基于TCGA数据库筛选胃癌预后相关的长链非编码RNA及预后风险模型的建立
发布时间：2021-01-02 20:23
目的:胃癌是消化道最常见的恶性肿瘤,我国胃癌发病率及死亡率显著高于其他国家,严重威胁人类健康。由于早期胃癌无特异性改变,大多数患者在发现时已经处于进展期。手术、辅助放化疗的快速发展在一定程度上提高了胃癌患者的生存期,但由于化学药物抗性等原因胃癌患者的5年生存率低于30%。因此寻找预测胃癌患者预后及治疗效果的生物标志物显得尤为重要。长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）是一类转录本长度超过200个核苷酸大小的RNA,因开放阅读框序列的部分或全部缺失而不具备蛋白质编码能力。但近年来的研究表明,lncRNA具有广泛的生物学功能,在肿瘤发生发展过程中扮演着重要的作用,可以调控肿瘤细胞的增殖、分化、侵袭以及转移等多种生物学过程,有望成为肿瘤诊断及预后新的生物标志物和潜在的治疗靶点。目前尚没有特异性的指标来预测胃癌患者的预后,但在人体的组织及体液中均可检测到lncRNA的表达,具有组织和细胞特异性,而且lncRNA的种类繁多,但其功能及作用机制尚不清楚。本文旨在通过生物信息学方法筛选胃癌与癌旁组织中差异表达的lncRNA,构建基于lncRNA的胃癌预后风险模型,同...
【文章来源】：兰州大学甘肃省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：78 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
胃癌差异性表达lncRNA的火山图
兰州大学硕士学位论文基于TCGA数据库筛选胃癌预后相关的长链非编码RNA及预后风险模型的建立11图250个胃癌差异性表达lncRNA的热图（红色表示在组织中呈高表达的lncRNA，绿色表示在组织中呈低表达的lncRNA，黑色代表在组织中表达无差异）2胃癌lncRNA预后风险模型的构建为了确定与胃癌患者预后有关的lncRNA，将得到的1272个差异性表达的lncRNA联合TCGA数据库中的生存资料，通过R语言中的“survival”包对差异性表达的lncRNA做单因素Cox回归分析，以P<0.05为筛选标准得到了与胃癌患者预后有关的68个lncRNA，详见表1。为了减少数据的过度拟合，从而筛选与胃癌患者预后更相关的lncRNA，通过R语言中的“survival”包和“glmnet”包对单因素分析得到的lncRNA进一步行LASSO回归分析，当λ取最小值时，共筛选出了25个与胃癌患者的预后更相关的lncRNA，分别是AC007991.4、AC125608.1、AL353801.1、LINC00955、AC025465.4、AF274855.1、AL445434.1、LINC01060、AC034236.3、AL022313.4、AL499627.1、LINC02108、AC079385.3、AL049833.2、AP001136.1、LINC02266、AC090809.1、AL109615.2、C8orf87、AC100797.1、AL122125.1、CASK-AS1、AC110772.1、AL160408.4、LINC00626，详见图3A和3B。对LASSO回归分析所得到的25个lncRNA进行多因素Cox回归分析，通过R语言中的“survival”包计算每个lncRNA的危险比及95%的置信区间，通过对多因素回归分析中得到的lncRNA回归系数进行提取，由此建立基于25个lncRNA的预后风险模型。绘制森林图对其进行可视化，如图4所示。
兰州大学硕士学位论文基于TCGA数据库筛选胃癌预后相关的长链非编码RNA及预后风险模型的建立13AB图3基于LASSO构建胃癌预后模型（A：在LASSO模型中进行参数选择的交叉验证；B：25个lncRNA的LASSO回归系数谱）图425个预后相关lncRNA的多因素回归分析的森林图（HR>1，表明该lncRNA与患者的生存呈负相关；HR<1，表明该lncRNA与患者的生存呈正相关；*表示P<0.05）3胃癌预后风险模型的可视化与评估3.1胃癌预后风险模型的可视化
【参考文献】：
期刊论文
[1]基因芯片在宫颈癌中的研究进展[J]. 邓波儿,孔为民. 医学综述. 2019(22)
[2]长链非编码RNA CASC9在胃癌组织中的表达及其临床意义[J]. 鲍晨辉,赵滢. 现代肿瘤医学. 2019(24)
[3]长链非编码RNA（lncRNA）在癌症中的作用[J]. 李思维,庞达. 实用肿瘤学杂志. 2019(05)
[4]长链非编码RNA H19在肿瘤中的研究进展[J]. 胡雪停,徐祥. 癌症进展. 2019(20)
[5]长链非编码RNA PVT1在胃癌组织中的表达及对胃癌细胞凋亡的影响[J]. 王倩,黄赛亚,崔旭霞,景琪越,张笑添. 山西医科大学学报. 2019(08)
[6]长链非编码RNA HOTAIR在宫颈癌中的研究进展[J]. 李欣,侯敢,黄迪南. 医学研究杂志. 2019(04)
