胃癌相关的竞争内源性RNA调控网络的构建和分析

发布时间：2021-03-08 08:24

　　目的 构建胃癌相关竞争内源性RNA（ceRNA）网络,探索胃癌发生、发展的分子机制。方法 应用生物芯片技术测定胃癌及对应癌旁组织的信使RNA（mRNA）、微小RNA（miRNA）和长链非编码RNA（lncRNA）表达谱,应用R软件中的edgeR包筛选差异表达基因并绘制火山图,基于miRNA－lncRNA在线预测工具lncBase数据库和miRNA靶基因预测数据库预测mRNA、miRNA和lncRNA的相互作用关系,采用Cytoscape软件构建胃癌lncRNA－miRNA－mRNA ceRNA网络,根据cytohubba计算各节点degree得分筛选关键基因（hub基因）。运用注释、可视化和集成发现数据库（DAVID）,对差异表达的mRNA进行基因本体论（GO）功能富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。在OncoLnc数据库中,选择肿瘤基因组计划（TCGA）数据集的胃癌项目,输入hub基因,以标准化后基因表达量中位数为界值,将样本分为高表达组和低表达组,并进行生存分析。结果 共筛出差异表达的mRNA 766个,miRNA 10个,lncRNA 110个,其中90个mR... 

【文章来源】：中华肿瘤杂志. 2020,(02)

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【参考文献】：
期刊论文
[1]长链非编码RNA-肺腺癌转移相关转录子1调控食管癌EC-109细胞侵袭转移的机制[J]. 张清琴,崔艳慧,王颖,寇卫政,曹飞,曹向军,苗战会,康小红.  中华肿瘤杂志. 2017 (06)



本文编号：3070741