芒和荻叶绿体DNA全基因组测序分析及InDel标记的开发

发布时间：2017-11-15 21:13

  本文关键词：芒和荻叶绿体DNA全基因组测序分析及InDel标记的开发

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【摘要】：芒属植物是高大直立的多年生禾本科C4类植物,因其生物质产量高、适应性广和抗逆性强等特点而被视为是一种最具开发利用潜力的能源植物之一。芒属植物叶绿体DNA全基因组相对于核基因组具有高度的保守性,基因的编码区和非编码区进化速率不同,是各层次系统学研究的理想分子标记。研究芒属植物叶绿体DNA全基因组序列,并开发有效的叶绿体DNA分子标记,对已有的芒属材料资源正确分类和杂交育种工作具有重要的指导作用,也可以为开展芒属的叶绿体基因工程奠定基础。1、本研究中,采用全基因组鸟枪法测序策略及使用Illumina Hiseq2000测序系统对芒(C0430)和荻(A0117)的叶绿体DNA全基因组进行测序,得到初步序列后,采用PCR测序的方法对2个种的叶绿体全基因组补洞和校正。试验得到141369 bp、 141133 bp的芒和荻的叶绿体体DNA全基因组序列。进行了序列基本特征的分析,搜索到可能的SSR标记位点337个和InDel标记位点50个。2、利用其中12个InDel标记位点两侧的序列设计12对引物。这些芒属叶绿体InDel标记在43个芒属材料和2个甘蔗材料中能够有效扩增,其中5对引物具有种的特征。进一步UPGMA聚类的结果显示,荻和南荻遗传距离近,而芒和五节芒亲缘关系较近,在芒属植物的分类研究中有实用价值。
【学位授予单位】：湖南农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：S578;Q943.2

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本文编号：1191171