蓖麻NAC转录因子家族的鉴定及生物信息学分析

发布时间：2024-04-26 03:26

　　NAC蛋白是植物特有的转录因子大家族,作用于植物生长发育和逆境胁迫响应,本研究基于蓖麻全基因组数据,利用生物信息学分析方法对蓖麻NAC转录因子家族成员、系统发育、编码蛋白的结构和理化性质进行分析。蓖麻NAC转录因子家族包括91个成员,分为14个亚族,其中蓖麻NAC转录因子Ⅻ亚族和Ⅻ亚族为蓖麻特有NAC蛋白;基因结构分析显示内含子数量为2～5个,Ⅻ亚族中12个成员缺少内含子;蛋白结构域分析显示Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ四个亚族蛋白质序列5个结构域(Motif)保守性较强,motif 2几乎存在所有蓖麻NAC蛋白中;与拟南芥105个NAC成员构建系统发育进化树,蓖麻58个NAC蛋白分别聚类到38个OGs,NAC转录因子的40个OGs中蓖麻缺少OG3b和OG7f;理化性质和结构分析显示蓖麻NAC蛋白质绝大多数是亲水氨基酸,二级结构以无规则卷曲为主,三级结构大部分相似。蓖麻具有很强的抗逆境胁迫能力,本研究为蓖麻耐性相关的NAC转录因子调控机理研究提供了科学依据。

【文章页数】：10 页

【部分图文】：

图1蓖麻NAC基因结构和结构域分布

Wu等(2015)将拟南芥AT1G01010.1等9个聚类蛋白定义为5bL(5blike)，认为与直系同源群组中5b同源组相似，蓖麻Ⅶ亚族的10个NAC蛋白与拟南芥5bL同在一个支系，故将30076.m004490等10个蛋白归为5bL类群，Ⅻ亚族的13个NAC蛋白(该亚族两个....

图1蓖麻NAC基因结构和结构域分布

图1蓖麻NAC基因结构和结构域分布1.3蓖麻NAC蛋白结构和理化性质分析

图3蓖麻部分代表性NAC蛋白质三级结构

蓖麻NAC转录因子家族蛋白序列理化性质预测结果显示，蓖麻RcNAC85和RcNAC45分别编码109个和661个氨基酸序列，相对分子量为12.38kD和75.73kD，为分子量最小和最大的两个蓖麻NAC转录因子蛋白RcNAC,RcNAC编码氨基酸平均长度为341，平均分子量为3....

图2蓖麻与拟南芥NAC转录因子家族蛋白质的系统发育

利用SOPMA对蓖麻NAC蛋白质的二级结构进行预测(表1)，包括α-螺旋、β-折叠、延伸链和无规则卷曲4种结构元件，其中主要以无规则卷曲为主，其次是α-螺旋和延伸链，而β-折叠散布于整个蛋白中，RcNAC13的无规则卷曲占比最高，为76.64%，此外，Ⅻ亚族的RcNAC76、Rc....

本文编号：3964638