基于简化基因组测序辽宁爪鲵(Onychodactylus zhaoermii)群体遗传学研究
发布时间:2021-04-01 20:35
辽宁爪鲵(O.zhaoermii)隶属于两栖纲(Amphibia),有尾目(Caudata),小鲵科(Hynobiidae),爪鲵属(Onychodactylus)。辽宁爪鲵是中国的特有种,只分布于辽宁省鞍山岫岩和辽阳市大黑山地区。本次研究采用简化基因组测序技术对采自4个采样地点(分别是辽宁岫岩左沟、辽宁岫岩中沟、辽宁大黑山水沟和辽宁大黑山长岭子)的16个辽宁爪鲵进行SNP分子标记的发掘,并进行群体内部遗传结构和遗传多样性分析,为辽宁爪鲵的保护提供理论依据。实验结果测序共获得高质量序列数据量为22.3Gb,平均每个样本为1.3Gb,经过条件为测序深度2×、Miss0.5、次要等位基因频率(MAF)>0.05的过滤最后获得的高质量SNP位点总数为18338。对高质量SNP位点进行遗传多样性研究显示:辽宁爪鲵的杂合度和核苷酸多样性平均值Pi分析结果显示,辽阳大黑山地区的遗传多样性大于辽宁岫岩地区。并且通过分子方差计算可以得到4个地理单元的群体多态性均匀,没有群体差异,只有个体间的变异。群体遗传结构研究显示:主成分分析PCA结果显示四个地理种群个体之间没有明显的聚合现象,呈散乱分布;并...
【文章来源】:沈阳师范大学辽宁省
【文章页数】:57 页
【学位级别】:硕士
【部分图文】:
GBS策略(引自张羽等,2019)
基于简化基因组测序辽宁爪鲵(Onychodactyluszhaoermii)群体遗传学研究15图2.1样本采样地点图Figure2.1specieslocalitymap2.1.2实验试剂2.1.2.1试剂盒基因组DNA提取试剂盒(DP304,天根生化科技(北京)有限公司);普通DNA产物纯化试剂盒(DP204,天根生化科技(北京)有限公司);普通琼脂糖凝胶DNA回收试剂盒(DP209,天根生化科技(北京)有限公司)。2.1.2.2电泳试剂DNAMarker500bp分子量标记(生工生物工程(上海)股份有限公司);DNAMarker2000bp分子量标记(生工生物工程(上海)股份有限公司);TE缓冲液(生工生物工程(上海)股份有限公司),用超纯水配比例为1:10;琼脂糖(生工生物工程(上海)股份有限公司);EB替代品、Loadingbuffer(10×)、双蒸水。2.1.2.3建库试剂
基于简化基因组测序辽宁爪鲵(Onychodactyluszhaoermii)群体遗传学研究17要选择近缘参考基因组做酶切评估实验,基于已知的近缘参考基因组的遗传信息,对酶切位点信息进行模拟,预测得到酶切位点的标记的数量,选择最适合的限制性内切酶,将DNA切成300~500bp长度的限制性内切片段,选择内切酶时兼顾可能得到的标记数量,以及判断是否可以获得足够多的多态性酶切位点进行后期遗传分析。经过酶切评估的实验,我们最后选取了NlaIII和HaeIII两种酶进行实验。酶切完成后配置30μL连接体系,从而使酶切产物与barcode接头能够有效连接(每个样本所用的barcode接头序列都为GGATGACT,GGCAATCA),连接反应完成后,将一定量样品混合成池后经过试剂盒纯化、PCR扩增、再纯化、文库片段检测等步骤完成文库的构建。将检测合格的GBS文库及亲本文库样品利用IlluminaHiSeq测序平台,进行双末端(Paired-End)150测序,建库流程见图2.2。图2.2测序文库构建流程Figure2.2Constructionofsequencinglibrary2.2.3上机测序文库构建完成后放置于带有冰袋的保温箱内,送至北京诺禾致源生物信息科技有限公司进行测序。测序上机前要进行文库的检测工作,文库检测的第一步是
