基于生物信息学分析的肝细胞癌易感生物靶点筛选

发布时间：2020-12-22 01:43

　　目的:挖掘肝细胞癌基因芯片数据,筛选出肝细胞癌相关的易感生物靶点分子,初步探索肝细胞癌发生发展过程中的生物功能富集通路,构建肝细胞癌的疾病模块并进行功能分析,为肝细胞癌患者的病因研究与早期诊断提供依据。方法:（1）从GEO数据库中检索出肝细胞癌基因芯片数据集GSE14520,数据来自平台GPL3921。该数据集为人类来源的全基因组RNA表达芯片,共选取225例肝细胞癌组织标本和220例癌旁正常组织标本进行后续研究。（2）利用GEO2R在线分析平台对基因芯片数据进行标准化处理,以|log₂FC|>1、P.adjust<0.05为标准筛选肝细胞癌差异表达基因。（3）利用DAVID在线分析工具对筛选出的前250位肝细胞癌差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。（4）应用String在线分析平台构建差异表达基因的蛋白-蛋白交互作用网络,并利用Cytoscape3.6.1软件对蛋白交互作用网络进行可视化分析,使用Cytoscape软件中的MCODE应用程序对蛋白交互作用网络进行疾病模块化分析,利用DAVID在线分析平台对疾病模块中的差异基因进行生... 

【文章来源】：湖南师范大学湖南省 211工程院校

【文章页数】：79 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

基因芯片数据归一化处理箱线图

肝细胞癌差异表达基因的蛋白-蛋白交互作用网络图

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本文编号：2930904