种间基因渐渗检测方法及其应用研究进展
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【部分图文】:
图2IM模型[83].1个祖先群体(Na,θa)在T世代前分裂成两个不完全分离的子代群体(N1,θ1;N2,θ2),分裂后子代群体间存在基因流(M1,M2)
Nielsen和Wakeley[83]首次提出IM模型(图2),该模型包含5个参数,3个群体,即2个后裔群体(N1,N2)在T世代前来自1个共同的祖先群体(Na或θa),用M1和M2度量种间基因渐渗,用Metropolis-HastingsMCMC获得参数的后验分布.Hey和N....
图1在同一系统树(((P1,P2),P3),O)下的两种基因树模式(ABBA,BABA)[60].P1和P2为遗传关联的物种,P3为P1和P2共同祖先群体或物种,O为外类群,用于确定野生型等位基因,基因A为野生型等位基因,B为突变型等位基因
ABBA-BABA模型提供了一种新的途径来分析种间基因渐渗,该方法起初是由Green等人[59]提出的,用于分析现代人和尼安德特人在核基因组水平上的遗传混杂,采用PattersonD统计量来测验三个遗传关系密切的群体.Durand等人[60]进一步推导出在祖先群体为非随机交配系....
图3IIM模型[101].1个祖先群体(2aN)在τ0世代以前遵循Wright-Fisher生长模型,然后在τ0世代前分裂成两个子代群体,每个群体遵循Wright-Fisher生长模型,在过去τ1和τ0世代之间两后裔群体存在基因流(m1,2N;m2,2bN),但在0到τ1世代前两后裔群体(2c1N,2c2N)基因流停止
类似于IM模型框架,对于任意两个群体/物种,等位基因频率谱AFS(allelefrequencyspectrum)模型假定它们的共同祖先群体分裂成两个子代群体/物种,子代群体/物种间存在基因流(图4),所涉及到的参数有祖先(NA)和子代群体的有效群体大小(N1,N2)、分裂时....
图4左边为AFS模型[106],1祖先群体(NA,θ)在τ世代前分裂成两个子代群体(N1,N2),子代群体间存在基因流(M);右边为AFS矩阵,从群体1和2中分别随机抽取n1和n2样本,DNA测序,与外类群对应的DNA比对确定两样本中SNP的突变等位基因型,然后应用群体基因组比对来计算AFS矩阵各元素观测值
理论模拟研究显示在不同参数设置下,由AFS矩阵计算得到的成对群体概率分布图不一致,可以区分IM模型与其他模型过程[6,106],但分辨程度至今未见报道.由于选择效应(γ)被纳入参数模型,AFS也可分析非中性DNA序列区域,如非同义密码位点的SNP.目前应用ai程序包来实现AFS....
本文编号:3980651
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