[7]上皮间质转化相关长链非编码RNA与胃癌的关系[J]. 李江,袁士杰,聂明明. 第二军医大学学报. 2019(02)
[8]2015年中国恶性肿瘤流行情况分析[J]. 郑荣寿,孙可欣,张思维,曾红梅,邹小农,陈茹,顾秀瑛,魏文强,赫捷. 中华肿瘤杂志. 2019 (01)
[9]基因芯片技术在胃癌诊断及治疗中的应用[J]. 康红,樊平,郭兴才,陈瑞慧,张红. 现代肿瘤医学. 2018(14)
[10]lncRNA-ANRIL影响胃癌细胞侵袭转移的功能和机制研究[J]. 邓薇,白志刚,张军,蔡军,张忠涛. 中国医学前沿杂志(电子版). 2017(06)
本文编号：2953580
【文章来源】：兰州大学甘肃省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：78 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
胃癌差异性表达lncRNA的火山图
兰州大学硕士学位论文基于TCGA数据库筛选胃癌预后相关的长链非编码RNA及预后风险模型的建立11图250个胃癌差异性表达lncRNA的热图（红色表示在组织中呈高表达的lncRNA，绿色表示在组织中呈低表达的lncRNA，黑色代表在组织中表达无差异）2胃癌lncRNA预后风险模型的构建为了确定与胃癌患者预后有关的lncRNA，将得到的1272个差异性表达的lncRNA联合TCGA数据库中的生存资料，通过R语言中的“survival”包对差异性表达的lncRNA做单因素Cox回归分析，以P<0.05为筛选标准得到了与胃癌患者预后有关的68个lncRNA，详见表1。为了减少数据的过度拟合，从而筛选与胃癌患者预后更相关的lncRNA，通过R语言中的“survival”包和“glmnet”包对单因素分析得到的lncRNA进一步行LASSO回归分析，当λ取最小值时，共筛选出了25个与胃癌患者的预后更相关的lncRNA，分别是AC007991.4、AC125608.1、AL353801.1、LINC00955、AC025465.4、AF274855.1、AL445434.1、LINC01060、AC034236.3、AL022313.4、AL499627.1、LINC02108、AC079385.3、AL049833.2、AP001136.1、LINC02266、AC090809.1、AL109615.2、C8orf87、AC100797.1、AL122125.1、CASK-AS1、AC110772.1、AL160408.4、LINC00626，详见图3A和3B。对LASSO回归分析所得到的25个lncRNA进行多因素Cox回归分析，通过R语言中的“survival”包计算每个lncRNA的危险比及95%的置信区间，通过对多因素回归分析中得到的lncRNA回归系数进行提取，由此建立基于25个lncRNA的预后风险模型。绘制森林图对其进行可视化，如图4所示。
兰州大学硕士学位论文基于TCGA数据库筛选胃癌预后相关的长链非编码RNA及预后风险模型的建立13AB图3基于LASSO构建胃癌预后模型（A：在LASSO模型中进行参数选择的交叉验证；B：25个lncRNA的LASSO回归系数谱）图425个预后相关lncRNA的多因素回归分析的森林图（HR>1，表明该lncRNA与患者的生存呈负相关；HR<1，表明该lncRNA与患者的生存呈正相关；*表示P<0.05）3胃癌预后风险模型的可视化与评估3.1胃癌预后风险模型的可视化
【参考文献】：
期刊论文
[1]基因芯片在宫颈癌中的研究进展[J]. 邓波儿,孔为民. 医学综述. 2019(22)
[2]长链非编码RNA CASC9在胃癌组织中的表达及其临床意义[J]. 鲍晨辉,赵滢. 现代肿瘤医学. 2019(24)
[3]长链非编码RNA（lncRNA）在癌症中的作用[J]. 李思维,庞达. 实用肿瘤学杂志. 2019(05)
[4]长链非编码RNA H19在肿瘤中的研究进展[J]. 胡雪停,徐祥. 癌症进展. 2019(20)
[5]长链非编码RNA PVT1在胃癌组织中的表达及对胃癌细胞凋亡的影响[J]. 王倩,黄赛亚,崔旭霞,景琪越,张笑添. 山西医科大学学报. 2019(08)
[6]长链非编码RNA HOTAIR在宫颈癌中的研究进展[J]. 李欣,侯敢,黄迪南. 医学研究杂志. 2019(04)
[7]上皮间质转化相关长链非编码RNA与胃癌的关系[J]. 李江,袁士杰,聂明明. 第二军医大学学报. 2019(02)
[8]2015年中国恶性肿瘤流行情况分析[J]. 郑荣寿,孙可欣,张思维,曾红梅,邹小农,陈茹,顾秀瑛,魏文强,赫捷. 中华肿瘤杂志. 2019 (01)
[9]基因芯片技术在胃癌诊断及治疗中的应用[J]. 康红,樊平,郭兴才,陈瑞慧,张红. 现代肿瘤医学. 2018(14)
[10]lncRNA-ANRIL影响胃癌细胞侵袭转移的功能和机制研究[J]. 邓薇,白志刚,张军,蔡军,张忠涛. 中国医学前沿杂志(电子版). 2017(06)
本文编号：2953580
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