基于PPI网络的蛋白质复合物和关键蛋白质识别算法研究

发布时间：2021-01-15 01:48

　　随着生物交叉网络信息技术的快速发展和多种生物基因的不断增多,大量蛋白质数据出现,使得研究蛋白质网络功能表达、作用环境、产生的影响、组成结构成为了生物网络研究的要点。特别是PPI网络中蛋白质复合物以及关键蛋白的发现,对探索疾病机制和药物研制方面有参考价值。近年来,虽然大量关于蛋白质复合物以及关键蛋白质的探究取得了突破性进展,大量数据由各种高通量技术手段获得,但由于PPI网络本身的复杂性、不可靠性和小世界性以及目前挖掘算法本身的局限性,得到的数据存在着较高比例的假阳性和假阴性,导致识别准确率不高,并且多数算法对蛋白质复合物和功能模块没有严格的界定。因此,从PPI网络中精确地挖掘复合物以及关键蛋白还存在很多挑战。本文提出了模糊蚁群聚类算法、模块度函数、模糊谱聚类算法以及基于复合物参与度和密度的识别算法对蛋白质复合物以及关键蛋白质进行检测。主要从两方面着手:第一,基于PPI网络本身的复杂性以及数据的缺陷,结合网络拓扑特性以及生物信息构建加权网络以及不确定网络。第二:针对于传统模块挖掘算法的缺陷,提出模糊蚁群算法、模块度函数以及模糊谱聚类算法来弥补传统算法的不足,同时也提出一些改进策略来优化这些... 

【文章来源】：江西理工大学江西省

【文章页数】：91 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

酵母蛋白质相互作用网络


本文编号：2977976