其nuDNA、mtDNA和细菌质粒DNA的含量进行定量检测,并用提取的DNA对微卫星(STR)和SNP标记进行分型实验,评估提取效果和所得到的DNA的可用性。主要结果如下:1.从毛干中提取的总DNA中mtDNA的拷贝数比nuDNA至少高出3个数量级。2.毛干中的nuDNA片段可满足150 bp以下的PCR扩增,最大扩...

【文章页数】：50 页

【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
1 绪论
    1.1 毛发在动物研究中的应用及发展
    1.2 毛发DNA的特点
        1.2.1 毛发的一般结构和生长过程
        1.2.2 毛干DNA的质量
    1.3 毛发DNA提取及相关检测技术
    1.4 本研究的目的与意义
2 材料与方法
    2.1 实验材料
        2.1.1 样本采集
        2.1.2 主要的实验仪器
        2.1.3 主要的实验试剂
    2.2 技术路线
    2.3 总DNA的提取
        2.3.1 肌肉组织DNA的提取
        2.3.2 毛干DNA的提取
    2.4 毛干DNA产量的评估
        2.4.1 拷贝数标准的建立
        2.4.2 qPCR引物的质量检测
        2.4.3 定量PCR方案的建立
        2.4.4 细菌DNA去除效果的评价方案
        2.4.5 nuDNA标准曲线的建立、拷贝数计算及评价方法
    2.5 毛干DNA质量及分型能力的评估
        2.5.1 毛干总DNA片段大小分布检测
        2.5.2 nuDNA与mtDNA可扩增片段长度的评估
        2.5.3 微卫星分型能力的评价
        2.5.4 SNP分型能力的评价
3 实验结果与分析
    3.1 毛发样本的消化情况
    3.2 DNA纯化效果的定性分析
    3.3 毛干基因组DNA质量的初步分析
    3.4 毛干DNA产量的定量检测
        3.4.1 重组标准品质粒的质量鉴定
        3.4.2 标准曲线建立及其质量评估
        3.4.3 动物DNA的定量结果与分析
    3.5 毛干DNA分型能力的定性检测
        3.5.1 STR分型能力的比较与分析
        3.5.2 SNP分型特征的比较与分析
4 讨论
    4.1 影响DNA提取的主要因素
    4.2 毛干DNA提取方法的优化及确定
        4.2.1 消化体系的优化
        4.2.2 提纯方法的选择及优化
    4.3 毛干DNA分型能力的分析
        4.3.1 外源DNA污染的防控及清除
        4.3.2 毛干DNA的STR及SNP分型的可靠性
        4.3.3 提高毛干DNA分型能力的建议
结论
参考文献
附录
攻读学位期间发表的学术论文
致谢



本文编号：3766300