多发性硬化患者外周血T细胞中差异表达基因及信号通路的生物信息学分析

发布时间：2022-01-05 20:19

　　背景:多发性硬化（MS）是一种自身免疫介导的以中枢神经系统炎性脱髓鞘病变为主要特点的疾病。目前病因及发病机制尚不十分清楚,临床无法治愈。许多研究证实适应性免疫在该病的发病机理上有着关键的作用,且主要由T细胞介导。研究多发性硬化患者外周血T细胞中差异表达基因及信号通路,可以为寻找和证实多发性硬化致病机理提供了理论依据。目的:找到多发性硬化患者外周血T细胞中发生差异变化的致病相关基因及关键通路。方法:首先,我们从GEO数据库下载了多发性硬化转录组基因表达谱数据系列GSE43591,GSE13732,GSE32988,共包含了42个患者T细胞试验样本和35个健康对照样本的基因芯片数据;以及miRNA表达谱数据系列GSE43590,包括6例多发性硬化患者和6例对照组的外周血T细胞样本。其次,我们在R软件中使用limma包等筛选鉴定出差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）,并进行了层次聚类分析及主成分分析。再次,将三个转录组基因表达谱数据系列中每两个数据系列的表达上调DEGs组和表达下调DEGs组的DEGs进行交集,得到了77个上调DEGs和61个... 

【文章来源】：西南医科大学四川省

【文章页数】：85 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

主成分分析的3D图

西南医科大学硕士学位论文19在获得DEGs的表达值之后，对DEGs进行层次聚类分析(图2)。如图3的热图所示，三个转录组基因表达谱数据系列GSE43591、GSE13732、GSE32988的差异表达基因，以及miRNA表达谱数据系列GSE43590中差异表达的miRNA，可以清楚地区分出实验样本和对照样本。图3四个数据集的热图Figure3.HeatmapsoffourGEOdatasets.4候选DEGs基因本体论及通路富集分析利用多种在线数据库和软件，包括DAVID,PATHER,Reactome,3DEGs的层次聚类分析

西南医科大学硕士学位论文22图4用所有的候选差异表达基因(DEGs)富集得到的前10位基因本体(GO)条目及通路。Figure4.Thetop10ofintegratedresultsofgeneontologyandpathwayenrichmentanalysisusingallcandidateDEGs.图5用表达上调的候选差异表达基因(DEGs)富集得到的前10位基因本体(GO)条目及通路。Figure5.Thetop10ofintegratedresultsofgeneontologyandpathwayenrichmentanalysisusingup-regulatedcandidateDEGs.


本文编号：3571009