中国眼斑蟋螽属分子生物地理学
发布时间：2020-12-17 06:00
眼斑蟋螽属Ocellarnaca Gorochov,2004隶属于直翅目Orthoptera沙螽总科Stenopelmatoidea蟋螽科Gryllacrididae蟋螽亚科Gryllacridinae。目前世界记录14种,中国记录10种。本研究基于形态分类和分子界定的方法,进一步确定该属的物种界限,并基于COI、H3和ITS基因序列片段对该属89个样本进行系统发育关系重建、分歧时间估计、Maxent模型预测和祖先分布区重建,得出如下结果:1.基于ABGD和jMOTU两种分子界定方法的结果,中国眼斑蟋螽属物种界定为8种（亚种）:角眼斑蟋螽、布氏眼斑蟋螽、短尾眼斑蟋螽、锥尾眼斑蟋螽、锈褐眼斑蟋螽和叉眼斑蟋螽的分类地位均得到支持;峨眉眼斑蟋螽划分为2个OTUs,建议将其作为峨眉眼斑蟋螽2亚种,即裂叶眼斑蟋螽Ocellarnaca emeiensis fissa ssp.nov.和峨眉眼斑蟋螽O.emeiensis emeiensis Li,Fang,Liu&Li,2014。2.基因组成和变异分析结果:COI基因和联合基因序列片段具有AT偏向性,变异位点分别占序列总长度的28.57%...
【文章来源】： 李艳清 河北大学
【文章页数】：103 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
中国眼斑蟋螽属物种分布图
河北大学硕士学位论文14表2-4PCR反应体系Table2-4PCRreactionsystem反应成分Reactioncomponents体积Volume（μL）DNA模板2引物F5引物R5primix25去离子水13COⅠ、H3和ITS基因片段扩增程序如图2-2所示。图2-2COⅠ（A）、H3（B）和ITS（C）的扩增程序Figure2-2AmplificationprogramofCOI(A),H3(B)andITS(C)2.2.1.4PCR扩增产物检测及测序制备1.0%的检测胶，每孔点样3μL，于电流150mA，电压120V的条件下电泳12min，置于凝胶成像系统中观察并拍照。合格样品送至北京金唯智生物科技有限公司回收并进行Sanger测序。2.2.1.5序列数据编辑首先将公司双向测序结果解压，导入SeqMan软件进行拼接，同时借助序列的峰图进行人工手动校正，结果输出为.fas格式。随后分别将COI基因序列和ITS基因序列导入Editseq软件中翻译，最终将翻译通的序列保存为.txt文件。最后打开BioEdit软件进行序列比对，删除多余位点，将全部序列保存为.fas格式文件。2.2.2物种界定分析本研究应用4种方法进行物种界定分析：基于遗传距离的分析方法：Automatic
第三章结果与讨论23图3-1基于COI基因jMOTU方法物种划分结果Figure3-1ThepartitionresultsbyjMOTUmethodbasedonCOIgenefragmentjMOTU方法划分结果与ABGD结果一致，详见表3-3。锈褐眼斑蟋螽、布氏眼斑蟋螽、锥尾眼斑蟋螽、短尾眼斑蟋螽、叉眼斑蟋螽和角眼斑蟋螽均独立形成MOTU，在形态分类上鉴定为峨眉眼斑蟋螽的物种被分为2个MOTUs：采自云南红河州和文山州的7个样本聚为1个MOTU；采自其它地方的样本聚为另1个MOTU。表3-3jMOTU基于COI基因片段对眼斑蟋螽属物种划分结果Table3-3ThepartitionresultsofOcellarnacabyjMOTUbasedontheCOIgenefragmentMOTUsNspeciesMOTU000121LYQ_001fus_GZLYQ_002fus_GZLYQ_003fus_HNLYQ_004fus_GDLYQ_005fus_GDLYQ_006fus_JXLYQ_007fus_JXLYQ_008fus_GXLYQ_056fus_JXLYQ_057fus_JXLYQ_068fus_CQLYQ_069fus_CQLYQ_070fus_YNLYQ_071fus_GXLYQ_072fus_GXLYQ_088fus_HNLYQ_089fus_HNLYQ_090fus_HNLYQ_091fus_HNLYQ_092fus_HNLYQ_093fus_HNMOTU000220LYQ_019eme_SCLYQ_034eme_GZLYQ_035eme_GDLYQ_036eme_GDLYQ_037eme_GXLYQ_038eme_GXLYQ_039eme_GXLYQ_040eme_GXLYQ_041eme_GXLYQ_042eme_GXLYQ_043eme_GXLYQ_047eme_SCLYQ_058eme_GXLYQ_059eme_GXLYQ_074eme_GXLYQ_075eme_GXLYQ_076eme_GXLYQ_077eme_GXLYQ_078eme_GXLYQ_079eme_GXMOTU000311LYQ_009con_HNLYQ_010con_HNLYQ_011con_HNLYQ_012con_HNLYQ_013con_HNLYQ_014con_HNLYQ_015con_HNLYQ_016con_HNLYQ_051con_HNLYQ_052con_HNLYQ_073con_HN
【参考文献】：
期刊论文
[1]渐新世-中新世过渡期全球环境变迁及其对生物演化的影响[J]. 赵建立,李庆军. 中国科学:生命科学. 2019(07)
[2]Tibet, the Himalaya, Asian monsoons and biodiversity-In what ways are they related?[J]. Robert A.Spicer. Plant Diversity. 2017(05)
[3]基于DNA条形码的物种界定算法比较研究——以北京周边地区舟蛾科为例[J]. 金倩,武春生,陈芬,罗桂杰,蔡卫佳,刘旭,杨采青,郝梦迪,张爱兵. 应用昆虫学报. 2017 (01)
