分离自不同生境屎肠球菌比较基因组学研究

发布时间：2024-03-09 20:20

　　屎肠球菌作为乳酸菌在食品发酵中的应用一直以来备受争议,这主要是因为部分屎肠球菌为条件致病菌,且对多种抗生素具有耐药性。本研究将54株分离自自然发酵乳制品的屎肠球菌全基因组通过Illumina MiSeq高通量测序技术完成测序,同时在NCBI数据库中检索并下载具有明确分离源的107株屎肠球菌全基因组序列,对这161株屎肠球菌进行比较基因组分析,研究乳制品分离株与动物肠道分离株、人类肠道分离株、人类血液分离株等其他环境分离株之间进化关系、环境特异性基因、耐药基因、毒力因子和携带前噬菌体情况,充分了解不同环境差异对屎肠球菌基因组形成带来的影响,并评估自然发酵乳制品中分离的屎肠球菌的安全性。主要研究结果如下:1.屎肠球菌GC含量为37.97±0.22%,基因组大小为2.85±0.20 Mb,预测基因数为2,765±187个。人类来源分离株具有最大的基因组和最大的预测基因数量,均显著高于其他环境分离株。2.构建161株屎肠球菌的核心基因和泛基因,其中1,013个基因存在于稳定型核心基因组,12,457个基因存在于开放型泛基因组。将这些基因进行功能分类,发现在核心基因组占比较大为参与碳水化合物、氨...

【文章页数】：64 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图４屎肠球菌泛基因组与核心基因组??

图４屎肠球菌泛基因组与核心基因组??Ｆｉｇｕｒｅ．４?Ｐａｎ－?ａｎｄ?Ｃｏｒｅ－ｇｅｎｏｍｅｓ?ｏｆ?ｔｈｅ?ｓｐｅｃｉｅｓ?Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ?ｆｃｉｅｃｉｕｍ??注：采用ＧｒａｐｈＰａｄ?Ｐｒｉｓｍ?６软件作图。图４ａ中横坐标为屎肠球菌菌株数，纵巫标为屎肠球菌泛基因家....

图６环境特异性基因的热图??Ｆｉｇｕｒｅ．６?Ｔｈｅ?ｈｅａｔｍａｐ?ｏｆ?ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ?ｇｅｎｅｓ??

基于环境特异性基因的定义，共发现环境特异性基因２０２个，包括乳制品特??异性基因１３６个、人类血液特异性基因３１个以及人类肠道特异性基因３５个，如??图６所示。??１３６个乳制品特异性基因中１６个基因参与碳水化合物的转运和代谢［Ｇ］，其??中以／ａｃＡ／Ｂ［ＥＣ：?５．３．１．２....

本文编号：3923891