【参考文献】:
期刊论文
[1]高通量测序技术对早熟棉中miRNA的鉴定与分析[J]. 董章辉,朱青竹,赵丽芬,眭书祥,李增书,张艳丽,王虎,郭永召,姚则羊,赵国忠. 华北农学报. 2019(S1)
[2]基于RAD-seq技术分析边鸡保种群体的遗传进化[J]. 李国辉,魏清宇,张会永,殷建玫,薛倩,朱云芬,苏一军,王克华,邹剑敏,韩威. 农业生物技术学报. 2019(12)
[3]基于限制性内切酶简化基因组测序的两种主要技术[J]. 张羽,周婉莹,孙旺. 分子植物育种. 2020(11)
[4]GBS技术在植物中的研究进展[J]. 乔岩,孙佳庆,魏如倩,刘越. 中国农业科技导报. 2019(08)
[5]基于RAD-SNPs分析的四川核桃良种资源的遗传多样性研究[J]. 闫思宇,朱鹏,龚伟,王景燕,吴开志,吴春艳,李海平,龚毅红,段琼. 热带亚热带植物学报. 2019(01)
[6]基于SLAF-seq技术的树莓SNP位点开发[J]. 杨光,孙兰英,李鹏举,段亚东. 中国农学通报. 2018(36)
[7]利用GBS技术开发烟草SNP标记及遗传多样性分析[J]. 蔡露,杨欢,王勇,李廷轩,陈光登. 中国烟草科学. 2018(05)
[8]采用AFLP技术分析17个荷花(Nelumbo nucifera)品种的系统关系[J]. 衣彩洁,董爱香,李鹏飞. 北京农学院学报. 2018(01)
[9]利用GBS技术研究240份宽皮柑橘的系统演化[J]. 王小柯,江东,孙珍珠. 中国农业科学. 2017(09)
[10]单核苷酸多态性检测技术研究进展[J]. 张微,冯琳琳,平昭. 生物技术通讯. 2016(06)
硕士论文
[1]中国分布两种爪鲵:吉林爪鲵Onychodactylus zhangyapingi和辽宁爪鲵O.zhaoermii的遗传多样性研究[D]. 栾东岳.沈阳师范大学 2018
[2]基于下一代测序的玉米高通量SNP开发及关联分析[D]. 罗昕.华中农业大学 2015
[3]小鲵科动物眼睛的形态学比较研究[D]. 吕云云.河南科技大学 2015
[4]基于RAD简化基因组测序技术的13种中国地方优良鸡品种SNPs多态性图谱构建及群体遗传学分析[D]. 翟正晓.上海交通大学 2014
[5]狭域分布的六盘齿突蟾高度遗传变异现象分析[D]. 于浩.陕西师范大学 2012
本文编号:3113929
【文章来源】:沈阳师范大学辽宁省
【文章页数】:57 页
【学位级别】:硕士
【部分图文】:
GBS策略(引自张羽等,2019)
基于简化基因组测序辽宁爪鲵(Onychodactyluszhaoermii)群体遗传学研究15图2.1样本采样地点图Figure2.1specieslocalitymap2.1.2实验试剂2.1.2.1试剂盒基因组DNA提取试剂盒(DP304,天根生化科技(北京)有限公司);普通DNA产物纯化试剂盒(DP204,天根生化科技(北京)有限公司);普通琼脂糖凝胶DNA回收试剂盒(DP209,天根生化科技(北京)有限公司)。2.1.2.2电泳试剂DNAMarker500bp分子量标记(生工生物工程(上海)股份有限公司);DNAMarker2000bp分子量标记(生工生物工程(上海)股份有限公司);TE缓冲液(生工生物工程(上海)股份有限公司),用超纯水配比例为1:10;琼脂糖(生工生物工程(上海)股份有限公司);EB替代品、Loadingbuffer(10×)、双蒸水。2.1.2.3建库试剂
