Acr基因数据库的构建与谱系分布等进化分析
发布时间：2021-01-20 05:59
随着CRISRP-Cas技术的普及,对CRISPR-Cas起抑制作用的Acr也逐渐得到关注和研究,以Acr为对象进行研究分析有其重要意义:（1）有研究表明Acr可以有效降低CRISPR-Cas技术的脱靶效应,针对Acr的研究有助于提升CRISPR-Cas技术的可用性和推广其应用领域。（2）虽然Acr研究较为热门,但目前已发现的Acr序列较少。基于已有的数据分析其特征,这有利于识别更多其他类型的Acr,无疑推动了对Acr的基础研究和应用研究。本文研究主要围绕Acr以及Cas与Acr的关系进行。从文献数据收集开始,截止2020年3月,Acr数据库总共有3627条序列,这包含了69条实验验证的序列和1253条预测序列,剩余的序列是我们基于验证序列同源搜索筛选得到的。这些序列属于8种不同类型,来自46个不同的Acr家族。关于序列的相关信息则统计在6张数据表格中,包含了序列编号、Acr类型、Acr家族以及相关基因信息和蛋白结构信息等。我们在这些数据信息的基础上建立了一个在线数据库网站AcrBank（http://cefg.uestc.cn/AcrBank）,该网站主要帮助用户能深入全面地了解其A...
【文章来源】：电子科技大学四川省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：52 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
AcrBank数据库中各类型Acr分布图
第二章AcrBank数据库构建13图2-2AcrBank数据库中各数据表关联图2.5本章小结本章节先描述了从发现CRISPR系统到应用CRISPR-Cas技术的重要过程，其中伴随了CRISPRdb数据库的建立。这反映了与CRISPR系统关系紧密的Acr也会经历相似的过程，借此说明了Acr为什么成为了研究热点以及建立在线数据库的重要性。接着讲解了如何查找文献和收集序列的相关信息，以及我们构建网站所用的语言和技术。最后描述了数据库中数据是如何存放管理。目前数据库中除了预测Predict序列之外，其他所有序列都有文献支持，并不是凭空编造，数据库中不仅存储了每条序列的基本信息，如Acr类型、家族和序列，还包含了该序列的编码基因和蛋白结构互作信息等，有助于用户能更全面系统地了解。该数据库网站是完全免费开放，不需要注册会员且支持数据下载共享，建设该网站的初衷也是为Acr研究提供数据支持，从而更好地推动该领域的发展。
第三章AcrBank网站介绍和使用15图3-1AcrBank网站Home主页3.1.2AcrBank浏览页面网站的核心内容用两个页面进行展示，一个页面是browse预览页面（具体界面见图3-2），网址为http://cefg.uestc.cn/AcrBank/browse.php，该页面展示的是目前搜集序列的简要信息，包括anti-CRISPR编号、家族、类型、状态、物种来源、评论描述以及文献Pubmed号等，其中状态信息有三种，Verified序列是已经得到了实验验证，Literature序列是文献中预测了但未得到实验验证，第三种序列标为Predict，这是课题组自己预测的候选序列，同样也是没有得到实验验证。我们选数据表中第一条序列来串联说明以上字段信息，当录入第一条序列，编号定为anti_CRISPR0001，该序列来自AcrF1家族，它抑制的CRISPR-Cas系统属于I-F类型，目前为已被实验验证，来源于假单胞菌噬菌体JBD30菌株，文章评论该蛋白高效抑制铜绿假单胞菌Ⅰ-F型CRISPR-Cas系统，这篇文章的PMID编号为23242138。其中anti-CRISPR编号和文献Pubmed编号隐藏了两个跳转链接，为显著区分标记其为蓝色，点击anti-CRISPR编号会跳转到序列详细信息页面，而文献Pubmed编号会跳转到对应文献网页。Acr和数据库的介绍导航栏相关分析工具AcrBank更新日志目前的序列数量
【参考文献】：
期刊论文
[1]人类基因组计划与后基因组时代[J]. 骆建新,郑崛村,马用信,张思仲. 中国生物工程杂志. 2003(11)
本文编号：2988518
【文章来源】：电子科技大学四川省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：52 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
AcrBank数据库中各类型Acr分布图
第二章AcrBank数据库构建13图2-2AcrBank数据库中各数据表关联图2.5本章小结本章节先描述了从发现CRISPR系统到应用CRISPR-Cas技术的重要过程，其中伴随了CRISPRdb数据库的建立。这反映了与CRISPR系统关系紧密的Acr也会经历相似的过程，借此说明了Acr为什么成为了研究热点以及建立在线数据库的重要性。接着讲解了如何查找文献和收集序列的相关信息，以及我们构建网站所用的语言和技术。最后描述了数据库中数据是如何存放管理。目前数据库中除了预测Predict序列之外，其他所有序列都有文献支持，并不是凭空编造，数据库中不仅存储了每条序列的基本信息，如Acr类型、家族和序列，还包含了该序列的编码基因和蛋白结构互作信息等，有助于用户能更全面系统地了解。该数据库网站是完全免费开放，不需要注册会员且支持数据下载共享，建设该网站的初衷也是为Acr研究提供数据支持，从而更好地推动该领域的发展。
第三章AcrBank网站介绍和使用15图3-1AcrBank网站Home主页3.1.2AcrBank浏览页面网站的核心内容用两个页面进行展示，一个页面是browse预览页面（具体界面见图3-2），网址为http://cefg.uestc.cn/AcrBank/browse.php，该页面展示的是目前搜集序列的简要信息，包括anti-CRISPR编号、家族、类型、状态、物种来源、评论描述以及文献Pubmed号等，其中状态信息有三种，Verified序列是已经得到了实验验证，Literature序列是文献中预测了但未得到实验验证，第三种序列标为Predict，这是课题组自己预测的候选序列，同样也是没有得到实验验证。我们选数据表中第一条序列来串联说明以上字段信息，当录入第一条序列，编号定为anti_CRISPR0001，该序列来自AcrF1家族，它抑制的CRISPR-Cas系统属于I-F类型，目前为已被实验验证，来源于假单胞菌噬菌体JBD30菌株，文章评论该蛋白高效抑制铜绿假单胞菌Ⅰ-F型CRISPR-Cas系统，这篇文章的PMID编号为23242138。其中anti-CRISPR编号和文献Pubmed编号隐藏了两个跳转链接，为显著区分标记其为蓝色，点击anti-CRISPR编号会跳转到序列详细信息页面，而文献Pubmed编号会跳转到对应文献网页。Acr和数据库的介绍导航栏相关分析工具AcrBank更新日志目前的序列数量
【参考文献】：
期刊论文
[1]人类基因组计划与后基因组时代[J]. 骆建新,郑崛村,马用信,张思仲. 中国生物工程杂志. 2003(11)
本文编号：2988518
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