腐食酪螨线粒体基因组和转录组的测定与分析

发布时间：2023-06-03 11:50

　　目的:基于形态和分子特征对腐食酪螨(Tyrophagus putrescentiae)进行物种鉴定,测定其线粒体基因组并与粉螨亚目其他螨类进行比较和分析,同时测定腐食酪螨的转录组,预测出腐食酪螨变应原基因,并进一步探究居室空调滤尘网灰尘中是否存在腐食酪螨变应原,为防治腐食酪螨及其引起的过敏性疾病奠定理论基础。方法:采集面粉样本中的腐食酪螨并进行纯培养后,于光镜和扫描电镜下对腐食酪螨进行形态学观察,同时采用PCR法扩增其COX1和ITS基因片段,结合形态特征进行物种鉴定,采用高通量测序法测定腐食酪螨线粒体基因组,分析其基因结构、碱基组成、蛋白质编码基因、密码子使用情况、rRNA基因和t RNA基因等,并与粉螨亚目其他螨类进行比较和分析。进一步采用高通量测序法对腐食酪螨卵、幼螨、若螨、成螨进行转录组测序,通过NR、GO、KOG等数据库比对后进行注释和分析,找出不同发育阶段的腐食酪螨转录组的差异表达基因,筛选出变应原基因。进一步采用PCR法扩增安徽4个城市居室空调滤尘网灰尘中腐食酪螨1类、2类变应原基因的表达。结果:(1)光镜下腐食酪螨成螨螨体呈椭圆形,表皮光滑,半透明,螯肢和足略带棕色,幼...

【文章页数】：104 页

【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
前言
第一部分 腐食酪螨的形态和分子特征鉴定
    1 研究目的
    2 材料与方法
        2.1 主要仪器和试剂
        2.2 样本采集
        2.3 形态特征观察
        2.4 分子标记扩增及测序
    3 结果
        3.1 腐食酪螨光镜下形态特征
        3.2 腐食酪螨电镜下形态特征
        3.3 腐食酪螨COX1基因及其同源性比较分析
        3.4 腐食酪螨ITS基因及其同源性比较分析
    4 讨论
第二部分 腐食酪螨线粒体基因组测序及分析
    1 研究目的
    2 材料与方法
        2.1 主要仪器和试剂
        2.2 样本采集
        2.3 基因组DNA提取
        2.4 高通量测序
        2.5 序列处理及分析
        2.6 粉螨亚目螨类线粒体全序列的比较和分析
    3 结果
        3.1 腐食酪螨的线粒体基因组全序列
        3.2 粉螨亚目螨类的线粒体基因组序列比较
    4 讨论
第三部分 腐食酪螨转录组测序与分析
    1 研究目的
    2 材料与方法
        2.1 主要仪器和试剂
        2.2 腐食酪螨不同发育阶段采集
        2.3 腐食酪螨不同发育阶段RNA提取
        2.4 高通量测序
        2.5 生物信息学分析
        2.6 基因表达差异分析
        2.7 过敏原基因的筛选
    3 结果
        3.1 腐食酪螨不同发育阶段转录组高通量测序与组装
        3.2 腐食酪螨转录组unigenes功能注释
        3.3 腐食酪螨KEGG代谢通路分析
        3.4 腐食酪螨编码区的预测
        3.5 腐食酪螨不同生长发育阶段差异表达基因分析
        3.6 腐食酪螨过敏原基因的比对
    4 讨论
第四部分 居室空调滤尘网腐食酪螨变应原检测
    1 研究目的
    2 材料与方法
        2.1 主要试剂和仪器
        2.2 样本采集
        2.3 基因组DNA提取及PCR扩增
        2.4 序列处理与分析
    3 结果
        3.1 Derf1、Derp1和Tyrp1 基因扩增结果
        3.2 Derf1、Derp1和Tyrp1 基因比对结果
        3.3 不同地区空调滤尘网灰尘Derf1、Derp1和Tyrp1 检测结果
    4 讨论
结论
参考文献
综述
    参考文献
作者简介及读研期间主要科研成果
致谢



本文编号：3829282