[4]Maxent模型复杂度对物种潜在分布区预测的影响[J]. 朱耿平,乔慧捷. 生物多样性. 2016(10)
[5]广西猫儿山自然保护区昆虫模式标本名录[J]. 王绍能,潘冬,文忠华,黄建华. 广西师范大学学报(自然科学版). 2011(04)
[6]核基因序列在昆虫分子系统学上的应用[J]. 刘殿锋,蒋国芳. 动物分类学报. 2005(03)
[7]露螽属四种昆虫Cy tb基因序列及系统进化研究(直翅目,露螽科)[J]. 王帅宇,殷幼平,石福明,夏玉先. 动物分类学报. 2005(02)
硕士论文
[1]中国蟋螽亚科分类研究(直翅目,蟋螽科)[D]. 李苗苗.华东师范大学 2015
本文编号：2921528
【文章来源】： 李艳清 河北大学
【文章页数】：103 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
中国眼斑蟋螽属物种分布图
河北大学硕士学位论文14表2-4PCR反应体系Table2-4PCRreactionsystem反应成分Reactioncomponents体积Volume（μL）DNA模板2引物F5引物R5primix25去离子水13COⅠ、H3和ITS基因片段扩增程序如图2-2所示。图2-2COⅠ（A）、H3（B）和ITS（C）的扩增程序Figure2-2AmplificationprogramofCOI(A),H3(B)andITS(C)2.2.1.4PCR扩增产物检测及测序制备1.0%的检测胶，每孔点样3μL，于电流150mA，电压120V的条件下电泳12min，置于凝胶成像系统中观察并拍照。合格样品送至北京金唯智生物科技有限公司回收并进行Sanger测序。2.2.1.5序列数据编辑首先将公司双向测序结果解压，导入SeqMan软件进行拼接，同时借助序列的峰图进行人工手动校正，结果输出为.fas格式。随后分别将COI基因序列和ITS基因序列导入Editseq软件中翻译，最终将翻译通的序列保存为.txt文件。最后打开BioEdit软件进行序列比对，删除多余位点，将全部序列保存为.fas格式文件。2.2.2物种界定分析本研究应用4种方法进行物种界定分析：基于遗传距离的分析方法：Automatic
第三章结果与讨论23图3-1基于COI基因jMOTU方法物种划分结果Figure3-1ThepartitionresultsbyjMOTUmethodbasedonCOIgenefragmentjMOTU方法划分结果与ABGD结果一致，详见表3-3。锈褐眼斑蟋螽、布氏眼斑蟋螽、锥尾眼斑蟋螽、短尾眼斑蟋螽、叉眼斑蟋螽和角眼斑蟋螽均独立形成MOTU，在形态分类上鉴定为峨眉眼斑蟋螽的物种被分为2个MOTUs：采自云南红河州和文山州的7个样本聚为1个MOTU；采自其它地方的样本聚为另1个MOTU。表3-3jMOTU基于COI基因片段对眼斑蟋螽属物种划分结果Table3-3ThepartitionresultsofOcellarnacabyjMOTUbasedontheCOIgenefragmentMOTUsNspeciesMOTU000121LYQ_001fus_GZLYQ_002fus_GZLYQ_003fus_HNLYQ_004fus_GDLYQ_005fus_GDLYQ_006fus_JXLYQ_007fus_JXLYQ_008fus_GXLYQ_056fus_JXLYQ_057fus_JXLYQ_068fus_CQLYQ_069fus_CQLYQ_070fus_YNLYQ_071fus_GXLYQ_072fus_GXLYQ_088fus_HNLYQ_089fus_HNLYQ_090fus_HNLYQ_091fus_HNLYQ_092fus_HNLYQ_093fus_HNMOTU000220LYQ_019eme_SCLYQ_034eme_GZLYQ_035eme_GDLYQ_036eme_GDLYQ_037eme_GXLYQ_038eme_GXLYQ_039eme_GXLYQ_040eme_GXLYQ_041eme_GXLYQ_042eme_GXLYQ_043eme_GXLYQ_047eme_SCLYQ_058eme_GXLYQ_059eme_GXLYQ_074eme_GXLYQ_075eme_GXLYQ_076eme_GXLYQ_077eme_GXLYQ_078eme_GXLYQ_079eme_GXMOTU000311LYQ_009con_HNLYQ_010con_HNLYQ_011con_HNLYQ_012con_HNLYQ_013con_HNLYQ_014con_HNLYQ_015con_HNLYQ_016con_HNLYQ_051con_HNLYQ_052con_HNLYQ_073con_HN
【参考文献】：
期刊论文
[1]渐新世-中新世过渡期全球环境变迁及其对生物演化的影响[J]. 赵建立,李庆军. 中国科学:生命科学. 2019(07)
[2]Tibet, the Himalaya, Asian monsoons and biodiversity-In what ways are they related?[J]. Robert A.Spicer. Plant Diversity. 2017(05)
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[5]广西猫儿山自然保护区昆虫模式标本名录[J]. 王绍能,潘冬,文忠华,黄建华. 广西师范大学学报(自然科学版). 2011(04)
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硕士论文
[1]中国蟋螽亚科分类研究(直翅目,蟋螽科)[D]. 李苗苗.华东师范大学 2015
本文编号：2921528
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