利用贝叶斯分子钟估算绿色植物起源与演化时间

发布时间：2024-03-28 03:36

　　绿色植物(Viridiplantae)是一类古老的光合真核生物,共有五十万余种,分布广泛,在全球生态系统中起着重要作用。绿色植物通过早期演化产生了两大类群,一类是绿藻门,包括了多种生境、多种形态结构的藻类,从海水、淡水到陆地,从浮游的单细胞、群体、多细胞到管状等类群,另一类是链形植物门,包括有胚植物(现存的陆地植物:苔藓以及维管植物)和轮藻门(双星藻纲、鞘毛藻纲、轮藻纲、克里藻纲、绿叠球藻纲和中斑藻纲)。为了深入理解绿色植物的起源与演化历史,构建绿色植物可靠的时间轴是至关重要的。本文利用99种不同绿色植物的81个叶绿体蛋白编码基因,结合21个化石标定点,估算绿色植物以及各主要类群的起源与分化时间。我们进一步探究了拓扑结构、分子钟模型、分区模型、速率前验参数以及化石标定点对估算绿色植物分歧时间的影响。本研究发现改变速率前验参数和拓扑结构对估算分歧时间的影响较小。选择不同的宽松分子钟模型(独立速率模型和自相关速率模型)仅影响古老节点分歧时间的估算。然而,使用不同的化石标定点和分子钟-分区模型时,对整个绿色植物各主要冠群节点的分歧时间影响较大。因此,本研究将影响分歧时间的不确定性因素进行整合...

【文章页数】：76 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图1-1.被子植物的起源时间Figure1-1.Theorigintimeofangiosperm

体分化[15-28]（图1-1），这意味着被子植物的化石记录与分子钟的估算时间存在着巨大的分歧。近年来，利用大量分子数据结合化石信息估算被子植物起源时间的研究尚未得到一致的结论。Morris等[28]使用852个核基因和37种不同的化石，估算被子植物起源于247-1....

图1-2.陆地植物的起源时间Figure1-2.Theorigintimeoflandplants

3图1-2.陆地植物的起源时间Figure1-2.Theorigintimeoflandplants

图1-3.链形植物的起源时间Figure1-3.TheorigintimeofStreptophyta

近期关于链形植物分歧时间的研究也存在不一致的结论[28,38-40]（图1-3），Sánchez-Baracaldo等[39]基于26个蛋白编码基因和18种不同化石，使用三种分子钟模型分别估算出链形植物起源于1180-660Ma、1140-860Ma、1120....

图1-4.绿色植物的起源时间Figure1-4.Theorigintimeofgreenplants

分子钟方法、不同分子数据集的研究也得到了不一致的绿色植物起源时间[28,29,38,44-47]（图1-4）。Blank[38]等基于补偿性似然速率修匀法以及贝叶斯算法，利用了三个数据集分别推算出绿色植物起源于1600-1570Ma、1740-1670Ma、1900-....

本文编号：3940942