乳油木叶绿体基因组密码子偏好性分析

发布时间：2025-01-07 00:39

　　 为了解乳油木叶绿体基因组密码子的使用模式,该研究以从乳油木叶绿体基因组中筛选得到53条长度大于300 bp且非重复的CDS (Coding DNA sequence)序列为材料,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP分析其密码子偏好性。结果显示,密码子第3位GC含量为27.47%,ENC范围在36.31～56.88,平均值为42.98。RSCU值大于1的密码子有28个,其中27个以A或U为结尾。中性绘图分析、ENC-plot分析和PR2-plot分析的结果显示乳油木叶绿体基因密码子偏好性主要受突变的影响。最优密码子为GGA、GAU、CAU和UUG。本研究结果为提高异源基因表达水平、改良乳油木重要经济性状等提供参考依据。

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【部分图文】：

图1 中性绘图分析

ENC-GC3关联分析显示(图2)，部分基因沿着标准曲线或在标准曲线附近分布，这部分基因ENC的实际值与预期值相接近；而另一部分基因则落在标准曲线下方较远的位置。为了更清楚地说明ENC预期值与实际值间的差异，通过统计ENC比值与频数来对ENC的实际值与预期值接近的基因进行量化分析....

图3 PR2-plot绘图分析

PR2-plot绘图分析(图3)显示位于图中右下方的基因数量最多，说明在密码子第3位碱基的使用频率上，T>A,G>C；若乳油木叶绿体基因组密码子完全受突变影响，则A=T,G=C，因此乳油木叶绿体基因组密码子偏好性受突变和其他因素的共同作用。1.5最优密码子分析

图2 ENC-GC3关联分析

图1中性绘图分析1.4PR2-plot绘图分析

本文编号：4024233