豚鹿MHC-DOA基因克隆及其外显子2遗传多样性研究

发布时间：2024-02-28 02:41

　　主要组织相容性复合物(MHC)在脊椎动物的免疫系统中起着重要的作用,MHC-DOA基因是MHCⅡ类的非经典基因,其外显子2多态性丰富。豚鹿Axis porcinus是我国极度濒危的动物。本研究以成都动物园圈养的38头豚鹿为研究对象,提取豚鹿血液总RNA,反转录合成cDNA为模板,利用PCR方法克隆到豚鹿MHC-DOA序列;同时利用PCR方法扩增38头豚鹿的MHC-DOA基因外显子2基因并测序,再进行多态性分析。结果显示:豚鹿MHC-DOA基因开放阅读框长753 bp,编码250个氨基酸残基;蛋白质同源性分析表明,豚鹿MHC-DOA基因与东欧马鹿Cervus elaphus hippelaphus的同源性最高(98.4%);38头豚鹿的MHC-DOA外显子2共有10种单倍型,整体遗传多样性水平中等;MHC-DOA外显子2部分序列中发生了核苷酸的缺失和插入,进而引起DOA蛋白序列发生改变。豚鹿MHC-DOA多态性的研究对豚鹿种群遗传结构调查、遗传资源的保护具有重要意义。

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图3豚鹿MHC-DOA外显子2的多态性

图2不同物种MHC-DOA蛋白进化树分析2.5豚鹿MHC-DOA基因外显子2序列多样性与致病性分析

图1豚鹿与其他物种MHC-DOA蛋白序列的比对

对MHC-DOA基因进行扩增,电泳检测在750bp左右有明显条带,与预期大小一致。结果表明,豚鹿的MHC-DOA基因有2种单倍型,一种单倍型在295bp发生了碱基的改变。MHC-DOA基因长度为753bp,编码250个氨基酸残基(GenBank登录号:MN125544)。豚....

图2不同物种MHC-DOA蛋白进化树分析

38头豚鹿MHC-DOA基因外显子2测序结果显示,豚鹿MHC-DOA外显子2全长221bp,其中,T为24.9%,C为25.3%,A为21.3%,G为28.5%。共有10种等位基因,其中,DOA1等6个克隆为c.306C>G,DOA4和DOA43为c.295T>A,DOA2....

本文编号：3913340