基于简化基因组测序辽宁爪鲵(Onychodactyluszhaoermii)群体遗传学研究17要选择近缘参考基因组做酶切评估实验,基于已知的近缘参考基因组的遗传信息,对酶切位点信息进行模拟,预测得到酶切位点的标记的数量,选择最适合的限制性内切酶,将DNA切成300~500bp长度的限制性内切片段,选择内切酶时兼顾可能得到的标记数量,以及判断是否可以获得足够多的多态性酶切位点进行后期遗传分析。经过酶切评估的实验,我们最后选取了NlaIII和HaeIII两种酶进行实验。酶切完成后配置30μL连接体系,从而使酶切产物与barcode接头能够有效连接(每个样本所用的barcode接头序列都为GGATGACT,GGCAATCA),连接反应完成后,将一定量样品混合成池后经过试剂盒纯化、PCR扩增、再纯化、文库片段检测等步骤完成文库的构建。将检测合格的GBS文库及亲本文库样品利用IlluminaHiSeq测序平台,进行双末端(Paired-End)150测序,建库流程见图2.2。图2.2测序文库构建流程Figure2.2Constructionofsequencinglibrary2.2.3上机测序文库构建完成后放置于带有冰袋的保温箱内,送至北京诺禾致源生物信息科技有限公司进行测序。测序上机前要进行文库的检测工作,文库检测的第一步是
【参考文献】:
期刊论文
[1]高通量测序技术对早熟棉中miRNA的鉴定与分析[J]. 董章辉,朱青竹,赵丽芬,眭书祥,李增书,张艳丽,王虎,郭永召,姚则羊,赵国忠. 华北农学报. 2019(S1)
[2]基于RAD-seq技术分析边鸡保种群体的遗传进化[J]. 李国辉,魏清宇,张会永,殷建玫,薛倩,朱云芬,苏一军,王克华,邹剑敏,韩威. 农业生物技术学报. 2019(12)
[3]基于限制性内切酶简化基因组测序的两种主要技术[J]. 张羽,周婉莹,孙旺. 分子植物育种. 2020(11)
[4]GBS技术在植物中的研究进展[J]. 乔岩,孙佳庆,魏如倩,刘越. 中国农业科技导报. 2019(08)
[5]基于RAD-SNPs分析的四川核桃良种资源的遗传多样性研究[J]. 闫思宇,朱鹏,龚伟,王景燕,吴开志,吴春艳,李海平,龚毅红,段琼. 热带亚热带植物学报. 2019(01)
[6]基于SLAF-seq技术的树莓SNP位点开发[J]. 杨光,孙兰英,李鹏举,段亚东. 中国农学通报. 2018(36)
[7]利用GBS技术开发烟草SNP标记及遗传多样性分析[J]. 蔡露,杨欢,王勇,李廷轩,陈光登. 中国烟草科学. 2018(05)
[8]采用AFLP技术分析17个荷花(Nelumbo nucifera)品种的系统关系[J]. 衣彩洁,董爱香,李鹏飞. 北京农学院学报. 2018(01)
[9]利用GBS技术研究240份宽皮柑橘的系统演化[J]. 王小柯,江东,孙珍珠. 中国农业科学. 2017(09)
[10]单核苷酸多态性检测技术研究进展[J]. 张微,冯琳琳,平昭. 生物技术通讯. 2016(06)
硕士论文
[1]中国分布两种爪鲵:吉林爪鲵Onychodactylus zhangyapingi和辽宁爪鲵O.zhaoermii的遗传多样性研究[D]. 栾东岳.沈阳师范大学 2018
[2]基于下一代测序的玉米高通量SNP开发及关联分析[D]. 罗昕.华中农业大学 2015
[3]小鲵科动物眼睛的形态学比较研究[D]. 吕云云.河南科技大学 2015
[4]基于RAD简化基因组测序技术的13种中国地方优良鸡品种SNPs多态性图谱构建及群体遗传学分析[D]. 翟正晓.上海交通大学 2014
[5]狭域分布的六盘齿突蟾高度遗传变异现象分析[D]. 于浩.陕西师范大学 2012
本文编号:3113929
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